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- PDB-2c0x: MOLECULAR STRUCTURE OF FD FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE REFINED WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c0x
タイトルMOLECULAR STRUCTURE OF FD FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE REFINED WITH RESPECT TO X-RAY FIBRE DIFFRACTION AND SOLID-STATE NMR DATA
要素COAT PROTEIN B
キーワードVIRAL PROTEIN / FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE / ALPHA-HELIX / MEMBRANE PROTEINS / STRUCTURAL PROTEIN / TRANSMEMBRANE / HELICAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / host cell membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #80 / Phage major coat protein, Gp8 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / Capsid protein G8P / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein G8P
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROBACTERIA PHAGE FD (ファージ)
手法個体NMR
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Marvin, D.A. / Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Scott, W.R.P. / Straus, S.K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Molecular Structure of Fd (F1, M13) Filamentous Bacteriophage Refined with Respect to X-Ray Fibre Diffraction and Solid-State NMR Data Supports Specific Models of Phage Assembly at the Bacterial Membrane.
著者: Marvin, D.A. / Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Scott, W.R.P. / Straus, S.K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Molecular Models and Structural Comparisons of Native and Mutant Class I Filamentous Bacteriophages Ff (Fd, F1, M13), If1 and Ike
著者: Marvin, D.A. / Hale, R.D. / Nave, C. / Helmer-Citterich, M.
#2: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1990
タイトル: Model-Building Studies of Inovirus: Genetic Variations on a Geometric Theme
著者: Marvin, D.A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Matching Electrostatic Charge between DNA and Coat Protein in Filamentous Bacteriophage. Fibre Diffraction of Charge-Deletion Mutants.
著者: Symmons, M.F. / Welsh, L.C. / Nave, C. / Marvin, D.A. / Perham, R.N.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Structure of the Coat Protein in Fd Filamentous Bacteriophage Particles Determined by Solid-State NMR Spectroscopy
著者: Zeri, A.C. / Mesleh, M.F. / Nevzorov, A.A. / Opella, S.J.
履歴
登録2005年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.32020年7月29日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52025年1月15日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.62025年1月22日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2121
ポリマ－5,2121
非ポリマー00
水00
1
A: COAT PROTEIN B
x 51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,81351
ポリマ－265,81351
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation50
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1), (-1), (1)-80.75
2generate(-0.309017, 0.951057), (-0.951057, -0.309017), (1)-80.75
3generate(0.809017, 0.587785), (-0.587785, 0.809017), (1)-80.75
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8generate(0.309017, 0.951057), (-0.951057, 0.309017), (1)-64.6
9generate(1), (1), (1)-64.6
10generate(0.309017, -0.951057), (0.951057, 0.309017), (1)-64.6
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52generate(-0.309017, 0.951057), (-0.951057, -0.309017), (1)80.75
53generate(0.809017, 0.587785), (-0.587785, 0.809017), (1)80.75
54generate(0.809017, -0.587785), (0.587785, 0.809017), (1)80.75
55generate(-0.309017, -0.951057), (0.951057, -0.309017), (1)80.75
詳細THE ASSEMBLY REPRESENTED IN THIS ENTRY HAS REGULAR HELICAL SYMMETRY WITH THE FOLLOWING PARAMETERS: ROTATION PER SUBUNIT (TWIST) = -36.00 DEGREES RISE PER SUBUNIT (HEIGHT) = 16.15 ANGSTROMS IN ADDITION, THERE IS 5-FOLD CIRCULAR SYMMETRY AROUND THE HELIX AXIS

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要素

#1: タンパク質・ペプチド COAT PROTEIN B / FD GENE 8 COAT PROTEIN / MAJOR COAT PROTEIN


分子量: 5212.021 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE FD (ファージ)
解説: H. HOFFMANN-BERLING Z. NATURFORSCH. SECT. B BIOSCI. / 発現宿主: ENTEROBACTERIA PHAGE FD (ファージ) / 参照: UniProt: P69539
構成要素の詳細RESIDUE IN CHAIN A, TYR 44 TO MET WAS AN INTENTIONAL MUTATION IN THE VIRAL GENOME, THIS MUTATION IS ...RESIDUE IN CHAIN A, TYR 44 TO MET WAS AN INTENTIONAL MUTATION IN THE VIRAL GENOME, THIS MUTATION IS KNOWN TO IMPROVE ORIENTATION FOR XRAY STUDIES. THE VIRUS WAS THEN GROWN IN THE NORMAL WAY, NOT USING RECOMBINANT METHODS, SEE REFERENCE 1
Has protein modificationN
配列の詳細Y21M MUTANT IN CHAIN

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR

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解析

NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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