PDB-2bh2: Crystal Structure of E. coli 5-methyluridine methyltransferase Ru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bh2

タイトル

Crystal Structure of E. coli 5-methyluridine methyltransferase RumA in complex with ribosomal RNA substrate and S-adenosylhomocysteine.

要素

23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968
23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA

キーワード

TRANSFERASE / IRON-SULFUR CLUSTER / METHYLTRANSFERASE / RNA MODIFICATION / RNA PROCESSING / RUMA / BASE FLIPPING / SAM / OB-FOLD / PROTEIN-RNA COMPLEX / BASE STACKING / SUBSTRATE SELECTIVITY / GENERAL BASE / PRODUCT RELEASE / 4FE-4S / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

23S rRNA (uracil1939-C5)-methyltransferase / rRNA (uridine-C5-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Lee, T.T. / Agarwalla, S. / Stroud, R.M.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: A Unique RNA Fold in the Ruma-RNA-Cofactor Ternary Complex Contributes to Substrate Selectivity and Enzymatic Function
著者: Lee, T.T. / Agarwalla, S. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2005年1月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bh2.cif.gz	218.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bh2.ent.gz	171.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bh2_validation.pdf.gz	557.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bh2_full_validation.pdf.gz	581.3 KB	表示
XML形式データ	2bh2_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	2bh2_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1uwvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jrz-d 2xoa-d 2xgm-1 3rpq-d 5cyz-d 3iwz-1 5txg-d 2oz6-1 6dt4-d 5vi7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA

B: 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA

C: 23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968

D: 23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA

C: 23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA

D: 23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.061, 63.542, 112.019
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA / 23S RRNA(M-5-U1939)-METHYLTRANSFERASE / 23S RRNA URACIL-5-METHYLTRANSFERASE RUMA 分子量: 48114.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: IRON-SULFUR CLUSTER LINKED BY CYS81, CYS87, CYS90, AND CYS162 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P55135, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: RNA鎖	23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968 分子量: 11882.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: 5-FLUORO-U1939 IS METHYLATED AND ITS 6-C IS COVALENTLY LINKED TO CYS389 OF RUMA 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	S-ADENOSYL-L-METHIONINE => S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE + RRNA + RRNA CONTAINING THYMINE. CATALYZES ...S-ADENOSYL-L-METHIONINE => S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE + RRNA + RRNA CONTAINING THYMINE. CATALYZES THE FORMATION OF 5-METHYL-URIDINE AT POSITION 1939 (M-5-U1939) IN 23S RRNA. BELONGS TO THE RNA M5U METHYLTRANSFERASE FAMILY.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	pH: 6.5 詳細: RUMA-RNA-SAH COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 1.5 M AMMONIUM SULFATE, AND 10 MM MGCL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月19日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 59411 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UWV

1uwv

解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 5.547 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	3002	5.1 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.177	56408	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.84 Å²	0 Å²	-0.26 Å²
2-	-	1.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6474	1274	68	340	8156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	8108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.011	2.178	11280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.978	3	15585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.937	5	832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	7962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	4604
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.145	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.302	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.865	1.5	4168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.534	2	6707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.864	3	3940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.28	4.5	4549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.343	199
R_work	0.248	3990

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7948	-4.1223	4.1435	14.9885	-10.0873	14.8569	-0.7991	-1.122	0.2183	1.6548	0.9749	0.0161	-1.164	-1.3807	-0.1758	0.2786	0.1058	-0.0235	0.535	-0.0767	0.1536	99.5072	9.9881	36.7798
2	3.3233	0.4573	0.7403	1.7319	0.5966	1.9301	0.0569	-0.4628	0.4062	0.0785	-0.1142	0.288	-0.2337	-0.27	0.0573	0.1017	0.0012	0.0109	0.0678	-0.0312	0.151	67.6785	14.408	22.906
3	3.0081	0.7941	0.508	1.2542	0.7182	1.4079	0.0926	0.0115	-0.3951	0.0542	-0.0153	-0.16	0.1568	0.2332	-0.0772	0.047	0.0055	-0.001	0.0225	0.0207	0.0897	81.8381	-7.991	12.115
4	1.2196	1.1955	-0.1867	3.1654	-1.9266	24.4443	-0.3374	-0.0745	-0.8449	0.1294	-0.4297	-0.3646	1.926	1.0259	0.7672	0.3185	0.0003	0.1058	0.2574	0.104	0.417	18.1465	-35.2332	27.0436
5	2.7872	0.7873	0.1658	2.4702	0.2373	1.7528	0.0014	0.2908	-0.1767	-0.1703	0.0508	-0.4138	0.0772	0.184	-0.0521	0.0496	-0.0119	0.0141	0.0122	-0.0241	0.0501	44.6634	-21.3282	7.7016
6	2.4493	1.1834	-0.2985	1.9583	-0.0654	0.9674	0.161	-0.3993	0.4069	0.2143	-0.1687	0.2583	-0.1484	-0.1236	0.0077	0.0514	-0.0038	0.0377	0.0775	-0.0682	0.0931	31.765	-2.7394	24.9969
7	1.6396	-1.0148	2.5101	0.4932	-1.0977	2.1081	-0.0481	-0.5369	-0.2117	0.1536	0.232	0.1263	0.1264	-0.2785	-0.184	0.3807	-0.0372	0.0225	0.4431	0.0448	0.0383	83.0028	-3.55	35.5746
8	0.6696	0.0492	-0.4517	0.7463	0.7324	2.0258	-0.1027	-0.7633	-0.0204	0.3929	0.0531	-0.0584	0.4995	0.1088	0.0496	0.3658	-0.0069	-0.0294	0.3769	0.044	0.0223	35.5851	-24.3373	33.5657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	75 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	125 - 262
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	94 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	263 - 432
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	500
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	16 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	75 - 93
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	125 - 262
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	94 - 124
13	X-RAY DIFFRACTION	6	B	263 - 431
14	X-RAY DIFFRACTION	6	B	500
15	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1932 - 1961
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	1932 - 1961

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)