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万見
- PDB-2beu: Reactivity modulation of human branched-chain alpha-ketoacid dehy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2beu
タイトルReactivity modulation of human branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase by an internal molecular switch
要素
  • (2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ...) x 2
  • PEPTIDE ALA-TYR-ARG
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDATIVE DECARBOXYLATION / MAPLE SYRUP URINE DISEASE / THIAMINE DIPHOSPHATE / PHOSPHORYLATION / CONFORMATIONAL SWITCH
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) / 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) activity / : / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / carboxy-lyase activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / response to glucocorticoid / response to cAMP ...: / 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) / 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) activity / : / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / carboxy-lyase activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / response to glucocorticoid / response to cAMP / response to nutrient / lipid metabolic process / mitochondrial matrix / protein-containing complex binding / nucleolus / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains ...Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / C2-1-HYDROXY-3-METHYL-PROPYL-THIAMIN DIPHOSPHATE / 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit alpha, mitochondrial / 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Machius, M. / Wynn, R.M. / Chuang, J.L. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Chuang, D.T.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: A Versatile Conformational Switch Regulates Reactivity in Human Branched-Chain Alpha-Ketoacid Dehydrogenase.
著者: Machius, M. / Wynn, R.M. / Chuang, J.L. / Li, J. / Kluger, R. / Yu, D. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Chuang, D.T.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crosstalk between Cofactor Binding and the Phosphorylation Loop Conformation in the Bckd Machine
著者: Li, J. / Wynn, R.M. / Machius, M. / Chuang, J.L. / Karthikeyan, S. / Tomchick, D.R. / Chuang, D.T.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Roles of His291-Alpha and His146-Beta in the Reductive Acylation Reaction Catalyzed by Human Branched-Chain Alpha-Ketoacid Dehydrogenase: Refined Phosphorylation Loop Structure in the Active Site
著者: Wynn, R. / Machius, M. / Chuang, J. / Li, J. / Tomchick, D. / Chuang, D.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Roles of Active Site and Novel Potassium Ion- Binding Site Residues in Human Mitochondrial Branched-Chain Alpha-Ketoacid Decarboxylase- Dehydrogenase
著者: Wynn, R.M. / Ho, R. / Chuang, J.L. / Chuang, D.T.
履歴
登録2004年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Data collection / Non-polymer description ...Data collection / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT
B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT
C: PEPTIDE ALA-TYR-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,77111
ポリマ－83,8833
非ポリマー8898
水9,098505
1
A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT
B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT
C: PEPTIDE ALA-TYR-ARG
ヘテロ分子

A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT
B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT
C: PEPTIDE ALA-TYR-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,54322
ポリマ－167,7666
非ポリマー1,77716
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area30750 Å2
ΔGint-226.4 kcal/mol
Surface area43220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.789, 145.789, 69.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2076-

HOH

詳細THIS PROTEIN IS A ALPHA-BETA TETRAMER, BUT INTHE PRESENT ENTRY, THEY ARE IN COMPLEX WITH A PEPTIDECHAIN C, THEREBY MAKING THE WHOLE ASSEMBLY A HEXAMERCHAIN C IS A FRAGMENT OF CHAIN B. IT IS NOT CLEAR WHETHERTHIS FRAGMENT IS AN ALTERNATIVE CONFORMATION OF THE CORRESPONDINGRESIDUES IN CHAIN B OF THE SAME MOLECULE OR OF A NEIGHBORING,SYMMETRY-RELATED MOLECULE. IT COULD ALSO COME FROM PROTEOLYSIS,BUT THE AUTHORS DO NOT HAVE ANY EVIDENCE FOR THAT.

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要素

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2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 COMPONENT ALPHA CHAIN / BCKDH E1-ALPHA / BCKDE1A


分子量: 45571.098 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 46-445 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTRC-ALPHA-BETAHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌)
Variant (発現宿主): BL-21 CELLS WITH OVEREXPRESSING GROEL AND GROES
参照: UniProt: P12694, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)
#2: タンパク質 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 COMPONENT BETA CHAIN / BCKDH E1-BETA


分子量: 37902.270 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 51-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTRC-ALPHA-BETAHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌)
Variant (発現宿主): BL-21 CELLS WITH OVEREXPRESSING GROEL AND GROES
参照: UniProt: P21953, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド PEPTIDE ALA-TYR-ARG


分子量: 409.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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非ポリマー , 7種, 513分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-THV / C2-1-HYDROXY-3-METHYL-PROPYL-THIAMIN DIPHOSPHATE


分子量: 496.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N4O8P2S
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CHAIN C IS A FRAGMENT OF CHAIN B. IT IS NOT CLEAR WHETHER THIS FRAGMENT IS AN ALTERNATIVE ...CHAIN C IS A FRAGMENT OF CHAIN B. IT IS NOT CLEAR WHETHER THIS FRAGMENT IS AN ALTERNATIVE CONFORMATION OF THE CORRESPONDING RESIDUES IN CHAIN B OF THE SAME MOLECULE OR OF A NEIGHBORING, SYMMETRY-RELATED MOLECULE. IT COULD ALSO COME FROM PROTEOLYSIS,BUT THE AUTHORS DO NOT HAVE ANY EVIDENCE FOR THAT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 20C VIA THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF PROTEIN (20-25 MG/ML IN 50 MM HEPES/NAOH, PH 7.5, 250 MM KCL, 0.5 MM PMSF, 1 MM BENZAMIDINE AND 5% (V/V) ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 20C VIA THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF PROTEIN (20-25 MG/ML IN 50 MM HEPES/NAOH, PH 7.5, 250 MM KCL, 0.5 MM PMSF, 1 MM BENZAMIDINE AND 5% (V/V) GLYCEROL) WITH WELL SOLUTION (1.4- 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.8, 20 MM B-MERCAPTOETHANOL). SERIALLY DILUTED CRUSHED CRYSTALS WERE USED FOR MICRO-SEEDING ONE DAY AFTER THE DROPS WERE SET UP. CRYSTALS APPEARED ONE DAY AFTER SEEDING AND GREW TO A MAXIMUM SIZE OF 120 X 800 UM WITHIN 10 DAYS. CRYSTALS WERE STABILIZED FOR 12 HOURS BY TRANSFER TO FRESH WELL SOLUTION. THEY WERE THEN CRYO-PROTECTED BY STEP-WISE TRANSFER INTO CRYO-BUFFER CONTAINING 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM HEPES, PH 7.5, 100 MM NA-CITRATE, PH 5.8, 100 MM KCL, 50 MM DTT AND UP TO 20% (V/V) GLYCEROL. IT WAS FOUND THAT MANGANESE IONS COULD REPLACE THE MAGNESIUM REQUIRED FOR THE BINDING OF THDP TO THE ENZYME.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.00691
検出器タイプ: CUSTOM / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00691 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→25.61 Å / Num. obs: 65878 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 22.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1OLS

1ols


解像度: 1.89→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.578 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1527 2.3 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.171 63749 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20.41 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5776 0 47 505 6328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226020
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7271.9398167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1595735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06323.596292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.00915978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1271542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.23042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.24161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9591.53661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62225905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.97232401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5154.52262
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.345 94
Rwork0.312 4744
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45090.2476-0.06831.8581-1.67545.85160.069-0.0730.14290.04340.08020.3340.1943-0.1611-0.1492-0.01780.01740.05310.07030.03820.1648.7737-6.149632.107
20.6657-0.054-0.10990.4354-0.26910.88020.02770.14370.0232-0.0650.0390.081-0.095-0.1066-0.06670.01370.0299-0.0063-0.08430.0083-0.021365.238415.67725.2225
31.377-0.4594-0.37341.277-0.1650.17590.00520.11440.1562-0.1377-0.0675-0.1642-0.21010.30490.06220.0399-0.07750.02360.06760.03160.0234101.599118.57746.8681
41.54128.99655.7774143.23662.86932.15030.64870.02480.02881.7204-0.2078-1.2611.7345-0.5798-0.44080.002-0.0006-0.00010.00130.00120.0005100.39252.929450.7486
50.4441-0.11180.0310.2393-0.08190.88680.0357-0.0390.03060.0936-0.0164-0.004-0.16080.0924-0.01930.004-0.0410.0029-0.1307-0.0164-0.059984.567312.500735.0039
60.45440.05720.06150.9373-0.12010.80680.0061-0.05120.00430.1138-0.0355-0.1858-0.06650.35630.0294-0.0236-0.0351-0.04140.06010.0061-0.0247106.9213.758137.5821
7111.390213.0112-98.452446.4978-20.497888.81730.27891.2816-0.83251.55990.21433.55840.28623.0536-0.49320.0014-0.00070.0002-0.00300.000980.2323-2.629-2.4278
83.0912-6.93540.26715.5602-0.5990.02310.54340.3224-0.0471-0.4696-0.3285-0.5457-0.0476-0.0999-0.21480.02960.06860.0028-0.02360.0284-0.043274.31193.21117.6762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2A31 - 355
3X-RAY DIFFRACTION3A356 - 400
4X-RAY DIFFRACTION4B1002 - 1007
5X-RAY DIFFRACTION5B1014 - 1191
6X-RAY DIFFRACTION6B1192 - 1342
7X-RAY DIFFRACTION7C2299 - 2301
8X-RAY DIFFRACTION8A601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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