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万見
- PDB-2c1c: Structural basis of the resistance of an insect carboxypeptidase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c1c
タイトルStructural basis of the resistance of an insect carboxypeptidase to plant protease inhibitors
要素CARBOXYPEPTIDASE B
キーワードHYDROLASE / INSECT / HELICOVERPA ZEA / CARBOXYPEPTIDASE / METALLOPROTEASE / INSENSITIVE / PLANT INHIBITORS
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase B / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase ...Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTRIUM ION / Carboxypeptidase B
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOVERPA ZEA (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bayes, A. / Comellas-Bigler, M. / Rodriguez de la Vega, M. / Maskos, K. / Bode, W. / Aviles, F.X. / Jongsma, M.A. / Beekwilder, J. / Vendrell, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of the Resistance of an Insect Carboxypeptidase to Plant Protease Inhibitors.
著者: Bayes, A. / Comellas-Bigler, M. / Rodriguez De La Vega, M. / Maskos, K. / Bode, W. / Aviles, F.X. / Jongsma, M.A. / Beekwilder, J. / Vendrell, J.
履歴
登録2005年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYPEPTIDASE B
B: CARBOXYPEPTIDASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5576
ポリマ－70,2482
非ポリマー3094
水6,251347
1
A: CARBOXYPEPTIDASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2783
ポリマ－35,1241
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CARBOXYPEPTIDASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2783
ポリマ－35,1241
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.012, 58.339, 146.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 CARBOXYPEPTIDASE B


分子量: 35124.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOVERPA ZEA (蝶・蛾) / 組織: EPITHELIUM / プラスミド: PPIC9 / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: Q3T905*PLUS, carboxypeptidase B
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-Y1 / YTTRIUM ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化詳細: MES 0.1M PH6,5 AMMONIUM SULPHATE 1,6M DIOXANE 10% YTTRIUM CHLORIDE HEXAHYDRTAE 10MM

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 24576 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JQG

1jqg


解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1194919.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1203 4.9 %RANDOM
Rwork0.2146 ---
obs0.2146 27624 91.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 17.3567 Å2 / ksol: 0.426782 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.79 Å20 Å23.57 Å2
2--2.99 Å20 Å2
3---0.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.76 Å0.76 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.77 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4904 0 4 347 5255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.519 190 5 %
Rwork0.502 3619 -
obs--90.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3Y.PARY.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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