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- PDB-2be1: Structure of the compact lumenal domain of yeast Ire1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2be1
タイトルStructure of the compact lumenal domain of yeast Ire1
要素
  • Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
  • peptide
キーワードTRANSCRIPTION / peptide-binding groove peptide-mediated oligomerization beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


IRE1alpha activates chaperones / Ire1 complex / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / fungal-type cell wall organization / protein localization to Golgi apparatus / inositol metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / IRE1-mediated unfolded protein response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / endoplasmic reticulum unfolded protein response ...IRE1alpha activates chaperones / Ire1 complex / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / fungal-type cell wall organization / protein localization to Golgi apparatus / inositol metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / IRE1-mediated unfolded protein response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / endoplasmic reticulum unfolded protein response / RNA endonuclease activity / response to endoplasmic reticulum stress / mRNA processing / unfolded protein binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.983 Å
データ登録者Credle, J.J. / Finer-Moore, J.S. / Papa, F.R. / Stroud, R.M. / Walter, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Inaugural Article: On the mechanism of sensing unfolded protein in the endoplasmic reticulum
著者: Credle, J.J. / Finer-Moore, J.S. / Papa, F.R. / Stroud, R.M. / Walter, P.
履歴
登録2005年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
D: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0693
ポリマ－77,0693
非ポリマー00
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.300, 103.300, 401.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 111 - 449 / Label seq-ID: 1 - 339

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細When not activated Ire1 is probably a monomer. When activated, it may form homo-oligomers such as those generated by the non-crystallographic two-fold axis (relating chains A and B) and the crystallographic 6-fold screw axis.

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1 / Endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1


分子量: 38128.820 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 111-449, Lumenal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IRE1, ERN1 / プラスミド: pGEX4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3-Stars / 参照: UniProt: P32361
#2: タンパク質・ペプチド peptide


分子量: 811.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: co-crystallized peptide of unknown origin and sequence
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 5% dioxane, 0.6% MeOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月2日 / 詳細: tunable monochromoter
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.983→48.4 Å / Num. all: 24150 / Num. obs: 24150 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 59.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.983→3.19 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3260 / % possible all: 76.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Ire1 lumenal domain

解像度: 2.983→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 39.552 / SU ML: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.102 / ESU R Free: 0.409 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2794 2380 9.9 %RANDOM
Rwork0.24005 ---
all0.24398 21745 --
obs0.24398 21745 82.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.58 Å21.79 Å20 Å2
2--3.58 Å20 Å2
3----5.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.49 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.99 Å0.93 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.983→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4858 0 0 26 4884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2771.9516755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.585601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.76824.538238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.09115818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1861526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3010.22614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3530.23488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2210.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3350.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0890.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3761.53088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50824943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53232108
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1544.51812
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2401 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.070.05
tight thermal0.150.5
LS精密化 シェル解像度: 2.983→3.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 96 -
Rwork0.416 917 -
obs-917 63.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3513-0.43120.07080.4616-0.03291.911-0.14390.00090.05990.04320.06080.00680.14890.07520.08310.0210.0636-0.06530.11450.0035-0.244815.11229.43322.919
20.823-1.03260.19281.6027-0.30321.19790.05370.0827-0.0372-0.0155-0.094-0.0079-0.0131-0.06250.04030.0870.0622-0.01950.04240.0391-0.249724.81921.99159.291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA111 - 4491 - 339
2X-RAY DIFFRACTION2BB111 - 4491 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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