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- PDB-2bo2: EGF Domains 1,2,5 of human EMR2, a 7-TM immune system molecule, i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bo2
タイトルEGF Domains 1,2,5 of human EMR2, a 7-TM immune system molecule, in complex with calcium.
要素EGF-LIKE MODULE CONTAINING MUCIN-LIKE HORMONE RECEPTOR-LIKE 2 PRECURSOR
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD97 / CD55 / 7TM / CALCIUM-BINDING / CELL ADHESION / EGF-LIKE DOMAIN / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte chemotaxis / chondroitin sulfate binding / regulation of mast cell degranulation / leading edge membrane / Class B/2 (Secretin family receptors) / G protein-coupled receptor activity / ruffle membrane / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell migration / cell surface receptor signaling pathway ...granulocyte chemotaxis / chondroitin sulfate binding / regulation of mast cell degranulation / leading edge membrane / Class B/2 (Secretin family receptors) / G protein-coupled receptor activity / ruffle membrane / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell migration / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / calcium ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, ADGRE2/ADGRE5 / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / : / Calcium-binding EGF domain / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site ...GPCR, family 2, ADGRE2/ADGRE5 / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / : / Calcium-binding EGF domain / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / Laminin / Laminin / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Adhesion G protein-coupled receptor E2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Abbott, R.J.M. / Spendlove, I. / Roversi, P. / Teriete, P. / Knott, V. / Handford, P.A. / McDonnell, J.M. / Lea, S.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Novel T Cell Receptor Co-Regulatory Protein Complex, Cd97-Cd55.
著者: Abbott, R.J.M. / Spendlove, I. / Roversi, P. / Fitzgibbon, H. / Knott, V. / Teriete, P. / Mcdonnell, J.M. / Handford, P.A. / Lea, S.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Three Egf Domains of Emr2, a 7Tm Immune-System Molecule
著者: Abbott, R.J.M. / Knott, V. / Roversi, P. / Neudeck, S. / Lukacik, P. / Handford, P.A. / Lea, S.M.
履歴
登録2005年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EGF-LIKE MODULE CONTAINING MUCIN-LIKE HORMONE RECEPTOR-LIKE 2 PRECURSOR
B: EGF-LIKE MODULE CONTAINING MUCIN-LIKE HORMONE RECEPTOR-LIKE 2 PRECURSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4837
ポリマ－31,1862
非ポリマー2975
水57632
1
A: EGF-LIKE MODULE CONTAINING MUCIN-LIKE HORMONE RECEPTOR-LIKE 2 PRECURSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8104
ポリマ－15,5931
非ポリマー2173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EGF-LIKE MODULE CONTAINING MUCIN-LIKE HORMONE RECEPTOR-LIKE 2 PRECURSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6733
ポリマ－15,5931
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.845, 61.377, 35.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 84.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.88169, -0.01375, -0.47163), (0.02917, -0.99925, -0.0254), (-0.47093, -0.03615, 0.88143)40.71574, 3.80116, 0.42833
2given(-0.89028, -0.01871, -0.45502), (0.02905, -0.99945, -0.01575), (-0.45448, -0.02724, 0.89034)0.87519, 3.83622, 0.35158
3given(-0.87053, -0.02242, -0.49161), (0.04851, -0.99801, -0.04038), (-0.48973, -0.05901, 0.86988)1.04546, 3.89819, 0.70579
4given(-0.87811, -0.04456, -0.47638), (0.06446, -0.99759, -0.0255), (-0.4741, -0.0531, 0.87887)40.72758, 3.449, 0.32825
5given(-0.87421, -0.04832, -0.48314), (0.06119, -0.99807, -0.01089), (-0.48168, -0.03908, 0.87547)40.74611, 3.40166, 0.72657

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要素

#1: タンパク質 EGF-LIKE MODULE CONTAINING MUCIN-LIKE HORMONE RECEPTOR-LIKE 2 PRECURSOR / EGF-LIKE MODULE EMR2


分子量: 15593.094 Da / 分子数: 2 / 断片: EGF DOMAINS 1,2 AND 5,RESIDUES 25-118,212-260 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / Variant (発現宿主): PREP4 / 参照: UniProt: Q9UHX3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS IS NCBI PROTSEQ ENTRY NP_690881 IT IS ALTERNATIVELY SPLICED ISOFORM C OF THE GENE ID 30817 ...THIS IS NCBI PROTSEQ ENTRY NP_690881 IT IS ALTERNATIVELY SPLICED ISOFORM C OF THE GENE ID 30817 LOCUS TAG HGNC3337 OMIM 606100. THE ENTRY BELOW DESCRIBES EGF DOMAINS 1, 2 AND 5.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1-0.175 M CALCIUM ACETATE, 12-16% W/V PEG 8000, 0.1 M NA CACODYLATE BUFFER PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.5 Å / Num. obs: 10840 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: -4.823 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5F.0.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BOU (BARIUM COMPLEX OF THE SAME PROTEIN)

2bou


解像度: 2.6→29.54 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT CSDX_PROTGEO.DAT / 詳細: REFINED USING BUSTER-TNT VERSION 1.0.4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 516 5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.239 10174 --
obs0.239 10714 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MASKING / Bsol: 47 Å2 / ksol: 0.3634 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 0 9 32 2125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00321512
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.55529143
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.79112800
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.004642
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0113115
X-RAY DIFFRACTIONt_it0.829215120
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.03525
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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