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万見
- PDB-2bl9: X-ray crystal structure of Plasmodium vivax dihydrofolate reducta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bl9
タイトルX-ray crystal structure of Plasmodium vivax dihydrofolate reductase in complex with pyrimethamine and its derivative
要素DIHYDROFOLATE REDUCTASE-THYMIDYLATE SYNTHASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIHYDROFOLATE REDUCTASE / PLAMODIUM VIVAX / PYRIMETHAMINE / MALARIA / DRUG RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide biosynthetic process / thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process ...nucleotide biosynthetic process / thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / methylation / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A ...Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CP6 / Chem-NDP / Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase / Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM VIVAX (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kongsaeree, P. / Khongsuk, P. / Leartsakulpanich, U. / Chitnumsub, P. / Tarnchompoo, B. / Walkinshaw, M.D. / Yuthavong, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Plasmodium Vivax: Pyrimethamine Displacement Linked with Mutation-Induced Resistance.
著者: Kongsaeree, P. / Khongsuk, P. / Leartsakulpanich, U. / Chitnumsub, P. / Tarnchompoo, B. / Walkinshaw, M.D. / Yuthavong, Y.
履歴
登録2005年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE-THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1053
ポリマ－27,1111
非ポリマー9942
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.280, 55.740, 45.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROFOLATE REDUCTASE-THYMIDYLATE SYNTHASE / DIHYDROFOLATE REDUCTASE


分子量: 27110.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM VIVAX (マラリア 病原虫)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q9U0E8, UniProt: O02604*PLUS, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-CP6 / 5-(4-CHLORO-PHENYL)-6-ETHYL-PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE / PYRIMETHAMINE / ピリメタミン


分子量: 248.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13ClN4 / コメント: 薬剤, 抗寄生虫剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化詳細: 30%PEG4000, 100MM TRIS-HCL, PH 7.2, 10%GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU R-AXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月2日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30.47 Å / Num. obs: 24170 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.21 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.19 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J3J

1j3j


解像度: 1.9→30.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1288468.64 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2392 9.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 24170 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.3095 Å2 / ksol: 0.339516 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.29 Å20 Å2-0.23 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----7.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1762 0 65 266 2093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.972.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 292 9.9 %
Rwork0.331 2650 -
obs--69.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DHFR_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LIGANDS.PARAMLIGANDS.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CP6.PARCP6.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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