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- PDB-2beo: PrfA, Transcriptional Regulator In Listeria Monocytogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2beo
タイトルPrfA, Transcriptional Regulator In Listeria Monocytogenes
要素LISTERIOLYSIN REGULATORY PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION / BACTERIAL INFECTION / HUMAN PATHOGEN / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / ACTIVATOR / VIRULENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / GLUTAMINE / Listeriolysin regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Eiting, M. / Hagelueken, G. / Schubert, W.-D. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2005
タイトル: The Mutation G145S in Prfa, a Key Virulence Regulator of Listeria Monocytogenes, Increases DNA-Binding Affinity by Stabilizing the Hth Motif
著者: Eiting, M. / Hagelueken, G. / Schubert, W.-D. / Heinz, D.W.
履歴
登録2004年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LISTERIOLYSIN REGULATORY PROTEIN
B: LISTERIOLYSIN REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8677
ポリマ－54,3962
非ポリマー4705
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.951, 80.713, 60.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNILEILE2AA4 - 993 - 98
21GLNGLNILEILE2BB4 - 993 - 98
12ASNASNILEILE1AA109 - 136108 - 135
22ASNASNILEILE1BB109 - 136108 - 135
13ASNASNMETMET3AA137 - 171136 - 170
23ASNASNMETMET3BB137 - 171136 - 170
14ILEILEASNASN3AA189 - 210188 - 209
24ILEILEASNASN3BB189 - 210188 - 209

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.24412, -0.86544, 0.43752), (-0.85231, -0.40669, -0.32891), (0.46258, -0.29261, -0.8369)
ベクター: 85.71336, 124.25512, 1.14282)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LISTERIOLYSIN REGULATORY PROTEIN / PRFA


分子量: 27198.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
株: EGD-E / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P22262

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非ポリマー , 5種, 44分子

#2: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細FUNCTION: POSITIVELY REGULATES EXPRESSION OF LISTERIOLYSIN AND OTHER VIRULENCE FACTORS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 20 % (W/V) PEG 6000 100 MM NA-MES PH6.5 1 M LICL, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月15日 / 詳細: RH-COATED SILICON MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE SI-111 CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 12402 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.76 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 68.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OMI

1omi


解像度: 2.7→56.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU ML: 0.413 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 602 4.9 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.246 11790 91.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.66 Å20 Å28.23 Å2
2---2.29 Å20 Å2
3---3.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→56.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3740 0 27 39 3806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224098
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9441.9595563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.38238510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4335502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82325.579190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.85415755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.653154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1620.23507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21943
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.293
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1830.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.28822530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.22433960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50121864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.61631603
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1188tight positional0.040.05
834medium positional0.650.5
460loose positional0.885
1188tight thermal0.030.5
834medium thermal0.222
460loose thermal1.1110
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 39
Rwork0.329 661
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.61630.30460.44623.6756-0.54460.62220.0185-0.148-0.06920.21280.08620.29820.0766-0.0182-0.10480.246-0.0029-0.29420.1053-0.0040.43729.11961.8186.677
24.95-0.5307-1.73244.5293-2.02374.58330.1864-1.3684-0.46740.9319-0.3999-0.14870.50130.68660.21350.6687-0.082-0.46120.5240.07450.57748.79964.88721.053
32.564-0.2623-0.34282.7919-0.01161.240.11840.40350.2346-0.6414-0.1053-0.274-0.03310.1839-0.0130.35780.0462-0.26660.22350.03310.466642.11972.777-8.912
46.976-3.6971-0.25276.8637-0.12370.61840.33850.51930.2851-0.9035-0.4491-0.5121-0.20180.2310.11060.49580.1352-0.23830.27970.03930.401950.81850.087-13.284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2A138 - 237
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 137
4X-RAY DIFFRACTION4B138 - 237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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