PDB-2bku: Kap95p:RanGTP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bku

タイトル

Kap95p:RanGTP complex

要素

GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN
IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT

キーワード

NUCLEAR TRANSPORT / IMPORTIN-BETA / RANGTP / GTP BINDING / PROTEIN TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of protein desumoylation / RISC complex binding / pre-miRNA binding / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore complex assembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / import into nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

CANIS FAMILIARIS (イヌ)

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Lee, S.J. / Matsuura, Y. / Liu, S.M. / Stewart, M.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structural Basis for Nuclear Import Complex Dissociation by Rangtp
著者: Lee, S.J. / Matsuura, Y. / Liu, S.M. / Stewart, M.

履歴

登録	2005年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2bku.ent.gz	325 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bku_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bku_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2bku_validation.xml.gz	68.1 KB	表示
CIF形式データ	2bku_validation.cif.gz	93.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/2bku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/2bku	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qgkS 1wa5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ea5-2 3ea5-1 5sw6-d 6b9b-d 3vlh-d 5sxq-d 3vlj-d 6i5l-d 3uw8-d 6cc6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#85 - 2007年1月
インポーチン (Importins)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
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クラスリン (Clathrin)
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カドヘリン (Cadherin)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
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アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
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グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN

B: IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT

C: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN

D: IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT

ヘテロ分子

231 kDa, 4 ポリマー
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1

A: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN

B: IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 2 ポリマー
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2

C: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN

D: IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.021, 127.879, 161.741
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	9 - 223
2	1	1	1	C	9 - 223
1	1	2	2	B	1 - 32
2	1	2	2	D	1 - 32
1	1	3	2	B	33 - 75
2	1	3	2	D	33 - 75
1	1	4	2	B	84 - 106
2	1	4	2	D	84 - 106
1	1	5	2	B	129 - 164
2	1	5	2	D	129 - 164
1	1	6	2	B	177 - 188
2	1	6	2	D	177 - 188
1	1	7	2	B	211 - 250
2	1	7	2	D	211 - 250
1	1	8	2	B	251 - 264
2	1	8	2	D	251 - 264
1	1	9	2	B	313 - 360
2	1	9	2	D	313 - 360
1	1	10	2	B	361 - 371
2	1	10	2	D	361 - 371
1	1	11	2	B	396 - 445
2	1	11	2	D	396 - 445
1	1	12	2	B	446 - 474
2	1	12	2	D	446 - 474
1	1	13	2	B	491 - 533
2	1	13	2	D	491 - 533
1	1	14	2	B	534 - 556
2	1	14	2	D	534 - 556
1	1	15	2	B	567 - 588
2	1	15	2	D	567 - 588
1	1	16	2	B	589 - 630
2	1	16	2	D	589 - 630
1	1	17	2	B	631 - 670
2	1	17	2	D	631 - 670
1	1	18	5	B	671 - 712
2	1	18	5	D	671 - 712
1	1	19	2	B	713 - 741
2	1	19	2	D	713 - 741
1	1	20	2	B	768 - 820
2	1	20	2	D	768 - 820
1	1	21	2	B	821 - 861
2	1	21	2	D	821 - 861
1	1	22	2	B	77 - 83
2	1	22	2	D	77 - 83
1	1	23	2	B	108 - 128
2	1	23	2	D	108 - 128
1	1	24	2	B	194 - 210
2	1	24	2	D	194 - 210
1	1	25	2	B	266 - 308
2	1	25	2	D	266 - 308
1	1	26	2	B	310 - 312
2	1	26	2	D	310 - 312
1	1	27	2	B	373 - 395
2	1	27	2	D	373 - 395
1	1	28	2	B	476 - 490
2	1	28	2	D	476 - 490
1	1	29	6	B	558 - 566
2	1	29	6	D	558 - 566
1	1	30	5	B	741 - 745
2	1	30	5	D	741 - 745
1	1	31	5	B	746 - 767
2	1	31	5	D	746 - 767
1	1	32	1	B	165 - 176
2	1	32	1	D	165 - 176

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN / GTPASE RAN / RAS-LIKE PROTEIN TC4 分子量: 20335.584 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CANIS FAMILIARIS (イヌ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P62825
#2: タンパク質	IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT / KARYOPHERIN BETA-1 SUBUNIT / IMPORTIN 95 分子量: 94859.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06142
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	GTP-BINDING PROTEIN INVOLVED IN NUCLEOCYTOPLASMIC TRANSPORT. REQUIRED FOR THE IMPORT OF PROTEIN AND ...GTP-BINDING PROTEIN INVOLVED IN NUCLEOCYTOPLASMIC TRANSPORT. REQUIRED FOR THE IMPORT OF PROTEIN AND EXPORT OF RNA FROM THE NUCLEUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.79 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 61240 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 62.13 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGK, 1WA5

1qgk

1wa5

解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 15.54 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.404 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	3098	5.1 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
obs	0.226	58092	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15976	0	66	62	16104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	16337
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	14823
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.093	1.964	22194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.773	3	34560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.059	5	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.84	25.418	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.319	15	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.659	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	18152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	4315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	15238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	8227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	9249
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.214	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.237	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.102	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.83	6	13245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.646	10	16510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.26	6	7077
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.488	10	5684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2713	tight positional	0.05	0.1
2	B	190	tight positional	0.04	0.1
3	B	256	tight positional	0.05	0.1
4	B	137	tight positional	0.05	0.1
5	B	211	tight positional	0.06	0.1
6	B	71	tight positional	0.07	0.1
7	B	238	tight positional	0.06	0.1
8	B	83	tight positional	0.05	0.1
9	B	285	tight positional	0.06	0.1
10	B	64	tight positional	0.05	0.1
11	B	296	tight positional	0.05	0.1
12	B	169	tight positional	0.05	0.1
13	B	254	tight positional	0.05	0.1
14	B	137	tight positional	0.07	0.1
15	B	131	tight positional	0.06	0.1
16	B	249	tight positional	0.05	0.1
17	B	236	tight positional	0.06	0.1
19	B	170	tight positional	0.07	0.1
20	B	310	tight positional	0.06	0.1
21	B	244	tight positional	0.06	0.1
22	B	42	tight positional	0.05	0.1
23	B	124	tight positional	0.04	0.1
24	B	102	tight positional	0.07	0.1
25	B	256	tight positional	0.07	0.1
26	B	17	tight positional	0.04	0.1
27	B	137	tight positional	0.05	0.1
28	B	89	tight positional	0.05	0.1
32	B	97	tight positional	0.04	0.1
2	B	302	medium positional	0.12	0.3
3	B	382	medium positional	0.12	0.3
4	B	205	medium positional	0.13	0.3
5	B	322	medium positional	0.13	0.3
6	B	97	medium positional	0.13	0.3
7	B	356	medium positional	0.19	0.3
8	B	157	medium positional	0.15	0.3
9	B	417	medium positional	0.14	0.3
10	B	95	medium positional	0.1	0.3
11	B	453	medium positional	0.13	0.3
12	B	240	medium positional	0.1	0.3
13	B	372	medium positional	0.13	0.3
14	B	183	medium positional	0.15	0.3
15	B	207	medium positional	0.16	0.3
16	B	378	medium positional	0.12	0.3
17	B	362	medium positional	0.14	0.3
18	B	249	medium positional	0.18	0.3
19	B	244	medium positional	0.19	0.3
20	B	462	medium positional	0.12	0.3
21	B	427	medium positional	0.18	0.3
22	B	70	medium positional	0.11	0.3
23	B	181	medium positional	0.1	0.3
24	B	146	medium positional	0.16	0.3
25	B	391	medium positional	0.14	0.3
26	B	26	medium positional	0.08	0.3
27	B	206	medium positional	0.16	0.3
28	B	130	medium positional	0.11	0.3
30	B	30	medium positional	0.06	0.3
31	B	130	medium positional	0.1	0.3
18	B	389	loose positional	0.3	1
29	B	37	loose positional	0.32	1
30	B	45	loose positional	0.14	1
31	B	202	loose positional	0.16	1
1	A	2713	tight thermal	2.31	5
2	B	190	tight thermal	1.34	5
3	B	256	tight thermal	1.73	5
4	B	137	tight thermal	1.31	5
5	B	211	tight thermal	1.89	5
6	B	71	tight thermal	2.3	5
7	B	238	tight thermal	1.71	5
8	B	83	tight thermal	1.65	5
9	B	285	tight thermal	1.45	5
10	B	64	tight thermal	2.41	5
11	B	296	tight thermal	2.91	5
12	B	169	tight thermal	2.67	5
13	B	254	tight thermal	2.98	5
14	B	137	tight thermal	3.2	5
15	B	131	tight thermal	3.67	5
16	B	249	tight thermal	2.33	5
17	B	236	tight thermal	2.09	5
19	B	170	tight thermal	3.5	5
20	B	310	tight thermal	2.89	5
21	B	244	tight thermal	2.05	5
22	B	42	tight thermal	2.28	5
23	B	124	tight thermal	1.39	5
24	B	102	tight thermal	1.51	5
25	B	256	tight thermal	1.51	5
26	B	17	tight thermal	1.71	5
27	B	137	tight thermal	2.5	5
28	B	89	tight thermal	2.76	5
32	B	97	tight thermal	0.96	5
2	B	302	medium thermal	2.06	10
3	B	382	medium thermal	1.88	10
4	B	205	medium thermal	1.7	10
5	B	322	medium thermal	2.44	10
6	B	97	medium thermal	2.09	10
7	B	356	medium thermal	2.94	10
8	B	157	medium thermal	2.03	10
9	B	417	medium thermal	2.13	10
10	B	95	medium thermal	2.66	10
11	B	453	medium thermal	4.02	10
12	B	240	medium thermal	3.05	10
13	B	372	medium thermal	3.62	10
14	B	183	medium thermal	3.36	10
15	B	207	medium thermal	4.33	10
16	B	378	medium thermal	2.76	10
17	B	362	medium thermal	2.79	10
18	B	249	medium thermal	5.6	10
19	B	244	medium thermal	4.4	10
20	B	462	medium thermal	3.95	10
21	B	427	medium thermal	2.89	10
22	B	70	medium thermal	4.13	10
23	B	181	medium thermal	1.78	10
24	B	146	medium thermal	2.33	10
25	B	391	medium thermal	2.37	10
26	B	26	medium thermal	1.09	10
27	B	206	medium thermal	3.2	10
28	B	130	medium thermal	3.14	10
30	B	30	medium thermal	1.19	10
31	B	130	medium thermal	6.07	10
18	B	389	loose thermal	5.97	20
29	B	37	loose thermal	13.57	20
30	B	45	loose thermal	1.25	20
31	B	202	loose thermal	6.77	20

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.356	223
R_work	0.314	4154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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