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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c1w | ||||||
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タイトル | The structure of XendoU: a splicing independent snoRNA processing endoribonuclease | ||||||
![]() | ENDOU PROTEIN | ||||||
![]() | NUCLEASE / SNORNA / ENDORIBONUCLEASE / SPLICING INDEPENDENT PROCESSING | ||||||
機能・相同性 | ![]() sno(s)RNA processing / RNA endonuclease activity / manganese ion binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Renzi, F. / Caffarelli, E. / Laneve, P. / Bozzoni, I. / Brunori, M. / Vallone, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of the Endoribonuclease Xendou: From Small Nucleolar RNA Processing to Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Replication. 著者: Renzi, F. / Caffarelli, E. / Laneve, P. / Bozzoni, I. / Brunori, M. / Vallone, B. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 352.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 291.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 510.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2c09 |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33905.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.2M PHOSPHATE BUFFER PH5.5, pH 5.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 64530 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 92.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-5, 45-53, 290-292 FROM ALL THREE NCS MONOMERS AND RESIDUES 150, 151 FROM MONOMER A, 54, 55, 288 AND 289 FROM MONOMER C WERE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-5, 45-53, 290-292 FROM ALL THREE NCS MONOMERS AND RESIDUES 150, 151 FROM MONOMER A, 54, 55, 288 AND 289 FROM MONOMER C WERE DISORDERED AND WERE OMITTED FROM THE MODEL.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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