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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bg6 | ||||||
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タイトル | Bacillus cereus metallo-beta-lactamase (BcII) Arg (121) Cys mutant. Solved at pH5 using 20 Micromolar ZnSO4 in the buffer. 1mM DTT was used as a reducing agent. Cys221 is oxidized. | ||||||
![]() | BETA-LACTAMASE II | ||||||
![]() | HYDROLASE / ZINC / METALLO-BETA-LACTAMASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Davies, A.M. / Rasia, R.M. / Vila, A.J. / Sutton, B.J. / Fabiane, S.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Effect of Ph on the Active Site of an Arg121Cys Mutant of the Metallo-Beta-Lactamase from Bacillus Cereus: Implications for the Enzyme Mechanism 著者: Davies, A.M. / Rasia, R.M. / Vila, A.J. / Sutton, B.J. / Fabiane, S.M. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Exploring the Role and the Binding Affinity of a Second Zinc Equivalent in B. Cereus Metallo-Beta-Lactamase. 著者: Rasia, R.M. / Vila, A.J. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Zinc-Dependent Beta-Lactamase from Bacillus Cereus at 1.9A Resolution: Binuclear Active Site with Features of a Mononuclear Enzyme 著者: Fabiane, S.M. / Sohi, M.K. / Wan, T. / Payne, D.J. / Bateson, J.H. / Mitchell, T. / Sutton, B.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 489.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.08965, 0.28489, 0.95436), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24973.480 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 332分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/AZI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/AZI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 121 ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 121 ARG BETA-LACTAM + ...ENGINEERED |
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配列の詳細 | THE SEQUENCE NUMBERING USED IN THIS ENTRY IS BASED ON A STANDARD NUMBERING SYSTEM DEVISED TO ALLOW ...THE SEQUENCE NUMBERING USED IN THIS ENTRY IS BASED ON A STANDARD NUMBERING SYSTEM DEVISED TO ALLOW FOR EASY COMPARISON |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED USING HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 100MM TRIS AT PH4.5-5, 70-75% AMMONIUM SULPHATE, 1MM DTT OR 1MM DTT AND 1MM TCEP-HCL, 2MM ZNSO4 AND 0. ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED USING HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 100MM TRIS AT PH4.5-5, 70-75% AMMONIUM SULPHATE, 1MM DTT OR 1MM DTT AND 1MM TCEP-HCL, 2MM ZNSO4 AND 0.1% AZIDE. PROTEIN CONCENTRATION OF 2.7 MG/ML. DROPS WERE KEPT AT 291K AND WERE STREAK SEEDED FROM A WILD TYPE CRYSTAL AFTER 1 DAY., pH 5.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→41.88 Å / Num. obs: 21917 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 15.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1BC2 解像度: 2.3→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | Bsol: 55.84 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rwork: 0.2287 / Total num. of bins used: 8 |