[日本語] English
万見
- PDB-2bih: crystal structure of the Molybdenum-containing nitrate reducing f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bih
タイトルcrystal structure of the Molybdenum-containing nitrate reducing fragment of Pichia angusta assimilatory nitrate reductase
要素NITRATE REDUCTASE [NADPH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / NITRATE ASSIMILATION
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrate reductase (NADPH) / nitrate reductase (NADPH) activity / sulfite oxidase activity / sulfur compound metabolic process / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / nitrate assimilation / nitric oxide biosynthetic process / FAD binding / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Nitrate reductase NADH dependent / Immunoglobulin-like - #650 / Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2 / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Moybdenum cofactor oxidoreductase, dimerisation / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductase / Mo-co oxidoreductase dimerisation domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily ...Nitrate reductase NADH dependent / Immunoglobulin-like - #650 / Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2 / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Moybdenum cofactor oxidoreductase, dimerisation / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductase / Mo-co oxidoreductase dimerisation domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Immunoglobulin E-set / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(MOLYBDOPTERIN-S,S)-DIOXO-THIO-MOLYBDENUM(IV) / Nitrate reductase [NADPH]
類似検索 - 構成要素
生物種PICHIA ANGUSTA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fischer, K. / Barbier, G. / Hecht, H.-J. / Mendel, R.R. / Campbell, W.H. / Schwarz, G.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of Eukaryotic Nitrate Reduction: Crystal Structures of the Nitrate Reductase Active Site
著者: Fischer, K. / Barbier, G. / Hecht, H.-J. / Mendel, R.R. / Campbell, W.H. / Schwarz, G.
履歴
登録2005年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NITRATE REDUCTASE [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9062
ポリマ－54,3881
非ポリマー5181
水1,06359
1
A: NITRATE REDUCTASE [NADPH]
ヘテロ分子

A: NITRATE REDUCTASE [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,8124
ポリマ－108,7762
非ポリマー1,0372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area5890 Å2
ΔGint-27.3 kcal/mol
Surface area32060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.740, 76.740, 306.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 NITRATE REDUCTASE [NADPH] / ASSIMILATORY NITRATE REDUCTASE


分子量: 54387.883 Da / 分子数: 1
断片: MOCO-BINDING DOMAIN, DIMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 11-13,20-478
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PICHIA ANGUSTA (菌類) / プラスミド: SNAR1-PPICZB / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): Y-11430 / 参照: UniProt: P49050, EC: 1.7.1.2
#2: 化合物 ChemComp-MTV / (MOLYBDOPTERIN-S,S)-DIOXO-THIO-MOLYBDENUM(IV)


分子量: 518.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9MoN5O8PS2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細HIS TAG INSERTION OF (HHHHHHD) BETWEEN E13 AND I14
非ポリマーの詳細THE HETGROUP CALLED MTV IN THIS PDB ENTRY IS SIMILAR TO MTQ EXCEPT FOR THE FACT THAT THE OM2-MO ...THE HETGROUP CALLED MTV IN THIS PDB ENTRY IS SIMILAR TO MTQ EXCEPT FOR THE FACT THAT THE OM2-MO BOND IS A REDUCED SINGLE BOND HAVING ONE EXTRA HYDROGEN. FOR METAL ATOM MOM1 MTV A1479 THE COORDINATION ANGLES ARE: 1 MTV 1479A S1' 2 MTV 1479A S2' 79.7 3 MTV 1479A OM2 82.6 142.1 4 MTV 1479A OM1 113.8 107.3 110.5 1 2 3
配列の詳細THE AUTHORS INDICATE THAT THE CONFLICT DESCRIBED BELOW IS PROBABLY DUE TO ERROR IN THE SEQUENCE ...THE AUTHORS INDICATE THAT THE CONFLICT DESCRIBED BELOW IS PROBABLY DUE TO ERROR IN THE SEQUENCE DATABASE ANNOTATION, SINCE IN THIS STRUCTURE AS WELL IN THE HIGH RESOLUTION STRUCTURE (PDB ID: 2BII), NO SIDE CHAIN DENSITY FOR AN ARGININE COULD BE OBSERVED. N-TERMINAL SEQUENCING OF THE PROTEIN CRYSTAL CONFIRMS THAT THE SEQUENCE BEINGS AT RESIDUE 11. RESIDUES RESIDUES 479-484 ARE NOT VISIBLE IN THE CRYSTAL STRUCTURE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.005
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 17438 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OGP

1ogp


解像度: 2.6→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 21.854 / SU ML: 0.223 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / ESU R: 0.785 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: RESTRAINED TLS / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 880 5.17 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.193 17366 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.454 Å21.227 Å20 Å2
2--2.454 Å20 Å2
3----3.681 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3654 0 27 59 3740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223784
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9011.9575140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84837829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4065452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90823.371178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.60115637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8661531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.23664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.21846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.22209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.30.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2580.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5350.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8731.52840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04223654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6531871
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4744.51486
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 11.46→65.94 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.444 9
Rwork0.246 239
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48-0.0502-0.09640.38760.09450.67760.03510.0435-0.0952-0.0953-0.03370.02370.15220.0917-0.00140.040.0641-0.0394-0.0431-0.0308-0.05353.0522-2.629111.0992
20.6562-0.16640.02360.38130.06930.53250.031-0.0794-0.0397-0.0686-0.03320.09510.0837-0.06640.0022-0.02980.0056-0.0313-0.0386-0.0247-0.022337.54788.6078125.1463
33.49922.1102-9.52681.2726-5.745225.9371-0.2801-0.04180.0810.04520.17330.01590.7560.17730.10670.00680.0532-0.061-0.0106-0.0597-0.015950.08420.3261108.5658
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2A275 - 478
3X-RAY DIFFRACTION3A1479

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る