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万見
- PDB-2bnu: Structural and kinetic basis for heightened immunogenicity of T c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bnu
タイトルStructural and kinetic basis for heightened immunogenicity of T cell vaccines
要素
  • T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN C REGION
  • T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN C REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM/RECEPTOR / SUPERAGONIST PEPTIDE T-CELL VACCINES / RECEPTOR / T-CELL / TRANSMEMBRANE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / IMMUNE SYSTEM-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling ...alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / immune response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 21 / T cell receptor beta variable 6-5 / T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chen, J.-L. / Stewart-Jones, G. / Bossi, G. / Lissin, N.M. / Wooldridge, L. / Choi, E.M.L. / Held, G. / Dunbar, P.R. / Esnouf, R.M. / Sami, M. ...Chen, J.-L. / Stewart-Jones, G. / Bossi, G. / Lissin, N.M. / Wooldridge, L. / Choi, E.M.L. / Held, G. / Dunbar, P.R. / Esnouf, R.M. / Sami, M. / Boultier, J.M. / Rizkallah, P.J. / Renner, C. / Sewell, A. / Van Der Merwe, P.A. / Jackobsen, B.K. / Griffiths, G. / Jones, E.Y. / Cerundolo, V.
引用
ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2005
タイトル: Structural and Kinetic Basis for Heightened Immunogenicity of T Cell Vaccines.
著者: Chen, J.-L. / Stewart-Jones, G. / Bossi, G. / Lissin, N.M. / Wooldridge, L. / Choi, E.M.L. / Held, G. / Dunbar, P.R. / Esnouf, R.M. / Sami, M. / Boulter, J.M. / Rizkallah, P. / Renner, C. / ...著者: Chen, J.-L. / Stewart-Jones, G. / Bossi, G. / Lissin, N.M. / Wooldridge, L. / Choi, E.M.L. / Held, G. / Dunbar, P.R. / Esnouf, R.M. / Sami, M. / Boulter, J.M. / Rizkallah, P. / Renner, C. / Sewell, A. / Van Der Merwe, P.A. / Jakobsen, B.K. / Griffiths, G. / Jones, E.Y. / Cerundolo, V.
#1: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2000
タイトル: Identification of NY-Eso-1 Peptide Analogues Capable of Improved Stimulation of Tumor-Reactive Ctl
著者: Chen, J.-L. / Dunbar, P.R. / Gileadi, U. / Jager, E. / Gnjatic, S. / Nagata, Y. / Stockert, E. / Panicali, D.L. / Chen, Y.-T. / Knuth, A. / Old, L.J. / Cerundolo, V.
履歴
登録2005年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN C REGION
B: T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN C REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2202
ポリマ－49,2202
非ポリマー00
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10820 Å2
ΔGint-31.3 kcal/mol
Surface area24420 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.991, 60.295, 82.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN C REGION / TCR ALPHA CHAIN


分子量: 22213.588 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS, RESIDUES 1-91 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: IMMUNE SYSTEM / Cell: T-LYMPHOCYTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01848, UniProt: A0A0B4J279*PLUS
#2: タンパク質 T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN C REGION / TCR BETA CHAIN


分子量: 27005.988 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS, RESIDUES 1-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: IMMUNE SYSTEM / Cell: T-LYMPHOCYTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P01848, UniProt: P01850, UniProt: A0A0K0K1A5*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.96 %
結晶化pH: 6.8 / 詳細: PH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 85029 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 62.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OGA

1oga


解像度: 1.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.245 -
obs0.245 85029
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3462 0 0 243 3705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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