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万見
- PDB-2bey: Solution Structure of a Novel C2 Symmetrical Bifunctional Bicycli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bey
タイトルSolution Structure of a Novel C2 Symmetrical Bifunctional Bicyclic Inhibitor Based on SFTI-1
要素BIKK
キーワードINHIBITOR / BIKK / C2 SYMMETRICAL BIFUNCTIONAL BICYCLIC TRYPSIN INHIBITOR / SYMMETRY / SFTI1
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Jaulent, A.M. / Brauer, A.B.E. / Matthews, S.J. / Leatherbarrow, R.J.
引用
ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of a Novel C2-Symmetrical Bifunctional Bicyclic Inhibitor Based on Sfti-1
著者: Jaulent, A.M. / Brauer, A.B.E. / Matthews, S.J. / Leatherbarrow, R.J.
#1: ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2004
タイトル: Design, Synthesis and Analysis of Novel Bicyclic and Bifunctional Protease Inhibitors
著者: Jaulent, A.M. / Leatherbarrow, R.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: High-Resolution Structure of a Potent, Cyclic Proteinase Inhibitor from Sunflower Seeds
著者: Luckett, S. / Garcia, R.S. / Barker, J.J. / Konarev, A.V. / Shewry, P.R. / Clarke, A.R. / Brady, R.L.
履歴
登録2004年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIKK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7001
ポリマ－1,7001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド BIKK


分子量: 1700.114 Da / 分子数: 1 / 断片: DUPLICATED AND FUSED REACTIVE SITE LOOP OF SFTI-1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE IS BACKBONE CYCLIZED (CYS1-ILE16) AND HAS AN INTRAMOLECULAR DISULFIDE BOND (CYS1-CYS9)
由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H-NMR. NO HYDROGEN BOND RESTRAINTS WERE USED IN THE STRUCTURE CALCULATIONS.

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試料調製

試料状態pH: 3.8 / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TINKER/DISTGEOMJ.W.PONDER精密化
TINKER/ISTGEOM構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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