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万見
- PDB-2bjo: Crystal Structure of the Organic Hydroperoxide Resistance Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bjo
タイトルCrystal Structure of the Organic Hydroperoxide Resistance Protein OhrB of Bacillus subtilis
要素ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN OHRB
キーワードOXIDOREDUCTASE / ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE / HEAT SHOCK PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能
Organic hydroperoxide resistance protein famiy / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / N-terminal domain of TfIIb - #10 / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta ...Organic hydroperoxide resistance protein famiy / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / N-terminal domain of TfIIb - #10 / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Organic hydroperoxide resistance protein OhrB
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cooper, D.R. / Surendranath, Y. / Bielnicki, J. / Devedjiev, Y. / Joachimiak, A. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure of the Bacillus Subtilis Ohrb Hydroperoxide-Resistance Protein in a Fully Oxidized State.
著者: Cooper, D.R. / Surendranath, Y. / Devedjiev, Y. / Bielnicki, J. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2005年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN OHRB
B: ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN OHRB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8882
ポリマ－28,8882
非ポリマー00
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-38.2 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.340, 41.434, 44.600
Angle α, β, γ (deg.)84.45, 91.51, 73.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN OHRB / GENERAL STRESS PROTEIN 17O / GSP17O


分子量: 14444.157 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) / 参照: UniProt: P80242
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS PROTEIN PARTICIPATE IN ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE ENGINEERED MUTATION LYS 34 TO ALA, LYS ...THIS PROTEIN PARTICIPATE IN ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE ENGINEERED MUTATION LYS 34 TO ALA, LYS 35 TO ALA, GLU 36 TO ALA IN CHAINS A AND B
Has protein modificationY
配列の詳細TRIPLE MUTATION TO AID CRYSTALLIZATION METHIONINE IS NOT IN THE ALIGNMENT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 1.0 M SODIUM CITRATE AND 0.1 M CACODYLATE (PH 6.5).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月19日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL MAXFLUX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 12453 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 46.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N2F

1n2f


解像度: 2.1→44.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 942 7.64 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.161 11511 88.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.502 Å20.379 Å2-0.309 Å2
2---0.199 Å20.595 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2006 0 0 218 2224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222034
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.431.9542746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.43234266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4865268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94625.95794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72615342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.966158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.160.21750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1540.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0830.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1720.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.39721713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.80832102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2542792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2023644
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 33 -
Rwork0.242 408 -
obs--43.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9389-0.3941-0.17411.43520.24930.8413-0.0965-0.0225-0.10740.38860.1052-0.03180.095-0.0103-0.0087-0.0147-0.0052-0.0106-0.0603-0.0092-0.0551-5.632-3.0679.434
20.927-0.58340.361.7693-0.98382.77870.06870.14390.0082-0.2347-0.1061-0.12950.0925-0.00040.0375-0.0384-0.01380.0203-0.0773-0.0045-0.0408-1.9861.696-12.346
31.3701-0.87970.30742.8986-0.30441.3521-0.0088-0.0495-0.1392-0.08840.07140.1894-0.0918-0.2263-0.0626-0.0583-0.0135-0.0055-0.0480.0112-0.045-10.2273.988-1.408
41.2899-1.51680.5463.5587-0.78691.5984-0.1069-0.11950.10760.3409-0.0208-0.3673-0.09930.18260.1277-0.0434-0.0195-0.0329-0.04430.00360.00748.718-1.6939.112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2A45 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 44
4X-RAY DIFFRACTION4B45 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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