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- PDB-2bjh: Crystal Structure Of S133A AnFaeA-ferulic acid complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bjh
タイトルCrystal Structure Of S133A AnFaeA-ferulic acid complex
要素FERULOYL ESTERASE A
キーワードHYDROLASE / DEGRADATION PLANT CELL WALLS / FERULOYL ESTERASE / GLYCOPROTEIN / SERINE ESTERASE / XYLAN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


feruloyl esterase / feruloyl esterase activity / pectin catabolic process / cellulose binding / xylan catabolic process / cellulose catabolic process / lipid metabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Feruloyl esterase A
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Faulds, C.B. / Molina, R. / Gonzalez, R. / Husband, F. / Juge, N. / Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2005
タイトル: Probing the Determinants of Substrate Specificity of a Feruloyl Esterase, Anfaea, from Aspergillus Niger
著者: Faulds, C.B. / Molina, R. / Gonzalez, R. / Husband, F. / Juge, N. / Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2005年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERULOYL ESTERASE A
B: FERULOYL ESTERASE A
C: FERULOYL ESTERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,94112
ポリマ－85,0323
非ポリマー1,9109
水6,720373
1
A: FERULOYL ESTERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9804
ポリマ－28,3441
非ポリマー6373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: FERULOYL ESTERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9804
ポリマ－28,3441
非ポリマー6373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: FERULOYL ESTERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9804
ポリマ－28,3441
非ポリマー6373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.750, 130.750, 76.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99999, -0.00166, -0.00393), (0.00172, -0.99989, -0.01502), (-0.0039, -0.01503, 0.99988)23.46257, 94.88925, -0.3918
2given(0.43155, 0.13112, 0.89251), (-0.55936, 0.8151, 0.15072), (-0.70773, -0.56428, 0.4251)-23.78529, 62.56401, 39.55011

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要素

#1: タンパク質 FERULOYL ESTERASE A / FERULIC ACID ESTERASE A / FAE-III / CINNAMOYL ESTERASE


分子量: 28343.875 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌) / 株: CBS 120.49/N400 / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: O42807, feruloyl esterase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID / フェルラ酸


分子量: 194.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INVOLVED IN DEGRADATION OF PLANT CELL WALLS. HYDROLYZES THE FERULOYL-ARABINOSE ESTER BOND IN ...INVOLVED IN DEGRADATION OF PLANT CELL WALLS. HYDROLYZES THE FERULOYL-ARABINOSE ESTER BOND IN ARABINOXYLANS, AND THE FERULOYL-GALACTOSE ESTER BOND IN PECTIN. BINDS TO CELLULOSE. FERULOYL-POLYSACCHARIDE + H(2)O = FERULATE + POLYSACCHARIDE. ENGINEERED RESIDUE SER 154 ALA, CHAINS A, B AND C. RESIDUE 133 IN THE COORDINATE RECORDS BELOW.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.7 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES, PH = 7.5, [FAXX]= 10 MM.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.918381
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918381 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→49.5 Å / Num. obs: 47613 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.41→2.58 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1USW

1usw


解像度: 2.54→49.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1573406.34 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1958 6.6 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 29512 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.0691 Å2 / ksol: 0.376446 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.66 Å20 Å2-2.06 Å2
2--12.32 Å20 Å2
3----1.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5973 0 132 373 6478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 248 5 %
Rwork0.27 4680 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5FERULATE.PARFERULATE.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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