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万見
- PDB-2c0n: Crystal Structure of A197 from STIV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c0n
タイトルCrystal Structure of A197 from STIV
要素A197
キーワードVIRAL PROTEIN/TRANSFERASE / VIRAL PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX / VIRAL PROTEIN / VIRUS / ARCHAEA / CRENARCHAEA / ARCHAEAL VIRUS / CRENARCHAEAL VIRUS / THERMOPHILIC PROTEIN / THERMOPHILIC VIRUS / STIV / SULFOLOBUS TURRETED ICOSAHEDRAL VIRUS / SULFOLOBUS / GLYCOSYLTRANSFERASE / TRANSFERASE
機能・相同性Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #40 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / NICKEL (II) ION / Glycosyltransferase
機能・相同性情報
生物種SULFOLOBUS TURRETED ICOSAHEDRAL VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Larson, E.T. / Reiter, D. / Young, M. / Lawrence, C.M.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: Structure of A197 from Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus: A Crenarchaeal Viral Glycosyltransferase Exhibiting the Gt-A Fold.
著者: Larson, E.T. / Reiter, D. / Young, M. / Lawrence, C.M.
#1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2004
タイトル: The structure of a thermophilic archaeal virus shows a double-stranded DNA viral capsid type that spans all domains of life.
著者: George Rice / Liang Tang / Kenneth Stedman / Francisco Roberto / Josh Spuhler / Eric Gillitzer / John E Johnson / Trevor Douglas / Mark Young /
要旨: Of the three domains of life (Eukarya, Bacteria, and Archaea), the least understood is Archaea and its associated viruses. Many Archaea are extremophiles, with species that are capable of growth at ...Of the three domains of life (Eukarya, Bacteria, and Archaea), the least understood is Archaea and its associated viruses. Many Archaea are extremophiles, with species that are capable of growth at some of the highest temperatures and extremes of pH of all known organisms. Phylogenetic rRNA-encoding DNA analysis places many of the hyperthermophilic Archaea (species with an optimum growth > or = 80 degrees C) at the base of the universal tree of life, suggesting that thermophiles were among the first forms of life on earth. Very few viruses have been identified from Archaea as compared to Bacteria and Eukarya. We report here the structure of a hyperthermophilic virus isolated from an archaeal host found in hot springs in Yellowstone National Park. The sequence of the circular double-stranded DNA viral genome shows that it shares little similarity to other known genes in viruses or other organisms. By comparing the tertiary and quaternary structures of the coat protein of this virus with those of a bacterial and an animal virus, we find conformational relationships among all three, suggesting that some viruses may have a common ancestor that precedes the division into three domains of life >3 billion years ago.
履歴
登録2005年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A197
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6485
ポリマ－24,3171
非ポリマー3314
水1,892105
1
A: A197
ヘテロ分子

A: A197
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,29710
ポリマ－48,6352
非ポリマー6628
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.422, 70.560, 81.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1204-

NI

21A-2037-

HOH

詳細THE ANNOTATION FOR THIS ENTRY IS PREDICTED FROM THECRYSTAL STRUCTURE. HOWEVER, THE AUTHORS OF THIS ENTRYARE CURRENTLY INVESIGATING THE QUATERNARY STATE OFTHIS MOLECULE BY EXPERIMENTAL METHODS.

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要素

#1: タンパク質 A197


分子量: 24317.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SULFOLOBUS TURRETED ICOSAHEDRAL VIRUS (ウイルス)
株: ISOLATE YNPRC179
解説: STIV WAS ISOLATED FROM SULFOLOBUS SPECIES IN ACIDIC HOT SPRINGS (PH 2.9-3.9, 72-92 DEGREES C) IN THE RABBIT CREEK THERMAL AREA WITHIN MIDWAY GEYSER BASIN IN YELLOWSTONE NATIONAL PARK
プラスミド: PEXP14-STIVA197 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q6Q0L5
#2: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細C-TERMINAL 6XHIS TAG WAS ADDED DURING CLONING, SELENOMETHIONINES IN PLACE OF METHIONINES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION IN 0.1 M MES(PH 6.5), 1.4 M (NH4)2SO4, 10% 1,4-DIOXANE; THEN CRYOPROTECTED BY A QUICK SOAK IN MOTHER LIQUOR PLUS 25% GLUCOSE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.978445, 0.879301
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9784451
20.8793011
反射解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 15646 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.86→28.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.369 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS MOTION DETERMINATION SERVER (PAINTER & MERRITT (2005) ACTA CRYST. D61, 465-471) WAS USED FOR SELECTION OF OPTIMAL TLS GROUPS USED IN ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS MOTION DETERMINATION SERVER (PAINTER & MERRITT (2005) ACTA CRYST. D61, 465-471) WAS USED FOR SELECTION OF OPTIMAL TLS GROUPS USED IN FINAL REFINEMENT. AMINO ACIDS 139 TO 147 WERE NOT MODELED DUE TO THE ABSENCE OF INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 768 4.9 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.172 14813 95.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→28.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1595 0 18 105 1718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221650
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.9672219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78633509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5785189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07522.85784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41415293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7321513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.21499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2981
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.288
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2340.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3020.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0580.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4231.51112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2591.5387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43721537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7233783
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7034.5682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 59 -
Rwork0.144 1119 -
obs--98.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6849-0.0892-0.45821.45260.32151.8367-0.0435-0.0699-0.25520.01030.0837-0.01260.23-0.0142-0.0402-0.01870.00920.0334-0.1097-0.0077-0.06538.272718.676438.8232
27.63992.0033-2.24237.42330.73425.3066-0.2266-0.0906-0.0842-0.02060.3759-0.32370.1720.3733-0.1493-0.02740.06060.0095-0.0784-0.0372-0.064247.276920.822939.7064
37.4593-4.17551.454211.54030.20424.8425-0.1066-0.5506-0.3624-0.080.2340.06690.15120.245-0.12740.00580.1294-0.020.0362-0.03890.003154.062315.725839.5354
45.992-1.72780.87332.7525-0.26571.8135-0.1050.0388-0.5190.0690.17450.06990.21880.1218-0.0694-0.0290.01780.0445-0.0774-0.0537-0.028345.300616.333233.3747
517.8557-7.2033-7.21488.41734.53963.39670.00110.035-0.164-0.1836-0.04920.01720.0879-0.18790.04810.09010.10480.0050.0624-0.1310.006258.45297.346820.3212
66.2335-5.57520.15435.3225-0.75831.9893-0.4314-0.07670.13150.44790.4115-0.2626-0.15990.41690.0199-0.02430.03610.00710.0202-0.1019-0.016152.719919.240228.4515
76.698-3.2746-0.77354.33080.78074.14890.14950.24070.2-0.1733-0.0914-0.1224-0.2502-0.0703-0.05810.0058-0.03390.0493-0.01310.0161-0.037241.813132.261322.2566
82.9807-0.72340.20641.42380.17924.28720.10170.2906-0.2233-0.0906-0.035-0.03240.42480.072-0.0667-0.0030.03570.02240.025-0.1021-0.011249.42414.402225.7273
97.42960.33392.46144.09582.18615.84670.11350.60140.124-0.27270.0536-0.2753-0.08530.5219-0.1671-0.03670.02380.07110.0561-0.0496-0.053854.857520.226122.0674
105.8486-3.7383-2.4876.61914.6654.5432-0.2048-0.43690.43630.3282-0.09230.23390.1156-0.24120.2971-0.0204-0.0239-0.0123-0.0266-0.0943-0.021727.537337.388837.1746
1110.475-0.819-3.11214.884-0.151111.0543-0.05210.60810.0144-0.14820.0032-0.05920.33750.04870.0489-0.049-0.0198-0.0199-0.06-0.0055-0.085332.639528.15323.4969
121.7931-0.98141.507418.6164-11.85118.6703-0.21440.2342-0.1462-0.11520.3022-0.11480.2682-0.2059-0.08770.0449-0.0530.0278-0.0766-0.0181-0.043523.79416.437637.3153
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2A28 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3A42 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4A53 - 67
5X-RAY DIFFRACTION5A68 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6A82 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7A92 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8A108 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9A151 - 166
10X-RAY DIFFRACTION10A167 - 176
11X-RAY DIFFRACTION11A177 - 189
12X-RAY DIFFRACTION12A190 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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