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- PDB-2bgw: XPF from Aeropyrum pernix, complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bgw
タイトルXPF from Aeropyrum pernix, complex with DNA
要素
  • 5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*TP *GP*CP*TP*GP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*TP*GP *TP*GP*AP*TP*C)-3'
  • XPF ENDONUCLEASE
キーワードHYDROLASE / STRUCTURE SPECIFIC ENDONUCLEASE / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / damaged DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #10130 / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 ...Rossmann fold - #10130 / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Repair endonuclease XPF
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Newman, M. / Murray-Rust, J. / Lally, J. / Rudolf, J. / Fadden, A. / Knowles, P.P. / White, M.F. / McDonald, N.Q.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2005
タイトル: Structure of an XPF endonuclease with and without DNA suggests a model for substrate recognition.
著者: Newman, M. / Murray-Rust, J. / Lally, J. / Rudolf, J. / Fadden, A. / Knowles, P.P. / White, M.F. / McDonald, N.Q.
履歴
登録2005年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XPF ENDONUCLEASE
B: XPF ENDONUCLEASE
C: 5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*TP *GP*CP*TP*GP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*TP*GP *TP*GP*AP*TP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,79311
ポリマ－59,1924
非ポリマー6017
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)141.312, 141.312, 85.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1231-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGSERSERAA18 - 1478 - 137
21ARGARGSERSERBB18 - 1478 - 137
12GLUGLUTYRTYRAA168 - 228158 - 218
22GLUGLUTYRTYRBB168 - 228158 - 218

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.46894, -0.87944, 0.08178), (-0.87714, 0.45284, -0.15989), (0.10358, -0.14671, -0.98374)117.656, 76.586, 52.289
2given(0.82932, -0.45905, -0.31859), (-0.46301, -0.88373, 0.0681), (-0.31281, 0.09103, -0.94544)34.84459, 122.48342, 22.31824

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 XPF ENDONUCLEASE


分子量: 25006.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌)
解説: A PERNIX GENOME SEQUENCING PROJECT GENE APE1436, ACCESSION CODE C72622
プラスミド: PET-14B-3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA/PLYSS
参照: UniProt: Q9YC15, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*TP *GP*CP*TP*GP*A)-3'


分子量: 4618.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*TP*GP *TP*GP*AP*TP*C)-3'


分子量: 4559.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 14分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 20% PEG MME 2K, HANGING DROP, ROOM TEMPERATURE

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.9789
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→46.1 Å / Num. obs: 21619 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J25

1j25


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.472 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1223 5.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.225 22599 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20.43 Å20 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 609 29 7 3869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223989
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9592.1875528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1555416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72222.015134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.57315558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.721535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.21837
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.22635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7121.52131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19323357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79832270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9764.52171
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1445 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional7.545
loose thermal3.7810
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 86 -
Rwork0.374 1514 -
obs--90.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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