PDB-2bes: Structure of Mycobacterium tuberculosis Ribose-5-Phosphate Isomer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bes

タイトル

Structure of Mycobacterium tuberculosis Ribose-5-Phosphate Isomerase, RpiB, Rv2465c, in complex with 4-phospho-D-erythronohydroxamic acid.

要素

CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

キーワード

ISOMERASE / RIBOSE 5-PHOSPHATE EPIMERASE / PHOSPHOPENTOSISOMERASE / PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY / HIGH-ENERGY ENEDIOLATE INTERMEDIATE

機能・相同性

機能・相同性情報

D-allose catabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Roos, A.K. / Ericsson, D.J. / Mowbray, S.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Competitive Inhibitors of Mycobacterium Tuberculosis Ribose-5-Phosphate Isomerase B Reveal New Information About the Reaction Mechanism.
著者: Roos, A.K. / Burgos, E. / Ericsson, D.J. / Salmon, L. / Mowbray, S.L.

履歴

登録	2004年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bes.cif.gz	163.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bes.ent.gz	130 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2bes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2bes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2betC 1uslS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vvo-1 1usl-1 2vvp-3 2vvq-2 2bet-2 2vvq-3 2vvp-1 2vvo-3 2vvo-2 2bet-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

B: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

C: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

D: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

E: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

93.5 kDa, 5 ポリマー
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1

A: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

B: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

D: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

E: CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	136.479, 102.855, 69.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.37, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2022- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.4013, 0.9114, 0.0907), (0.9114, 0.3875, 0.1383), (0.0909, 0.1382, -0.9862)	22.7606, 16.9835, 20.0276
2	given	(-0.3482, -0.9259, 0.1466), (-0.9265, 0.3161, -0.2041), (0.1426, -0.2069, -0.9679)	38.7542, 35.2852, 50.5035
3	given	(-0.6907, 0.6429, -0.3311), (-0.6584, -0.7484, -0.0799), (-0.2991, 0.1628, 0.9402)	43.7924, 39.0992, -21.4308
4	given	(-0.7678, -0.5474, -0.3328), (0.5398, -0.8326, 0.1242), (-0.3451, -0.0843, 0.9348)	75.6625, -43.4282, 0.5581

#1: タンパク質	CARBOHYDRATE-PHOSPHATE ISOMERASE / RIBOSE-5-PHOSPHATE ISOMERASE B 分子量: 18474.803 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PCR T7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q7D737, UniProt: P9WKD7*PLUS, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-RES / 4-PHOSPHO-D-ERYTHRONOHYDROXAMIC ACID / 1-(ヒドロキシアミノ)-D-エリトロ-ス4-りん酸分子量: 231.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀NO₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化	詳細: 1.55 M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1 M HEPES, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.009
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月8日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: S1(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→81.65 Å / Num. obs: 55757 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1USL

1usl

解像度: 2.1→81.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	2830	5.1 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.203	52926	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	0 Å²	-1.1 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→81.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5929	0	70	390	6389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	6119
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.441	1.945	8320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.794	3	12748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.786	5	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	6974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.162	0.2	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	5840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.106	0.2	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.112	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.263	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.098	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.204	1.5	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.385	2	6180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.434	3	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.8	4.5	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.264	210
R_work	0.255	3900

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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