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- PDB-2bj0: Crystal Structure of AChBP from Bulinus truncatus revals the cons... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bj0
タイトルCrystal Structure of AChBP from Bulinus truncatus revals the conserved structural scaffold and sites of variation in nicotinic acetylcholine receptors
要素ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
キーワードGLYCOPROTEIN / GLYCPROTEIN / IGG FOLD / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / PENTAMER
機能・相同性Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種BULINUS TRUNCATUS (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Celie, P.H.N. / Klaassen, R.V. / Van Rossum-Fikkert, S.E. / Van Elk, R. / Van Nierop, P. / Smit, A.B. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Acetylcholine-Binding Protein from Bulinus Truncatus Reveals the Conserved Structural Scaffold and Sites of Variation in Nicotinic Acetylcholine Receptors.
著者: Celie, P.H.N. / Klaassen, R.V. / Van Rossum-Fikkert, S.E. / Van Elk, R. / Van Nierop, P. / Smit, A.B. / Sixma, T.K.
履歴
登録2005年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
B: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
C: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
D: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
E: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4309
ポリマ－114,5445
非ポリマー8854
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.945, 219.018, 166.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2001-

HOH

21E-2006-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.29637, 0.95469, -0.02704), (-0.95345, 0.2941, -0.06662), (-0.05565, 0.04552, 0.99741)-47.94117, 95.66893, -1.66347
2given(-0.79796, 0.59583, -0.09083), (-0.59389, -0.80299, -0.0501), (-0.10279, 0.01397, 0.99461)25.96479, 168.17766, 2.90733
3given(-0.79442, -0.59966, -0.09641), (0.60074, -0.79918, 0.02067), (-0.08944, -0.04149, 0.99513)120.90076, 119.18094, 6.86199
4given(0.31653, -0.94815, -0.02878), (0.94751, 0.31458, 0.05707), (-0.04506, -0.04533, 0.99796)102.63296, 15.30942, 5.23801

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要素

#1: タンパク質
ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN


分子量: 22908.893 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CAPS BUFFER MOLECULE IS COCRYSTALLIZED IN THE LIGAND BINDING-SITE. CAPS COULD BE BUILT IN 4 OUT OF 5 BINDING SITES WITHIN THE PENTAMER
由来: (組換発現) BULINUS TRUNCATUS (無脊椎動物) / Cell: GLIAL / プラスミド: PFASTBACI / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
#2: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACHBP FROM BULINUS TRUNCATUS CONTAINS SIGNAL SEQUENCE (MAELRGIILL LCTIAFHVSH G) THAT PRECEDES ...ACHBP FROM BULINUS TRUNCATUS CONTAINS SIGNAL SEQUENCE (MAELRGIILL LCTIAFHVSH G) THAT PRECEDES RESIDUE GLN 1 AND IS REMOVED UPON SECRETION. THIS SIGNAL SEQUENCE IS PRESENT IN THE GENBANK DATAFILE. THE UNIPROT ID WILL BE REFERENCED AS SOON AS IT IS AVAILABLE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化pH: 10.5
詳細: 0.1 M CAPS PH10.5, 0.2 M LITHIUMSULFATE, 2 M AMMONIUM SULFATE, pH 10.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.72 Å / Num. obs: 93560 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I9B

1i9b


解像度: 2→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.748 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 4645 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 88439 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.91 Å20 Å20 Å2
2---2.11 Å20 Å2
3----1.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8050 0 56 424 8530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5231.94911350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.00851016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10725.163368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.954151418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.3741535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.23485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1121.55240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84628360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47833565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9614.52990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.327 244
Rwork0.292 5422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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