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万見
- PDB-2bme: high resolution structure of GppNHp-bound human Rab4a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bme
タイトルhigh resolution structure of GppNHp-bound human Rab4a
要素RAS-RELATED PROTEIN RAB4A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GTP-BINDING PROTEIN / VESICULAR TRANSPORT / ENDOCYTOSIS / PRENYLATION / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / Rab protein signal transduction / insulin-responsive compartment / vesicle-mediated transport in synapse / RAB geranylgeranylation / MET receptor recycling / TBC/RABGAPs / antigen processing and presentation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of endocytosis ...neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / Rab protein signal transduction / insulin-responsive compartment / vesicle-mediated transport in synapse / RAB geranylgeranylation / MET receptor recycling / TBC/RABGAPs / antigen processing and presentation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of endocytosis / vesicle-mediated transport / cytoplasmic vesicle membrane / small monomeric GTPase / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / recycling endosome / recycling endosome membrane / GDP binding / protein transport / G protein activity / early endosome membrane / vesicle / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rab4 / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases ...Rab4 / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-4A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Scheidig, A.J. / Huber, S.K.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2005
タイトル: High Resolution Crystal Structures of Human Rab4A in its Active and Inactive Conformations.
著者: Huber, S.K. / Scheidig, A.J.
履歴
登録2005年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAS-RELATED PROTEIN RAB4A
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB4A
C: RAS-RELATED PROTEIN RAB4A
D: RAS-RELATED PROTEIN RAB4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,79418
ポリマ－83,9634
非ポリマー2,83114
水12,322684
1
A: RAS-RELATED PROTEIN RAB4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8606
ポリマ－20,9911
非ポリマー8695
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5373
ポリマ－20,9911
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: RAS-RELATED PROTEIN RAB4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7385
ポリマ－20,9911
非ポリマー7474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: RAS-RELATED PROTEIN RAB4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6594
ポリマ－20,9911
非ポリマー6693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)99.790, 99.790, 95.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
RAS-RELATED PROTEIN RAB4A / RAB4A


分子量: 20990.775 Da / 分子数: 4 / 断片: NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET19TEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20338, small monomeric GTPase

-
非ポリマー , 5種, 698分子

#2: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 % / 解説: USED MODEL WITHOUT NUCLEOTIDE, MAGNESIUM AND WATER
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 8% (W/V) PEG 4000, 100MM SODIUM ACETATE PH 4.0 HANGING DROP 25 DEGREE CELSIUS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.008
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月23日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 128819 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HUQ

1huq


解像度: 1.57→19.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 1.634 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 6441 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 122377 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→19.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5532 0 172 684 6388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0215726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8211.9787728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0385678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.22504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0221.53390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65825426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.70932336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2054.52302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.61 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.269 377
Rwork0.228 7178
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.16630.12160.03241.6168-0.34982.6802-0.03460.00890.0278-0.05350.010.0007-0.15290.0330.02460.0420.0045-0.0220.06680.02160.0565.65382.27420.354
21.5719-0.0573-0.01081.60370.63791.90270.00740.0711-0.0507-0.0298-0.0280.0523-0.02850.00290.02060.0206-0.0109-0.01240.0224-0.01720.041484.1533.17328.5431
31.559-0.10450.50681.61770.02642.19960.0075-0.08070.10350.10530.0182-0.10750.00710.1271-0.02570.0211-0.0127-0.01230.059-0.0090.068946.807614.5741-22.3992
42.2890.5663-1.33871.5725-0.28473.4396-0.07180.0212-0.1851-0.05440.0367-0.12120.16570.06820.03510.10010.0181-0.00540.0549-0.01610.092944.661935.0966.437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 177
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 177
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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