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万見
- PDB-2btu: Crystal structure of Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-liga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2btu
タイトルCrystal structure of Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase from Bacillus Anthracis at 2.3A resolution.
要素PHOSPHORIBOSYL-AMINOIMIDAZOLE SYNTHETASE
キーワードSYNTHASE / PURM / DE NOVO PURINE BIOSYNTHESIS / AIR SYNTHASE FAMILY / SPINE / SYNTHETASE / FGAR AMIDOTRANSFERASE / NOVEL FOLD / STRUCTURAL PROTEOMICS IN EUROPE / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain ...Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Levdikov, V.M. / Fogg, M.J. / Lebedev, A.A. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Phosphoribosylformylglycinamidine Cyclo-Ligase from Bacillus Anthracis at 2.3A Resolution.
著者: Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Levdikov, V.M. / Fogg, M.J. / Lebedev, A.A. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S.
履歴
登録2005年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHORIBOSYL-AMINOIMIDAZOLE SYNTHETASE
B: PHOSPHORIBOSYL-AMINOIMIDAZOLE SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5942
ポリマ－74,5942
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.490, 89.490, 88.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHORIBOSYL-AMINOIMIDAZOLE SYNTHETASE / PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE CYCLO-LIGASE AIRS / PHOSPHORIBOSYL-AMINOIMIDAZOLE SYNTHETASE / AIR SYNTHASE


分子量: 37297.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / プラスミド: PET-YSBLIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q81ZH0, phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: ATP + 2-(FORMAMIDO)-N(1)-(5-PHOSPHO-D- RIBOSYL)ACETAMIDINE = ADP + PHOSPHATE + ...CATALYTIC ACTIVITY: ATP + 2-(FORMAMIDO)-N(1)-(5-PHOSPHO-D- RIBOSYL)ACETAMIDINE = ADP + PHOSPHATE + 5-AMINO-1-(5-PHOSPHO-D- RIBOSYL)IMIDAZOLE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, 17% PEG2K, 0.1M TRIS-HCL PH 8.0, 0.1M TMAO (TRIMETHYLAMINE-N-OXIDE)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.00806
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00806 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→25 Å / Num. obs: 28479 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.31→2.39 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 47.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CLI

1cli


解像度: 2.31→25 Å / Num. parameters: 19680 / Num. restraintsaints: 19478 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: MEROHEDRAL TWIN, TWINNING FRACTION 0.42
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 1375 5 %RANDOM
all0.1825 27092 --
obs--93.3 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 4578.91
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4418 0 0 166 4584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0246
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.09
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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