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万見
- PDB-2byc: BlrB - a BLUF protein, dark state structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2byc
タイトルBlrB - a BLUF protein, dark state structure
要素BLUE-LIGHT RECEPTOR OF THE BLUF-FAMILY
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHOTORECEPTOR / FLAVIN
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / FAD binding
類似検索 - 分子機能
BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Sensors of blue-light using FAD / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Blue-light receptor of the BLUF-family
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jung, A. / Domratcheva, T. / Tarutina, M. / Wu, Q. / Ko, W.H. / Shoeman, R.L. / Gomelsky, M. / Gardner, K.H. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of a Bacterial Bluf Photoreceptor: Insights Into Blue Light-Mediated Signal Transduction.
著者: Jung, A. / Domratcheva, T. / Tarutina, M. / Wu, Q. / Ko, W.H. / Shoeman, R.L. / Gomelsky, M. / Gardner, K.H. / Schlichting, I.
履歴
登録2005年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BLUE-LIGHT RECEPTOR OF THE BLUF-FAMILY
B: BLUE-LIGHT RECEPTOR OF THE BLUF-FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0324
ポリマ－31,1202
非ポリマー9132
水1,838102
1
A: BLUE-LIGHT RECEPTOR OF THE BLUF-FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0162
ポリマ－15,5601
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BLUE-LIGHT RECEPTOR OF THE BLUF-FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0162
ポリマ－15,5601
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.600, 65.000, 106.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BLUE-LIGHT RECEPTOR OF THE BLUF-FAMILY / BLRB / BLUE LIGHT SENSING


分子量: 15559.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
プラスミド: PHIS-GB1-PARALLEL1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3IYE4
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化pH: 8
詳細: 0.1 M ACETATE BUFFER, PH 4.5 0.2 M CALCIUM ACETATE 0.05 M DTT 28 % PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.071
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.071 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 20247 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 6.49 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE RFREE VALUES ARE RELATIVELY HIGH. THEY DO NOT DECREASE WHEN APPLYING DIFFERENT RESOLUTION OR SIGMA CUT- OFFS (HIGH AND OR LOW), OR ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE RFREE VALUES ARE RELATIVELY HIGH. THEY DO NOT DECREASE WHEN APPLYING DIFFERENT RESOLUTION OR SIGMA CUT- OFFS (HIGH AND OR LOW), OR INCLUSION OF (PARTIAL) NCS. ALTHOUGH WE FOUND RELATIVELY FEW WATER MOLECULES, THERE ARE NO UNEXPLAINED PEAKS IN THE FOBS-FCALC ELECTRON DENSITY MAPS. THERE IS NO INDICATION FOR TWINNING, MOREOVER, THE RSYM AND RFREE VALUES DO NOT DECREASE WHEN ANALYSING THE DATA IN ANY OF THE THREE MONOCLINIC POSSIBILITIES. THE HIGH R-FACTORS MAY BE CAUSED BY THE TRANSLATIONAL NCS (0.5, 0.5, 0.007) THAT RELATES THE TWO MONOMERS IN THE AU (VAJDOS, F.F., YOO, S., HOUSEWEART, M., SUNDQUIST, W.I. AND HILL, C.P. (1997) PROTEIN SCI. 6, 2297)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1011 5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.234 19220 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2150 0 62 102 2314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2512.0153062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9115267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76521.321106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.25615388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6811535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.21135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3330.21584
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3150.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3180.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4861.51393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24922181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.60431028
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6294.5881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.384 74
Rwork0.32 1398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9523-0.25460.48660.9268-0.14593.139-0.04870.12690.04730.04640.08590.0306-0.03510.1802-0.0372-0.10770.0178-0.0181-0.17820.0121-0.01663.24930.13712.115
20.43510.3356-0.25310.4025-0.96974.32310.18920.0813-0.1481-0.0263-0.16040.1778-0.11650.294-0.0287-0.10370.00730.0262-0.1946-0.01380.01673.43233.628-4.301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 136
2X-RAY DIFFRACTION1A1137
3X-RAY DIFFRACTION2B500 - 631
4X-RAY DIFFRACTION2B1632

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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