PDB-2c0m: apo form of the TPR domain of the pex5p receptor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c0m

タイトル

apo form of the TPR domain of the pex5p receptor

要素

PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TPR REPEAT / TRANSPORT / IMPORT RECEPTOR COMPLEX / PEROXISOME / DISEASE MUTATION / PROTEIN TRANSPORT / ZELLWEGER SYNDROME

機能・相同性

機能・相同性情報

protein import into peroxisome matrix, substrate release / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / peroxisome targeting sequence binding / protein targeting to peroxisome / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / protein import into peroxisome matrix / protein import into peroxisome matrix, docking ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Stanley, W.A. / Kursula, P. / Wilmanns, M.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Recognition of a Functional Peroxisome Type 1 Target by the Dynamic Import Receptor Pex5P.
著者: Stanley, W.A. / Filipp, F.V. / Kursula, P. / Schuller, N. / Erdmann, R. / Schliebs, W. / Sattler, M. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2005年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c0m.cif.gz	232.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c0m.ent.gz	189 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/2c0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/2c0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c0lC 1fch C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2v90-2 2v90-1 3tz5-d 4iw7-d 7e7g-d 4e01-d 3ahs-d 5ohb-d 5oha-d 3szo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

B: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

C: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

F: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
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4

F: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.470, 85.550, 88.890
Angle α, β, γ (deg.)	71.17, 89.99, 73.43
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	F
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	F
1	3	C
2	3	F

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	A	A	285 - 403	2 - 120
2	1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	B	B	285 - 403	2 - 120
3	1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	C	C	285 - 403	2 - 120
4	1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	F	D	285 - 403	2 - 120
1	1	2	SER	SER	ARG	ARG	A	A	429 - 550	146 - 267
2	1	2	SER	SER	ARG	ARG	B	B	429 - 550	146 - 267
3	1	2	SER	SER	ARG	ARG	C	C	429 - 550	146 - 267
4	1	2	SER	SER	ARG	ARG	F	D	429 - 550	146 - 267
1	2	2	GLY	GLY	GLN	GLN	A	A	560 - 602	277 - 319
2	2	2	GLY	GLY	GLN	GLN	B	B	560 - 602	277 - 319
3	2	2	GLY	GLY	GLN	GLN	C	C	560 - 602	277 - 319
4	2	2	GLY	GLY	GLN	GLN	F	D	560 - 602	277 - 319
1	1	3	ARG	ARG	ASP	ASP	C	C	420 - 428	137 - 145
2	1	3	ARG	ARG	ASP	ASP	F	D	420 - 428	137 - 145

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR / PEX5P / PEROXISMORE RECEPTOR 1 / PEROXIN-5 / PEROXISOMAL C-TERMINAL TARGETING SIGNAL IMPORT ...PEX5P / PEROXISMORE RECEPTOR 1 / PEROXIN-5 / PEROXISOMAL C-TERMINAL TARGETING SIGNAL IMPORT RECEPTOR / PTS1-BP / PTS1 RECEPTOR 分子量: 35246.699 Da / 分子数: 4 / 断片: TPR REPEAT DOMAIN, RESIDUES 284-602 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET24D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P50542
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR / PEX5P / PEROXISMORE RECEPTOR 1 / PEROXIN-5 / PEROXISOMAL C-TERMINAL TARGETING SIGNAL IMPORT ...

分子量: 35246.699 Da / 分子数: 4 / 断片: TPR REPEAT DOMAIN, RESIDUES 284-602 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET24D / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P50542

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.46 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 47257 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.31
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→19.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.84 / SU B: 38.188 / SU ML: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.832 / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.309	2363	5 %	RANDOM
R_work	0.263	-	-	-
obs	0.265	44893	96.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.87 Å²	-1.4 Å²	-0.37 Å²
2-	-	6.45 Å²	-0.8 Å²
3-	-	-	-3.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9406	0	0	146	9552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	9669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	8787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.39	1.974	13123
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.83	3	20371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.193	5	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.28	24.122	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.54	15	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.644	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	9623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	4741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	5745
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.206	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.533	2	6454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.737	3	9577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.082	4	3984
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.455	5	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1810	medium positional	0.34	0.3
1	2	B	1810	medium positional	0.34	0.3
1	3	C	1810	medium positional	0.26	0.3
1	4	F	1810	medium positional	0.23	0.3
2	1	A	2378	medium positional	0.22	0.3
2	2	B	2378	medium positional	0.23	0.3
2	3	C	2378	medium positional	0.21	0.3
2	4	F	2378	medium positional	0.22	0.3
3	1	C	139	medium positional	0.81	0.3
1	1	A	1810	medium thermal	1.53	25
1	2	B	1810	medium thermal	1.26	25
1	3	C	1810	medium thermal	1.1	25
1	4	F	1810	medium thermal	1.01	25
2	1	A	2378	medium thermal	1.73	25
2	2	B	2378	medium thermal	1.16	25
2	3	C	2378	medium thermal	1.13	25
2	4	F	2378	medium thermal	1.05	25
3	1	C	139	medium thermal	0.49	25

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.44	151
R_work	0.383	2875

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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