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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bgq | ||||||
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タイトル | apo aldose reductase from barley | ||||||
要素 | ALDOSE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ALDOSE REDUCTASE / APOENZYME / ALDO/KETO REDUCTASE OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | HORDEUM VULGARE (オオムギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Olsen, J.G. / Pedersen, L. / Christensen, C.L. / Olsen, O. / Henriksen, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins: Struct., Funct., Bioinf. / 年: 2008 タイトル: Barley Aldose Reductase: Structure, Cofactor Binding, and Substrate Recognition in the Aldo/Keto Reductase 4C Family. 著者: Olsen, J.G. / Pedersen, L. / Christensen, C.L. / Olsen, O. / Henriksen, A. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991 タイトル: An Aba and Ga Modulated Gene Expressed in the Barley Embryo Encodes an Aldose Reductase Related Protein 著者: Bartels, D. / Engelhardt, K. / Roncarati, R. / Schneider, K. / Rotter, M. / Salamini, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bgq.cif.gz | 79.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bgq.ent.gz | 57.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bgq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2bgq_validation.pdf.gz | 440.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2bgq_full_validation.pdf.gz | 447.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2bgq_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2bgq_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/2bgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/2bgq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38847.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HORDEUM VULGARE (オオムギ) / 株: AURA / プラスミド: PET19B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q42837, UniProt: P23901*PLUS, aldose reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE FIRST 25 RESIDUES IN THE SEQRES RECORDS GIVEN BELOW ARE FROM AN ENGINEERED N-TERMINAL HIS-TAG ...THE FIRST 25 RESIDUES IN THE SEQRES RECORDS GIVEN BELOW ARE FROM AN ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: 2.4 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES PH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→23.6 Å / Num. obs: 15083 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 3.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ADS 解像度: 2.5→20.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1158983.02 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF 詳細: NOT SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 1-8, 33-36 AND 219-221, WHICH ARE OMITTED FROM THE COORDINATE LIST
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.9285 Å2 / ksol: 0.405236 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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