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万見
- PDB-2bkb: q69e-FeSOD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bkb
タイトルq69e-FeSOD
要素SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
キーワードOXIDOREDUCTASE / SUPEROXIDE DISMUTASE / IRON REDOX TUNING / H-BOND NETWORK / MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


response to superoxide / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / oxidoreductase activity / iron ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase [Fe]
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yikilmaz, E. / Rodgers, D.W. / Miller, A.-F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The Crucial Importance of Chemistry in the Structure-Function Link: Manipulating Hydrogen Bonding in Iron-Containing Superoxide Dismutase.
著者: Yikilmaz, E. / Rodgers, D.W. / Miller, A.-F.
履歴
登録2005年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
B: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
C: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
D: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8458
ポリマ－84,6224
非ポリマー2234
水11,331629
1
A: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
B: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4234
ポリマ－42,3112
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
D: SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4234
ポリマ－42,3112
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.500, 107.700, 84.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
SUPEROXIDE DISMUTASE [FE]


分子量: 21155.471 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: REDUCED STATE / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGD3, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 69 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 69 TO GLU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 69 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 69 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLN 69 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLN 69 TO GLU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 %

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: GRADED MULTILAYER
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 87786 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WT-FESOD 1ISB.PDB

1isb


解像度: 1.7→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 847928.8 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 7776 10 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 79134 86.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.0928 Å2 / ksol: 0.362302 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.327 Å20 Å2-2.697 Å2
2---3.918 Å20 Å2
3---2.591 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6012 0 4 629 6645
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.632.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 891 9.9 %
Rwork0.253 8140 -
obs--53.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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