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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2brx | ||||||
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タイトル | UMP KINASE FROM PYROCOCCUS FURIOSUS WITHOUT LIGANDS | ||||||
![]() | URIDYLATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / UMP KINASE / AMINO ACID KINASE / PHOSPHORYL GROUP TRANSFER / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marco-Marin, C. / Gil-Ortiz, F. / Rubio, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Pyrococcus Furiosus Ump Kinase Provides Insight Into Catalysis and Regulation in Microbial Pyrimidine Nucleotide Biosynthesis. 著者: Marco-Marin, C. / Gil-Ortiz, F. / Rubio, V. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.30291, -0.83757, 0.45466), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26565.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8U122, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 % / 解説: NOT DEPOSITED YET |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 3.5 M SODIUM FORMATE, pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月8日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SILICON (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979471 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 19894 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.6518 Å2 / ksol: 0.356623 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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