PDB-2bmt: SCORPION TOXIN BMTX2 FROM BUTHUS MARTENSII KARSCH, NMR, 25 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bmt

タイトル

SCORPION TOXIN BMTX2 FROM BUTHUS MARTENSII KARSCH, NMR, 25 STRUCTURES

要素

TOXIN BMTX2

キーワード

NEUROTOXIN / SCORPION / LARGE CONDUCTANCE POTASSIUM CHANNEL / VOLTAGE GATED POTASSIUM CHANNEL / BUTHUS MARTENSII

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 1.6

機能・相同性情報

生物種

Mesobuthus martensii (サソリ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Blanc, E. / Romi-Lebrun, R. / Bornet, O. / Nakajima, T. / Darbon, H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution structure of two new toxins from the venom of the Chinese scorpion Buthus martensi Karsch blockers of potassium channels.
著者: Blanc, E. / Romi-Lebrun, R. / Bornet, O. / Nakajima, T. / Darbon, H.

履歴

登録	1998年6月16日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status ...entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bmt.cif.gz	278.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bmt.ent.gz	231.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/2bmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/2bmt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bigC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fzv-d 5wov-d 1z96-2 1hhc-2 5wcv-d 1w7z-3 1fu3-d 4mzz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TOXIN BMTX2

4.19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 25	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	TOXIN BMTX2 分子量: 4191.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesobuthus martensii (サソリ) / 株: KARSCH / 参照: UniProt: Q9NII5
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	COSY

-
試料調製

詳細	内容: WATER
試料状態	pH: 3 / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX500 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.84	モデル構築
X-PLOR	3.84	精密化
X-PLOR	3.84	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.84	BRUNGER	精密化
DIANA			構造決定
DYANA			構造決定

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: 10,000 ITERATIONS OF THE POWELL ALGORITHM WITH CHARMM FORCE FIELD

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 25

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)