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- PDB-2bei: X-ray structure of thialysine n-acetyltransferase (SSAT2) from ho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bei
タイトルX-ray structure of thialysine n-acetyltransferase (SSAT2) from homo sapiens
要素Diamine acetyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / SSAT2 / BC011751 / AAH11751 / THIALYSINE N-ACETYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


putrescine acetylation / nor-spermidine metabolic process / spermine acetylation / spermidine acetylation / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / extracellular exosome / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Thialysine N-epsilon-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.842 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Han, B.W. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Bae, E. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Homo sapiens thialysine Nepsilon-acetyltransferase (HsSSAT2) in complex with acetyl coenzyme A.
著者: Han, B.W. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N.
履歴
登録2005年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diamine acetyltransferase 2
B: Diamine acetyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2673
ポリマ－38,4582
非ポリマー8101
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area15590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.583, 83.621, 87.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Diamine acetyltransferase 2 / Spermidine/spermine N(1)-acetyltransferase 2 / Polyamine N-acetyltransferase 2 / SSAT2


分子量: 19228.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAT2, SSAT2 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q96F10, diamine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 16.4% PEG 5K, 0.10 M MOPS, 0.15 M Potassium Glutamte, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97911, 0.96388
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月10日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979111
20.963881
Reflection

D res low: 80 Å

冗長度 (%)ID数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)% possible obs
6.81342490.0770.9821.8597
72317300.0651.0871.998.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.998099.810.0551.0847
3.163.9910010.0521.0067.3
2.763.1610010.0771.0287.4
2.512.7610010.1051.1587.4
2.332.5110010.141.0247.4
2.192.3310010.1851.0147.3
2.082.1910010.2480.937
1.992.0898.610.3060.8226.3
1.921.9992.210.3880.7745.4
1.851.9278.510.4590.694.3
4.098099.820.0431.0657
3.254.0910020.0410.9867.3
2.843.2510020.0631.0657.4
2.582.8410020.0871.0717.4
2.392.5810020.1141.1047.4
2.252.3910020.1551.137.4
2.142.2510020.2041.1627.4
2.052.1499.620.2631.0887
1.972.0595.320.3481.1536.3
1.91.978620.4221.0465.4
反射解像度: 1.842→43.774 Å / Num. obs: 34249 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 10.833
反射 シェル解像度: 1.842→1.92 Å / % possible obs: 78.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.377 / Num. measured obs: 2725 / Χ2: 0.69 / % possible all: 78.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set

最高解像度: 1.84 Å / 最低解像度: 40.52 Å

IDR cullis acentricR cullis centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_10000304313496
ISO_20.7620.7630.8560.771279703328
ANO_10.76101.0670296510
ANO_20.8500.9430276010
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_18.08-40.520000300172
ISO_15.77-8.080000597182
ISO_14.73-5.770000794186
ISO_14.1-4.730000958189
ISO_13.67-4.100001090175
ISO_13.35-3.6700001223189
ISO_13.11-3.3500001336179
ISO_12.91-3.1100001443168
ISO_12.74-2.9100001531163
ISO_12.6-2.7400001630180
ISO_12.48-2.600001716176
ISO_12.38-2.4800001792180
ISO_12.28-2.3800001900196
ISO_12.2-2.2800001959176
ISO_12.13-2.200002049188
ISO_12.06-2.1300002074190
ISO_12-2.0600002150172
ISO_11.94-200002130172
ISO_11.89-1.9400002056146
ISO_11.84-1.8900001703117
ANO_18.08-40.520.53801.60603000
ANO_15.77-8.080.42802.3405970
ANO_14.73-5.770.48502.07807940
ANO_14.1-4.730.60601.73609580
ANO_13.67-4.10.56201.887010900
ANO_13.35-3.670.56801.775012230
ANO_13.11-3.350.58601.691013360
ANO_12.91-3.110.62201.567014430
ANO_12.74-2.910.65601.409015310
ANO_12.6-2.740.701.239016300
ANO_12.48-2.60.78201.092017160
ANO_12.38-2.480.81600.924017920
ANO_12.28-2.380.87200.767019000
ANO_12.2-2.280.92200.635019590
ANO_12.13-2.20.94400.546020490
ANO_12.06-2.130.95900.493020620
ANO_12-2.060.97700.421020950
ANO_11.94-20.9900.414020070
ANO_11.89-1.940.99400.395018180
ANO_11.84-1.891.00200.388013510
ISO_28.08-40.520.4930.4991.7441.327300172
ISO_25.77-8.080.5030.5052.5221.683597182
ISO_24.73-5.770.6670.7322.0071.348794186
ISO_24.1-4.730.7390.7831.5621.162958189
ISO_23.67-4.10.6460.6871.7331.1931090175
ISO_23.35-3.670.6390.6231.6791.0821223189
ISO_23.11-3.350.6460.6551.6251.0231336179
ISO_22.91-3.110.680.8061.4390.9951443168
ISO_22.74-2.910.6640.6531.3190.8611531163
ISO_22.6-2.740.7040.7261.0850.6531630180
ISO_22.48-2.60.7110.7410.930.6091716176
ISO_22.38-2.480.7440.7850.7620.5341791180
ISO_22.28-2.380.7430.7650.6380.4391900196
ISO_22.2-2.280.7660.8840.5190.3311959176
ISO_22.13-2.20.7820.8840.430.3172049188
ISO_22.06-2.130.811.0220.3660.2482069190
ISO_22-2.060.8570.9480.3010.2182100168
ISO_21.94-20.8440.9870.2620.1911998164
ISO_21.89-1.940.8821.0550.2260.1611486107
ISO_21.84-1.89000000
ANO_28.08-40.520.5390203000
ANO_25.77-8.080.43702.9105970
ANO_24.73-5.770.49602.50707940
ANO_24.1-4.730.65102.01509580
ANO_23.67-4.10.62302.109010900
ANO_23.35-3.670.63101.93012230
ANO_23.11-3.350.6601.737013360
ANO_22.91-3.110.70601.496014430
ANO_22.74-2.910.74301.36015310
ANO_22.6-2.740.81301.071016300
ANO_22.48-2.60.86200.916017160
ANO_22.38-2.480.8900.754017910
ANO_22.28-2.380.91700.637019000
ANO_22.2-2.280.95300.522019590
ANO_22.13-2.20.96700.419020490
ANO_22.06-2.130.97100.384020460
ANO_22-2.060.98100.336020420
ANO_21.94-20.98900.321018560
ANO_21.89-1.940.98900.29013400
ANO_21.84-1.89000000
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
14.32566.44281.39SE22.571.31
20.03712.28938.46SE25.461.34
311.39577.09864.941SE35.561.43
413.2765.5512.484SE47.491.14
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 34191
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.92-100520.903513
6.21-7.92430.933518
5.27-6.2140.30.95616
4.66-5.2740.80.958700
4.22-4.6643.70.953777
3.89-4.2244.40.947841
3.62-3.8947.10.949906
3.41-3.62460.94959
3.22-3.4144.20.9271005
3.07-3.2250.50.9241093
2.93-3.07500.9121097
2.81-2.9351.20.8991167
2.71-2.81530.9061194
2.61-2.7152.90.8981260
2.53-2.6156.20.8961299
2.45-2.5360.60.891313
2.38-2.4561.30.8811367
2.32-2.3862.60.8921409
2.26-2.3267.10.8781443
2.2-2.2666.20.8951481
2.15-2.268.40.8821507
2.1-2.1570.90.8861545
2.06-2.175.40.8841586
2.01-2.0676.20.8791578
1.97-2.01780.8621638
1.94-1.9778.40.861547
1.9-1.9480.30.841525
1.84-1.984.60.7462307

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
SOLOMON位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.842→43.774 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.258 / WRfactor Rwork: 0.209 / SU B: 2.886 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.14
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS,no electron density on chain A ASP48 - ASN49, strong electron density on chain B FOR THOSE RESIDUES, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 1719 5.027 %RANDOM
Rwork0.2045 ---
all0.207 ---
obs0.207 34192 96.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.177 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.771 Å20 Å20 Å2
2---1.709 Å20 Å2
3----0.062 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.842→43.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2524 0 51 305 2880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.9793540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9585312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.08623.333126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4615454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1521520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21796
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2550.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3020.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.87821619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.84342456
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.88461197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.47281083
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.842-1.890.294910.2551752258071.434
1.89-1.9420.306840.2272140251488.465
1.942-1.9980.2761110.2072207243695.156
1.998-2.0590.2381220.2012218236399.027
2.059-2.1270.2441250.2022161228799.956
2.127-2.2020.2711070.19921492256100
2.202-2.2850.231140.19420402154100
2.285-2.3780.2491060.219902096100
2.378-2.4830.243980.20418851983100
2.483-2.6040.267990.2118031902100
2.604-2.7450.288980.21917311829100
2.745-2.9110.296910.22116341725100
2.911-3.1110.291870.2115551642100
3.111-3.360.251770.19514411518100
3.36-3.6790.269870.18513361423100
3.679-4.1120.198710.1812021273100
4.112-4.7440.211540.1810891143100
4.744-5.8020.215460.209937983100
5.802-8.1670.231300.259752782100
8.167-60.5230.23210.23645147798.952

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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