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万見
- PDB-2byu: Negative stain EM reconstruction of M.tuberculosis Acr1(Hsp 16.3)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2byu
タイトルNegative stain EM reconstruction of M.tuberculosis Acr1(Hsp 16.3) fitted with wheat sHSP dimer
要素HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
キーワードCHAPERONE / SMALL HEAT SHOCK PROTEIN / ALPHA-CRYSTALLIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex oligomerization / response to salt stress / protein homooligomerization / response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / protein folding / response to heat / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
16.9 kDa class I heat shock protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種TRITICUM AESTIVUM (コムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å
データ登録者Kennaway, C.K. / Benesch, J.L.P. / Gohlke, U. / Wang, L. / Robinson, C.V. / Orlova, E.V. / Saibil, H.R. / Keep, N.H.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2005
タイトル: Dodecameric structure of the small heat shock protein Acr1 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Christopher K Kennaway / Justin L P Benesch / Ulrich Gohlke / Luchun Wang / Carol V Robinson / Elena V Orlova / Helen R Saibil / Nicholas H Keep /
要旨: Small heat shock proteins are a ubiquitous and diverse family of stress proteins that have in common an alpha-crystallin domain. Mycobacterium tuberculosis has two small heat shock proteins, Acr1 ...Small heat shock proteins are a ubiquitous and diverse family of stress proteins that have in common an alpha-crystallin domain. Mycobacterium tuberculosis has two small heat shock proteins, Acr1 (alpha-crystallin-related protein 1, or Hsp16.3/16-kDa antigen) and Acr2 (HrpA), both of which are highly expressed under different stress conditions. Small heat shock proteins form large oligomeric assemblies and are commonly polydisperse. Nanoelectrospray mass spectrometry showed that Acr2 formed a range of oligomers composed of dimers and tetramers, whereas Acr1 was a dodecamer. Electron microscopy of Acr2 showed a variety of particle sizes. Using three-dimensional analysis of negative stain electron microscope images, we have shown that Acr1 forms a tetrahedral assembly with 12 polypeptide chains. The atomic structure of a related alpha-crystallin domain dimer was docked into the density to build a molecular structure of the dodecameric Acr1 complex. Along with the differential regulation of these two proteins, the differences in their quaternary structures demonstrated here supports their distinct functional roles.
履歴
登録2005年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年8月30日Group: Experimental preparation / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_sample_support
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_sample_support.grid_material / _em_sample_support.grid_mesh_size
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1149
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
B: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
C: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
D: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
E: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
F: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
G: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
H: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
I: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
J: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
K: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B
L: HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,51412
ポリマ－148,51412
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
HEAT SHOCK PROTEIN 16.9B


分子量: 12376.149 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THE PROTEIN MODEL WAS OBTAINED FROM PDB ENTRY 1GME / 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: Q41560
配列の詳細COOORDINATES DERIVED FROM WHEAT SHSP PDB 1GME THEREFORE PDB SEQUENCE IS NOT THAT OF THE PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HSP 16.3 / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 20MM TRIS / pH: 7 / 詳細: 20MM TRIS
試料濃度: 0.01 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON COATED 400 MESH COPPER GRID / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 12 / 日付: 2004年3月28日
電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 42000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 390 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 293 K
撮影電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 18
放射波長相対比: 1

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解析

対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 16.5 Å / 粒子像の数: 6123 / ピクセルサイズ（公称値）: 3.33 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 3.33 Å
詳細: DIMER ALPHA CRYSTALLIN DOMAIN OF 1GME (43-137 AND 146-151) FITTED INTO DENSITY USING URO. RESOLUTION WAS DETERMINED BY 0.5 FOURIER SHELL CORRELATION.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--QUALITY OF THE FIT R-FACTOR= 0.516, CROSS- CORRELATION COEFFICIENT 81.5%
原子モデル構築PDB-ID: 1GME

1gme


Accession code: 1GME / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 16.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 16.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9648 0 0 0 9648

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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