- PDB-2bwb: Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2bwb
タイトル
Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 from S. cerevisiae
要素
UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2
キーワード
SIGNALING PROTEIN / UBIQUITIN / UBA
機能・相同性
機能・相同性情報
Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / spindle pole body duplication / protein localization to vacuole / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ERAD pathway / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能
A: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2 B: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2 C: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2 D: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2 E: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2 F: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2 G: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2 H: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2 I: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN DSK2
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.3→29.5 Å / Num. obs: 23134 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル
解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.2.0005
精密化
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
SHELX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→101.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 22.554 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.307
1127
4.9 %
RANDOM
Rwork
0.243
-
-
-
obs
0.246
22007
99.8 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK