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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bs3 | ||||||
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タイトル | GLU C180 -> GLN VARIANT QUINOL:FUMARATE REDUCTASE FROM WOLINELLA SUCCINOGENES | ||||||
![]() | (QUINOL-FUMARATE REDUCTASE ...) x 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / 2FE-2S / 3FE-4S / 4FE-4S / CITRIC ACID CYCLE / DIHAEM CYTOCHROME B / ELECTRON TRANSPORT / FAD / FLAVOPROTEIN / FUMARATE REDUCTASE / HEME / ION-SULPHUR PROTEIN / IRON / IRON- SULFUR / METAL-BINDING / RESPIRATORY CHAIN / SUCCINATE DEHYDROGENASE / TRANSMEMBRANE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE | ||||||
機能・相同性 | ![]() succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / : / tricarboxylic acid cycle / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / : / tricarboxylic acid cycle / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lancaster, C.R.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Experimental Support for the E-Pathway Hypothesis of Coupled Transmembrane Electron and Proton Transfer in Dihemic Quinol:Fumarate Reductase 著者: Lancaster, C.R.D. / Sauer, U.S. / Gross, R. / Haas, A.H. / Graf, J. / Schwalbe, H. / Maentele, W. / Simon, J. / Madej, G. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2003 タイトル: Wolinella Succinogenes Quinol:Fumarate Reductase and its Comparison to E. Coli Succinate:Quinone Reductase 著者: Lancaster, C.R.D. #2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2002 タイトル: Wolinella Succinogenes Quinol:Fumarate Reductase -2.2 Angstrom Resolution Crystal Structure and the E-Pathway Hypothesis of Coupled Transmembrane Proton and Electron Transfer 著者: Lancaster, C.R.D. #3: ![]() タイトル: A Third Crystal Form of Wolinella Succinogenes Quinol:Fumarate Reductase Reveals Domain Closure at the Site of Fumarate Reduction 著者: Lancaster, C.R.D. / Gross, R. / Simon, J. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Essential Role of Glu-C66 for Menaquinol Oxidation Indicates Transmembrane Electrochemical Potential Generation by Wolinella Succinogenes Fumarate Reductase 著者: Lancaster, C.R.D. / Gross, R. / Haas, A. / Ritter, M. / Maentele, W. / Simon, J. / Kroeger, A. #5: ![]() タイトル: Structure of Fumarate Reductase from Wolinella Succinogenes at 2.2 Angstroms Resolution 著者: Lancaster, C.R.D. / Kroeger, A. / Auer, M. / Michel, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 501.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 400.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 97.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 134.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999932, -0.011239, 0.003138), ベクター: |
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要素
-QUINOL-FUMARATE REDUCTASE ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 72825.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: FAD COVALENTLY BOUND TO HIS A43 BY AN 8-ALPHA-(N-EPSILON-HISTIDYL) BOND 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27197.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 29758.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-糖 , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
#11: 糖 |
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-非ポリマー , 8種, 1007分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-HEM / #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | FUNCTION: ESSENTIAL FOR FUMARATE RESPIRATIO配列の詳細 | AUTHORS SAY CONFLICT GLN 180 GLU FOR CHAINS C, F IS A VARIANT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 % |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→38.6 Å / Num. obs: 182229 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.24 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BS2 解像度: 2.19→38.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2855917.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.4032 Å2 / ksol: 0.309923 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→38.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.19→2.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 15
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Xplor file |
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