[日本語] English
万見
- PDB-2bnl: The structure of the N-terminal domain of RsbR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bnl
タイトルThe structure of the N-terminal domain of RsbR
要素MODULATOR PROTEIN RSBR
キーワードSTRESS-RESPONSE / STRESS RESPONSE / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
RsbS co-antagonist protein RsbRA N-terminal domain / Rsbr N terminal / : / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like ...RsbS co-antagonist protein RsbRA N-terminal domain / Rsbr N terminal / : / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RsbT co-antagonist protein RsbRA
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Murray, J.W. / Delumeau, O. / Lewis, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of a Nonheme Globin in Environmental Stress Signaling.
著者: Murray, J.W. / Delumeau, O. / Lewis, R.J.
履歴
登録2005年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MODULATOR PROTEIN RSBR
B: MODULATOR PROTEIN RSBR
C: MODULATOR PROTEIN RSBR
D: MODULATOR PROTEIN RSBR
E: MODULATOR PROTEIN RSBR
F: MODULATOR PROTEIN RSBR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8799
ポリマ－97,8106
非ポリマー693
水14,250791
1
A: MODULATOR PROTEIN RSBR
B: MODULATOR PROTEIN RSBR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6263
ポリマ－32,6032
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: MODULATOR PROTEIN RSBR
D: MODULATOR PROTEIN RSBR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6263
ポリマ－32,6032
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: MODULATOR PROTEIN RSBR
F: MODULATOR PROTEIN RSBR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6263
ポリマ－32,6032
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)136.062, 136.062, 113.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 136
2116B1 - 136
3116C1 - 136
4116D1 - 136
5116E1 - 136
6116F1 - 136

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.42321, -0.89735, 0.12512), (-0.8885, -0.43808, -0.13658), (0.17737, -0.05337, -0.9827)145.28452, 228.84772, -14.81048
2given(0.53964, 0.82318, 0.17652), (0.84167, -0.52268, -0.13562), (-0.01938, 0.22176, -0.97491)-63.73373, 201.23291, -26.1363
3given(-0.52929, 0.84757, 0.0383), (-0.84817, -0.52973, 0.00143), (0.0215, -0.03173, 0.99927)-65.59531, 200.93973, -12.74161
4given(-0.99888, -0.0292, 0.03722), (-0.03026, 0.99914, -0.02822), (-0.03636, -0.02932, -0.99891)70.91087, 42.5564, 21.62604
5given(-0.40159, -0.91172, -0.08653), (0.90787, -0.40874, 0.09327), (-0.1204, -0.0411, 0.99187)139.89409, 144.87776, -25.49308

-
要素

#1: タンパク質
MODULATOR PROTEIN RSBR


分子量: 16301.636 Da / 分子数: 6 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-136 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P42409
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細POSITIVE REGULATOR OF SIGMA-B ACTIVITY IN SALT AND HEAT STRESS
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE FROM RESIDUES 3-136.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: EQUAL VOLUMES OF 1.8M SODIUM MALONATE PH 8.0 AND 10MG/ML N-RSBR PROTEIN IN A HANGING DROP ABOVE A WELL OF 1.8M SODIUM MALONATE PH 8.0.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97889
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97889 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→22.25 Å / Num. obs: 80643 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.05 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 13.11 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→22.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 5.449 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 4050 5 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.157 76557 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→22.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6484 0 3 791 7278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0350.0226600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1121.9448938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.065313572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8645767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.80626.246357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.591151222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6561519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.21007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.21618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.25975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.23354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.23648
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2631
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1320.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2650.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4191.53880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.53426284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.26732854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5594.52654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2018 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.445
2Bloose positional0.485
3Cloose positional0.385
4Dloose positional0.495
5Eloose positional0.445
6Floose positional0.565
1Aloose thermal2.0610
2Bloose thermal2.5110
3Cloose thermal2.3510
4Dloose thermal2.7610
5Eloose thermal2.3610
6Floose thermal2.2410
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.23 287
Rwork0.164 5555
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6767-0.35840.94222.2545-0.51331.19560.1313-0.1467-0.0583-0.04080.03170.1476-0.0584-0.1217-0.163-0.0661-0.02270.0385-0.03610.0271-0.070833.74151.469-5.2885
21.69420.4983-0.60092.48460.35260.61850.1109-0.01020.2464-0.0897-0.06680.19240.0285-0.1335-0.0441-0.0592-0.0207-0.0233-0.02440.0207-0.064223.3741133.3655-12.6748
32.52240.7009-0.55271.7692-0.6940.6715-0.13630.0594-0.1947-0.05410.06430.00230.08060.07820.072-0.06150.00280.0131-0.0497-0.0184-0.062110.3892109.80723.6028
42.43540.8212-0.36011.7540.50040.9471-0.10010.1286-0.12150.04420.1743-0.13210.0643-0.0485-0.0742-0.05230.0132-0.0129-0.0386-0.0158-0.0933-10.5172110.06911.1623
52.30290.14570.33622.9686-0.20371.16680.13970.1507-0.05160.17740.0188-0.146-0.11680.0245-0.1586-0.0339-0.01220.032-0.08470.016-0.086534.7773110.678822.4206
61.9934-0.1649-0.44531.8175-0.92851.25840.09860.06960.17490.068-0.0802-0.0565-0.00930.1647-0.0183-0.0306-0.0284-0.0122-0.04960.0074-0.093446.315593.303929.856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 136
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 136
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 136
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 136

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る