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- PDB-2bgn: HIV-1 Tat protein derived N-terminal nonapeptide Trp2-Tat(1-9) bo... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2bgn
タイトルHIV-1 Tat protein derived N-terminal nonapeptide Trp2-Tat(1-9) bound to the active site of Dipeptidyl peptidase IV (CD26)
要素
  • ADENOSINE DEAMINASE
  • DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV
  • TAT PROTEIN
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE-COMPLEX / DIPETIDYL PEPTIDASE IV / DPPIV / CD26 / ALPHA/BETA-HYDROLASE FOLD / BETA-PROPELLER FOLD / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / ADENOSINE DEAMINASE / ADA / SERINE PROTEASE / AMINOPEPTIDASE / HIV-1 TAT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral gene expression / trans-activation response element binding / negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle lumen / regulatory region RNA binding / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / inosine biosynthetic process / adenosine deaminase / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / positive regulation of viral transcription ...viral gene expression / trans-activation response element binding / negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle lumen / regulatory region RNA binding / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / inosine biosynthetic process / adenosine deaminase / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / positive regulation of viral transcription / hypoxanthine salvage / adenosine catabolic process / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / adenosine deaminase activity / glucagon processing / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / negative regulation of neutrophil chemotaxis / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / intercellular canaliculus / host cell nucleolus / psychomotor behavior / chemorepellent activity / nucleotide metabolic process / actinin binding / dipeptidyl-peptidase activity / peptide hormone processing / anchoring junction / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / locomotory exploration behavior / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / behavioral fear response / endothelial cell migration / RNA-binding transcription regulator activity / aminopeptidase activity / T cell costimulation / serine-type peptidase activity / cyclin binding / T cell activation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / lamellipodium / virus receptor activity / protease binding / host cell cytoplasm / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / lysosome / receptor-mediated virion attachment to host cell / response to hypoxia / cell adhesion / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / protein domain specific binding / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / focal adhesion / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / Transactivating regulatory protein (Tat) / Adenosine deaminase / Adenosine/AMP deaminase active site / Adenosine and AMP deaminase signature. / Adenosine deaminase domain / Adenosine deaminase / Adenosine/adenine deaminase / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain ...Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / Transactivating regulatory protein (Tat) / Adenosine deaminase / Adenosine/AMP deaminase active site / Adenosine and AMP deaminase signature. / Adenosine deaminase domain / Adenosine deaminase / Adenosine/adenine deaminase / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Tat / Dipeptidyl peptidase 4 / Adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
BOS TAURUS (ウシ)
HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Weihofen, W.A. / Liu, J. / Reutter, W. / Saenger, W. / Fan, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of HIV-1 Tat-Derived Nonapeptides Tat-(1-9) and Trp2-Tat-(1-9) Bound to the Active Site of Dipeptidyl-Peptidase Iv (Cd26)
著者: Weihofen, W.A. / Liu, J. / Reutter, W. / Saenger, W. / Fan, H.
履歴
登録2005年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV
B: DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV
C: DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV
D: DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV
E: ADENOSINE DEAMINASE
F: ADENOSINE DEAMINASE
G: ADENOSINE DEAMINASE
H: ADENOSINE DEAMINASE
W: TAT PROTEIN
X: TAT PROTEIN
Y: TAT PROTEIN
Z: TAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)519,08348
ポリマ－506,61012
非ポリマー12,47336
水00
1
A: DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV
B: DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV
E: ADENOSINE DEAMINASE
F: ADENOSINE DEAMINASE
W: TAT PROTEIN
X: TAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,54124
ポリマ－253,3056
非ポリマー6,23718
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV
D: DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV
G: ADENOSINE DEAMINASE
H: ADENOSINE DEAMINASE
Y: TAT PROTEIN
Z: TAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,54124
ポリマ－253,3056
非ポリマー6,23718
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)158.945, 170.273, 239.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12E
22F
32G
42H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGTYRTYR1AA40 - 702 - 32
211ARGARGTYRTYR1BB40 - 702 - 32
311ARGARGTYRTYR1CC40 - 702 - 32
411ARGARGTYRTYR1DD40 - 702 - 32
121ASNASNASNASN1AA74 - 28136 - 243
221ASNASNASNASN1BB74 - 28136 - 243
321ASNASNASNASN1CC74 - 28136 - 243
421ASNASNASNASN1DD74 - 28136 - 243
131GLYGLYASPASP1AA296 - 331258 - 293
231GLYGLYASPASP1BB296 - 331258 - 293
331GLYGLYASPASP1CC296 - 331258 - 293
431GLYGLYASPASP1DD296 - 331258 - 293
141GLUGLUSERSER1AA347 - 764309 - 726
241GLUGLUSERSER1BB347 - 764309 - 726
341GLUGLUSERSER1CC347 - 764309 - 726
441GLUGLUSERSER1DD347 - 764309 - 726
112ALAALAPROPRO1EE6 - 556 - 55
212ALAALAPROPRO1FF6 - 556 - 55
312ALAALAPROPRO1GG6 - 556 - 55
412ALAALAPROPRO1HH6 - 556 - 55
122GLUGLUGLYGLY1EE217 - 237217 - 237
222GLUGLUGLYGLY1FF217 - 237217 - 237
322GLUGLUGLYGLY1GG217 - 237217 - 237
422GLUGLUGLYGLY1HH217 - 237217 - 237
132GLUGLUALAALA1EE85 - 10885 - 108
232GLUGLUALAALA1FF85 - 10885 - 108
332GLUGLUALAALA1GG85 - 10885 - 108
432GLUGLUALAALA1HH85 - 10885 - 108
142PHEPHEALAALA1EE144 - 215144 - 215
242PHEPHEALAALA1FF144 - 215144 - 215
342PHEPHEALAALA1GG144 - 215144 - 215
442PHEPHEALAALA1HH144 - 215144 - 215
152GLNGLNPROPRO1EE119 - 126119 - 126
252GLNGLNPROPRO1FF119 - 126119 - 126
352GLNGLNPROPRO1GG119 - 126119 - 126
452GLNGLNPROPRO1HH119 - 126119 - 126
162THRTHRILEILE1EE57 - 7257 - 72
262THRTHRILEILE1FF57 - 7257 - 72
362THRTHRILEILE1GG57 - 7257 - 72
462THRTHRILEILE1HH57 - 7257 - 72
172HISHISGLUGLU1EE241 - 277241 - 277
272HISHISGLUGLU1FF241 - 277241 - 277
372HISHISGLUGLU1GG241 - 277241 - 277
472HISHISGLUGLU1HH241 - 277241 - 277
182ASPASPTYRTYR1EE338 - 351338 - 351
282ASPASPTYRTYR1FF338 - 351338 - 351
382ASPASPTYRTYR1GG338 - 351338 - 351
482ASPASPTYRTYR1HH338 - 351338 - 351
192LYSLYSASNASN1EE284 - 293284 - 293
292LYSLYSASNASN1FF284 - 293284 - 293
392LYSLYSASNASN1GG284 - 293284 - 293
492LYSLYSASNASN1HH284 - 293284 - 293
1102PROPROLEULEU4EE297 - 335297 - 335
2102PROPROLEULEU4FF297 - 335297 - 335
3102PROPROLEULEU4GG297 - 335297 - 335
4102PROPROLEULEU4HH297 - 335297 - 335

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.78, -0.593, -0.203), (-0.586, 0.577, 0.568), (-0.22, 0.562, -0.797)56.66322, -47.59455, 192.04016
2given(-0.997, -0.032, 0.072), (0.031, -0.999, -0.018), (0.072, -0.016, 0.997)-4.96595, 14.8425, -116.32928
3given(0.744, 0.62, -0.251), (0.648, -0.575, 0.5), (0.165, -0.534, -0.829)76.30225, -98.93713, 295.61942
4given(-0.772, 0.577, -0.264), (0.61, 0.558, -0.563), (-0.178, -0.596, -0.783)-70.63954, 17.53247, 286.85556
5given(-0.757, -0.597, 0.264), (0.634, -0.575, 0.517), (-0.157, 0.559, 0.814)-37.5231, 88.54301, 80.94585
6given(0.989, 0.073, -0.125), (0.066, -0.996, -0.059), (-0.129, 0.05, -0.99)-28.64116, 22.80677, 350.30649
詳細THE COMPLEX DESCRIBED BY REMARK 350 BELOW IS OF THETYPE A2B2, WHERE CHAINS A AND B ARE IN CONTACT WITHEACH OTHER, AND EACH OF THESE CHAINS IS IN TURN INCOMPLEX WITH CHAINS F AND E RESPECTIVELY.

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV / DPP IV / T-CELL ACTIVATION ANTIGEN CD26 / TP103 / ADENOSINE DEAMINASE COMPLEXING PROTEIN-2 / ADABP


分子量: 84462.617 Da / 分子数: 4 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 39-766 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: KIDNEY / プラスミド: PFASTBACHTC
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 CELLS / 参照: UniProt: P27487, dipeptidyl-peptidase IV
#2: タンパク質
ADENOSINE DEAMINASE / ADENOSINE AMINOHYDROLASE


分子量: 41089.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA, TYPE VI, FROM CALF INTESTINAL MUCOSA / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: INTESTINAL MUCOSA / 参照: UniProt: P56658, adenosine deaminase

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 8分子 WXYZ

#3: タンパク質・ペプチド
TAT PROTEIN / TRANSACTIVATING REGULATORY PROTEIN


分子量: 1100.244 Da / 分子数: 4
断片: HIV-1 TAT PROTEIN DERIVED N-TERMINAL NONAPEPTIDE, RESIDUES 1-9
Mutation: YES / 由来タイプ: 合成
詳細: ASP2TRP VARIANT OF HIV-1 TAT PROTEIN DERIVED N-TERMINAL NONAPEPTIDE
由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P12506
#9: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
糖 , 5種, 32分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpb1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION ASP 2 TRP, CHAINS W, X, Y AND Z
配列の詳細THE CONFLICTS DESCRIBED WITH ANNOTATION FOR THIS REMARK HAS BEEN DESCRIBED IN J. PHARM. BIOMED. ...THE CONFLICTS DESCRIBED WITH ANNOTATION FOR THIS REMARK HAS BEEN DESCRIBED IN J. PHARM. BIOMED. ANAL. 14:1513-1519(1996). PUBMED ID: 8877857.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→30 Å / Num. obs: 97782 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W1I

1w1i


解像度: 3.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 21.415 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.502 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1925 2 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 94691 89.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.38 Å20 Å21.4 Å2
2---1.9 Å20 Å2
3----2.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35292 0 804 0 36096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02141545
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0232136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9363863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.948378891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1767.58652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56624.1121780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.616156022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.10515184
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.25544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0270962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0211766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.37198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.331675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.520330
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.51179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1780.513
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3020.324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2510.3107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4030.512
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5561.522111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3271.58756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.013235120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.102317274
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8984.515399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A10693tight positional0.010.05
12B10693tight positional0.010.05
13C10693tight positional0.010.05
14D10693tight positional0.010.05
21E3859tight positional0.010.05
22F3859tight positional0.010.05
23G3859tight positional0.010.05
24H3859tight positional0.010.05
21E610medium positional0.230.5
22F610medium positional0.260.5
23G610medium positional0.260.5
24H610medium positional0.230.5
11A10693tight thermal0.020.5
12B10693tight thermal0.020.5
13C10693tight thermal0.020.5
14D10693tight thermal0.020.5
21E3859tight thermal0.030.5
22F3859tight thermal0.020.5
23G3859tight thermal0.020.5
24H3859tight thermal0.020.5
21E610medium thermal0.272
22F610medium thermal0.122
23G610medium thermal0.122
24H610medium thermal0.132
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.384 135
Rwork0.356 6358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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