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- PDB-2bol: CRYSTAL STRUCTURE AND ASSEMBLY OF TSP36, A METAZOAN SMALL HEAT SH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bol
タイトルCRYSTAL STRUCTURE AND ASSEMBLY OF TSP36, A METAZOAN SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
要素SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
キーワードHEAT SHOCK PROTEIN / SMALL HEAT SHOCK PROTEIN / A-CRYSTALLIN / MOLECULAR CHAPERONE / TAENIA SAGINATA
機能・相同性
機能・相同性情報


Arc Repressor Mutant, subunit A - #50 / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Helix non-globular / Special ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #50 / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Helix non-globular / Special / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small heat shock protein p36
類似検索 - 構成要素
生物種TAENIA SAGINATA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stamler, R.J. / Kappe, G. / Boelens, W.C. / Slingsby, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Wrapping the Alpha-Crystallin Domain Fold in a Chaperone Assembly.
著者: Stamler, R.J. / Kappe, G. / Boelens, W.C. / Slingsby, C.
履歴
登録2005年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
B: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4414
ポリマ－71,2492
非ポリマー1922
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.590, 102.050, 139.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999932, -0.011239, 0.003138), (0.010826, -0.793178, 0.608894), (-0.004354, 0.608886, 0.793246)
ベクター: 174.4428, -1.514, 0.7045)

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要素

#1: タンパク質 SMALL HEAT SHOCK PROTEIN / TSP36


分子量: 35624.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TAENIA SAGINATA (無脊椎動物) / 解説: ONCOSPHERE / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7YZT0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HANGING DROP 1:1 PROTEIN:RESERVOIR SOLUTION 1.7 M AMMONIUM SULPHATE 10MM DTT 100 MM ADA (PH 6.5) 90 MM SODIUM POTASSIUM TARTRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97927
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICIUM / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→51.03 Å / Num. obs: 25578 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→51.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1993606.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH HENDRICKSON- - LATTMAN COEFFICIENTS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1317 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 25578 57 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 39.7426 Å2 / ksol: 0.373499 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2--5.5 Å20 Å2
3----5.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→51.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4737 0 10 45 4792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.172.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 134 5.1 %
Rwork0.269 2507 -
obs--47.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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