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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bjg | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Conjugated Bile Acid Hydrolase from Clostridium perfringens in Complex with Reaction Products Taurine and Deoxycholate | ||||||
![]() | CHOLOYLGLYCINE HYDROLASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / AMIDOHYDROLASE / NTN-HYDROLASE / CBAH / BSH / BILE ACIDS | ||||||
機能・相同性 | ![]() chenodeoxycholoyltaurine hydrolase activity / choloylglycine hydrolase activity / choloylglycine hydrolase / bile acid biosynthetic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / transferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rossocha, M. / Schultz-Heienbrok, R. / Von Moeller, H. / Coleman, J.P. / Saenger, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conjugated Bile Acid Hydrolase is a Tetrameric N-Terminal Thiol Hydrolase with Specific Recognition of its Cholyl But not of its Tauryl Product 著者: Rossocha, M. / Schultz-Heienbrok, R. / Von Moeller, H. / Coleman, J.P. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 320 / Label seq-ID: 2 - 320
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.997, -0.003, -0.078), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37221.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PKK233-2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 25% PEG4000, 200 MM AMMONIUMSULFATE, 100 MM BISTRIS PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 34729 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / % possible all: 84 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BJF 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.07 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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