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万見
- PDB-2bx5: Is FR1 the antibody's Achillies heel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bx5
タイトルIs FR1 the antibody's Achillies heel
要素VD9 VKI LIGHT-CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / AMYLOID / LCDD / ANTIBODY / AGGREGATION / FR1
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-reactive immunoglobulin light chain variable region
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者James, L.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Beta-Edge Interactions in a Pentadecameric Human Antibody Vkappa Domain.
著者: James, L.C. / Jones, P.C. / Mccoy, A. / Tennent, G.A. / Pepys, M.B. / Famm, K. / Winter, G.
履歴
登録2005年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22014年1月8日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
B: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
C: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
D: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
E: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
F: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
G: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
H: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
I: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
J: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
K: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
L: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
M: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
N: VD9 VKI LIGHT-CHAIN
O: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,11115
ポリマ－173,11115
非ポリマー00
水18,8801048
1
A: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
H: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
9
I: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
10
J: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
11
K: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
12
L: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
13
M: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
14
N: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
15
O: VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)191.928, 191.928, 197.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2015-

HOH

21E-2056-

HOH

31E-2058-

HOH

41J-2082-

HOH

51O-2060-

HOH

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要素

#1: 抗体
VD9 VKI LIGHT-CHAIN


分子量: 11540.733 Da / 分子数: 15 / 断片: LIGHT-CHAIN VARIABLE DOMAIN, RESIDUES 1-107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UL77*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1048 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→166 Å / Num. obs: 59210 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HEZ

1hez


解像度: 2.7→166 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 -5 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.25 59210 91 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11941 0 0 1048 12989

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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