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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bic
タイトルThe solution structure of the recombinant elicitor protein PcF from the oomycete pathogen P. cactorum
要素PHYTOTOXIC PROTEIN PCF
キーワードTOXIN / PLANT PATHOGEN / PHYTOPHTHORA CACTORUM FRAGARIA PROTEIN / OOMYCETE PLANT PATHOGEN / ELICITIN FAMILY
機能・相同性Helix Hairpins - #540 / Phytotoxin, PcF / Phytotoxin PcF protein / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Phytotoxic protein PcF
機能・相同性情報
生物種PHYTOPHTHORA CACTORUM (真核生物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nicastro, G. / Orsomando, G. / Desario, F. / Ferrari, E. / Manconi, L. / Spisni, A. / Ruggieri, S.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Solution Structure of the Phytotoxic Protein Pcf: The First Characterized Member of the Phytophthora Pcf Toxin Family.
著者: Nicastro, G. / Orsomando, G. / Ferrari, E. / Manconi, L. / Desario, F. / Amici, A. / Naso, A. / Carpaneto, A. / Pertinhez, T.A. / Ruggieri, S. / Spisni, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Characterization, and Cdna Sequencing of a Novel Hydroproline-Containing Factor Secreted by the Strawberry Pathogen Phytophtora Cactorum
著者: Orsomando, G. / Lorenzi, M. / Raffaelli, M. / Dalla Rizza, N. / Mezzetti, M. / Ruggeri, S.
#2: ジャーナル: Cell.Mol.Life.Sci. / 年: 2003
タイトル: Pcf Protein from Phytophthora Cactorum and its Recombinant Homologue Elicit Phenylalanine Ammonia Lyase Activation in Tomato
著者: Orsomando, G. / Lorenzi, M. / Ferrari, E. / Dechiara, C. / Spisni, A. / Ruggieri, S.
履歴
登録2005年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.22020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHYTOTOXIC PROTEIN PCF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6171
ポリマ－5,6171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PHYTOTOXIC PROTEIN PCF


分子量: 5617.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROLINE 49 IS HYDROXYLATED / 由来: (組換発現) PHYTOPHTHORA CACTORUM (真核生物) / 株: P381 / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q94FS7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-NOESY
1212D-TOCSY
1312D-HSQC
1413D-TOCSY-HSQC
1513D-NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE ON 15N-LABELED PCF

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試料調製

詳細内容: 90%WATER/10%D2O
試料状態イオン強度: 10 mM / pH: 5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 293.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DiscoverBRUNGER精密化
Discover構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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