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万見
- PDB-2bv6: Crystal structure of MgrA, a global regulator and major virulence... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bv6
タイトルCrystal structure of MgrA, a global regulator and major virulence determinant in Staphylococcus aureus
要素HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MGRA
キーワードTRANSCRIPTIONAL REGULATOR / MULTIDRUG RESISTANCE REGULATOR / VIRULENCE DETERMINANT / TRANSCRIPTIONAL FACTORS
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to stress / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator SarA/Rot / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...: / Transcriptional regulator SarA/Rot / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator MgrA / HTH-type transcriptional regulator MgrA
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, P.R. / Bae, T. / Williams, W.A. / Duguid, E.M. / Rice, P.A. / Schneewind, O. / He, C.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: An Oxidation-Sensing Mechanism is Used by the Global Regulator Mgra in Staphylococcus Aureus.
著者: Chen, P.R. / Bae, T. / Williams, W.A. / Duguid, E.M. / Rice, P.A. / Schneewind, O. / He, C.
履歴
登録2005年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MGRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6302
ポリマ－16,5341
非ポリマー961
水1629
1
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MGRA
ヘテロ分子

A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MGRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2594
ポリマ－33,0672
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.800, 119.800, 62.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MGRA / MGRA


分子量: 16533.510 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 5-142 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: NEWMAN / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7X448, UniProt: P0C1S0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 5-143 OF THE 147 RESIDUE PROTEIN WITH N-TERMINAL GLY SER HIS CLONING ARTIFACTS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 6.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M MES, PH 6.0, XTALS WERE RINSED IN CRYOPROTECTANT SOLUTIONS CONSISTING OF RESERVOIR BUFFER WITH AN ADDED 10%, 20% AND 25% GLYCEROL ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M MES, PH 6.0, XTALS WERE RINSED IN CRYOPROTECTANT SOLUTIONS CONSISTING OF RESERVOIR BUFFER WITH AN ADDED 10%, 20% AND 25% GLYCEROL RESPECTIVELY. SELENOMETHIONINE (SEMET)-CONTAINING PROTEIN WAS CRYSTALLIZED UNDER THE SAME CONDITION.

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.5
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年4月3日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→24.5 Å / Num. obs: 8544 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 118.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→24.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 287948.87 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 337 5.1 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.25 6560 95.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.404 Å2 / ksol: 0.31802 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.87 Å212.88 Å20 Å2
2--4.87 Å20 Å2
3----9.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1118 0 5 9 1132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.82.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.063 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 52 5.3 %
Rwork0.472 926 -
obs--87 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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