PDB-2bfm: Leishmania major pteridine reductase 1 in complex with NADP and t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bfm

タイトル

Leishmania major pteridine reductase 1 in complex with NADP and trimethoprim

要素

PTERIDINE REDUCTASE 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PTERIDINE REDUCTASE / TRYPANOSOMATIDS / DRUG RESISTANCE / PTERIN SALVAGE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / METHOTREXATE RESISTANCE / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

pteridine reductase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / pteridine reductase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / response to methotrexate / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Schuettelkopf, A.W. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structures of Leishmania Major Pteridine Reductase Complexes Reveal the Active Site Features Important for Ligand Binding and to Guide Inhibitor Design
著者: Schuettelkopf, A.W. / Hardy, L.W. / Beverley, S.M. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2004年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2bfm.ent.gz	169.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bfm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2bfm_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bfm_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	2bfm_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	2bfm_validation.cif.gz	54.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/2bfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/2bfm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2bf7C 2bfaC 2bfoC 2bfpC 1e92S 1e7w 1w0c S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1e7w-1 2bfp-d 1e92-d 5l42-d 2bfa-d 3h4v-2 2qhx-d 2bfo-d 2bf7-d 1w0c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (3)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
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生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PTERIDINE REDUCTASE 1

B: PTERIDINE REDUCTASE 1

C: PTERIDINE REDUCTASE 1

D: PTERIDINE REDUCTASE 1

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.703, 104.443, 138.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	A	A	7 - 15	7 - 15
2	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	B	B	7 - 15	7 - 15
3	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	C	C	7 - 15	7 - 15
4	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	D	D	7 - 15	7 - 15
1	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	17	17
2	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	17	17
3	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	C	C	17	17
4	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	17	17
1	3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	19	19
2	3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	19	19
3	3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	19	19
4	3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	19	19
1	4	1	SER	SER	LEU	LEU	A	A	21 - 35	21 - 35
2	4	1	SER	SER	LEU	LEU	B	B	21 - 35	21 - 35
3	4	1	SER	SER	LEU	LEU	C	C	21 - 35	21 - 35
4	4	1	SER	SER	LEU	LEU	D	D	21 - 35	21 - 35
1	5	1	TYR	TYR	HIS	HIS	A	A	37 - 38	37 - 38
2	5	1	TYR	TYR	HIS	HIS	B	B	37 - 38	37 - 38
3	5	1	TYR	TYR	HIS	HIS	C	C	37 - 38	37 - 38
4	5	1	TYR	TYR	HIS	HIS	D	D	37 - 38	37 - 38
1	6	1	SER	SER	ALA	ALA	A	A	40 - 42	40 - 42
2	6	1	SER	SER	ALA	ALA	B	B	40 - 42	40 - 42
3	6	1	SER	SER	ALA	ALA	C	C	40 - 42	40 - 42
4	6	1	SER	SER	ALA	ALA	D	D	40 - 42	40 - 42
1	7	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	44 - 53	44 - 53
2	7	1	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	44 - 53	44 - 53
3	7	1	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	44 - 53	44 - 53
4	7	1	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	44 - 53	44 - 53
1	8	1	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	55 - 60	55 - 60
2	8	1	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	55 - 60	55 - 60
3	8	1	ARG	ARG	ILE	ILE	C	C	55 - 60	55 - 60
4	8	1	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	55 - 60	55 - 60
1	9	1	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	63 - 69	63 - 69
2	9	1	GLN	GLN	VAL	VAL	B	B	63 - 69	63 - 69
3	9	1	GLN	GLN	VAL	VAL	C	C	63 - 69	63 - 69
4	9	1	GLN	GLN	VAL	VAL	D	D	63 - 69	63 - 69
1	10	1	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	83 - 117	83 - 117
2	10	1	VAL	VAL	PRO	PRO	B	B	83 - 117	83 - 117
3	10	1	VAL	VAL	PRO	PRO	C	C	83 - 117	83 - 117
4	10	1	VAL	VAL	PRO	PRO	D	D	83 - 117	83 - 117
1	11	1	THR	THR	ALA	ALA	A	A	138 - 148	138 - 148
2	11	1	THR	THR	ALA	ALA	B	B	138 - 148	138 - 148
3	11	1	THR	THR	ALA	ALA	C	C	138 - 148	138 - 148
4	11	1	THR	THR	ALA	ALA	D	D	138 - 148	138 - 148
1	12	1	ALA	ALA	ILE	ILE	A	A	150 - 155	150 - 155
2	12	1	ALA	ALA	ILE	ILE	B	B	150 - 155	150 - 155
3	12	1	ALA	ALA	ILE	ILE	C	C	150 - 155	150 - 155
4	12	1	ALA	ALA	ILE	ILE	D	D	150 - 155	150 - 155
1	13	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	157 - 159	157 - 159
2	13	1	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	157 - 159	157 - 159
3	13	1	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	157 - 159	157 - 159
4	13	1	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	157 - 159	157 - 159
1	14	1	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	162 - 167	162 - 167
2	14	1	VAL	VAL	ALA	ALA	B	B	162 - 167	162 - 167
3	14	1	VAL	VAL	ALA	ALA	C	C	162 - 167	162 - 167
4	14	1	VAL	VAL	ALA	ALA	D	D	162 - 167	162 - 167
1	15	1	ARG	ARG	THR	THR	A	A	170 - 192	170 - 192
2	15	1	ARG	ARG	THR	THR	B	B	170 - 192	170 - 192
3	15	1	ARG	ARG	THR	THR	C	C	170 - 192	170 - 192
4	15	1	ARG	ARG	THR	THR	D	D	170 - 192	170 - 192
1	16	1	TYR	TYR	SER	SER	A	A	194 - 227	194 - 227
2	16	1	TYR	TYR	SER	SER	B	B	194 - 227	194 - 227
3	16	1	TYR	TYR	SER	SER	C	C	194 - 227	194 - 227
4	16	1	TYR	TYR	SER	SER	D	D	194 - 227	194 - 227
1	17	1	TYR	TYR	SER	SER	A	A	248 - 267	248 - 267
2	17	1	TYR	TYR	SER	SER	B	B	248 - 267	248 - 267
3	17	1	TYR	TYR	SER	SER	C	C	248 - 267	248 - 267
4	17	1	TYR	TYR	SER	SER	D	D	248 - 267	248 - 267
1	18	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	269	269
2	18	1	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	269	269
3	18	1	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	269	269
4	18	1	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	269	269
1	19	1	TYR	TYR	VAL	VAL	A	A	271 - 277	271 - 277
2	19	1	TYR	TYR	VAL	VAL	B	B	271 - 277	271 - 277
3	19	1	TYR	TYR	VAL	VAL	C	C	271 - 277	271 - 277
4	19	1	TYR	TYR	VAL	VAL	D	D	271 - 277	271 - 277
1	20	1	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	279 - 288	279 - 288
2	20	1	VAL	VAL	ALA	ALA	B	B	279 - 288	279 - 288
3	20	1	VAL	VAL	ALA	ALA	C	C	279 - 288	279 - 288
4	20	1	VAL	VAL	ALA	ALA	D	D	279 - 288	279 - 288
1	1	2	NDP	NDP	NDP	NDP	A	E	1289
2	1	2	NDP	NDP	NDP	NDP	B	G	1289
3	1	2	NDP	NDP	NDP	NDP	C	I	1289
4	1	2	NDP	NDP	NDP	NDP	D	J	1289

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999947, 0.009944, 0.002546), (0.010038, 0.999148, 0.040034), (-0.002146, 0.040058, -0.999195)	22.8144, -2.969, 137.7539
2	given	(-0.804064, -0.014284, 0.594372), (-0.008827, -0.999314, -0.035956), (0.594478, -0.034158, 0.803386)	-19.6046, 95.8096, 8.3022
3	given	(0.80476, -0.000931, -0.593599), (0.000805, -0.999996, 0.00266), (-0.593599, -0.002618, -0.804756)	43.8875, 92.9502, 133.1935

#1: タンパク質	PTERIDINE REDUCTASE 1 / H REGION METHOTREXATE RESISTANCE PROTEIN 分子量: 30440.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア) プラスミド: PET 15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01782, pteridine reductase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-TOP / TRIMETHOPRIM / トリメトプリム分子量: 290.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈N₄O₃ / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	FUNCTION: EXHIBITS A NADPH-DEPENDENT BIOPTERIN REDUCTASE ACTIVITY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 5.5 詳細: 15 MG/ML PROTEIN, 0.1M NAAC/HAC BUFFER PH 5.5, 14% MPEG 5000, 0.06M CAAC2, 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.89
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 41645 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 38 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E92

1e92

解像度: 2.6→24.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.883 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.85 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.739 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	2085	5 %	RANDOM
R_work	0.253	-	-	-
obs	0.255	39499	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7769	0	234	185	8188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	8166
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.387	1.989	11153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.782	5	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.231	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.204	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.528	1.5	5178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.004	2	8278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.23	3	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.111	4.5	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1528	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	1528	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	1528	tight positional	0.04	0.05
1	4	D	1528	tight positional	0.04	0.05
2	1	A	48	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	48	tight positional	0.03	0.05
2	3	C	48	tight positional	0.03	0.05
2	4	D	48	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	1528	tight thermal	0.09	0.5
1	2	B	1528	tight thermal	0.08	0.5
1	3	C	1528	tight thermal	0.07	0.5
1	4	D	1528	tight thermal	0.08	0.5
2	1	A	48	tight thermal	0.09	0.5
2	2	B	48	tight thermal	0.07	0.5
2	3	C	48	tight thermal	0.08	0.5
2	4	D	48	tight thermal	0.07	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.347	139
R_work	0.32	2651

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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