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万見
- PDB-2bud: The solution structure of the chromo barrel domain from the males... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bud
タイトルThe solution structure of the chromo barrel domain from the males- absent on the first (MOF) protein
要素MALES-ABSENT ON THE FIRST PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / MOF / HAT / ACETYL-TRANSFER / DOSAGE COMPENSATION COMPLEX / DCC / ROYAL FAMILY / CHROMODOMAIN LIKE / BETA BARREL / TRANSFERASE ACYLTRANSFERASE / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


polytene chromosome interband / positive regulation of gene expression, epigenetic / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / HATs acetylate histones / histone H4K16 acetyltransferase activity / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / sex-chromosome dosage compensation / NSL complex ...polytene chromosome interband / positive regulation of gene expression, epigenetic / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / HATs acetylate histones / histone H4K16 acetyltransferase activity / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / sex-chromosome dosage compensation / NSL complex / nuclear chromosome / lncRNA binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / X chromosome / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription regulator complex / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo-like domain superfamily ...: / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo-like domain superfamily / Acyl-CoA N-acyltransferase / SH3 type barrels. / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone acetyltransferase MOF
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Nielsen, P.R. / Nietlispach, D. / Buscaino, A. / Warner, R.J. / Akhtar, A. / Murzin, A.G. / Murzina, N.V. / Laue, E.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure of the Chromo Barrel Domain from the Mof Acetyltransferase
著者: Nielsen, P.R. / Nietlispach, D. / Buscaino, A. / Warner, R.J. / Akhtar, A. / Murzin, A.G. / Murzina, N.V. / Laue, E.D.
履歴
登録2005年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALES-ABSENT ON THE FIRST PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3521
ポリマ－10,3521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #4

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要素

#1: タンパク質 MALES-ABSENT ON THE FIRST PROTEIN / PUTATIVE ACETYL TRANSFERASE MOF


分子量: 10352.486 Da / 分子数: 1 / 断片: CHROMO BARREL DOMAIN, RESIDUES 367-454 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): TUNER(DE3) PLACI / 参照: UniProt: O02193, histone acetyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY AND TOCSY
1213D 13C-SEPARATED NOESY-HSQC
1313D (H)CCH-TOCSY
1413D TROSY-HNCO
2513D INTRAHNCA
2613D HNCO
2713D HN(CA)CB
2813D CBCA(CO)NH
2913D (H)CC(CO)NH
21013D (H)CC(CO)NH
21113D (H)CCH-TOCSY
21214D 13C
213115N- SEPARATED HMQC-NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USIGN TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELLED MOF CHROMO BARREL DOMAIN. PHI, PSI AND CHI1 ANGLES WERE DETERMINED FROM 3J ( HA,HB),(HN,HA),(CO,CO) AND ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USIGN TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELLED MOF CHROMO BARREL DOMAIN. PHI, PSI AND CHI1 ANGLES WERE DETERMINED FROM 3J ( HA,HB),(HN,HA),(CO,CO) AND (N,CG) COUPLINGS AND DIPOLAR- DIPOLAR AND DIPOLAR-CHEMICAL SHIFT ANISOTROPY RELAXATION INTERFERENCE.

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O, 25MMOLES/L SODIUM PHOSPHATE, 150MMOL/L SODIUM CHLORIDE
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1212 mM51.0 atm298.0 K
2212 mM51.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS 1.0 WITH ARIA1.1.2 ARIA1.1.2ARIA1.1.2A.T.BRUNGER,J.P.LINGE,S.J.ODONOGHUE,M.NILGES.精密化
ARIA構造決定
CNS構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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