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- PDB-2bdh: Human Kallikrein 4 complex with zinc and p-aminobenzamidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bdh
タイトルHuman Kallikrein 4 complex with zinc and p-aminobenzamidine
要素Kallikrein-4
キーワードHYDROLASE / serine proteinase / s1 subsite / 70-80 loop / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


biomineral tissue development / amelogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / secretory granule / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
P-AMINO BENZAMIDINE / Kallikrein-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Debela, M. / Bode, W. / Goettig, P. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of human tissue kallikrein 4: activity modulation by a specific zinc binding site.
著者: Debela, M. / Magdolen, V. / Grimminger, V. / Sommerhoff, C. / Messerschmidt, A. / Huber, R. / Friedrich, R. / Bode, W. / Goettig, P.
履歴
登録2005年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-4
B: Kallikrein-4
C: Kallikrein-4
D: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3149
ポリマ－95,7044
非ポリマー6105
水2,000111
1
A: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1283
ポリマ－23,9261
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0622
ポリマ－23,9261
非ポリマー1361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0622
ポリマ－23,9261
非ポリマー1361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0622
ポリマ－23,9261
非ポリマー1361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: Kallikrein-4
ヘテロ分子

B: Kallikrein-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1905
ポリマ－47,8522
非ポリマー3383
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/41
Buried area900 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.488, 73.488, 338.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Kallikrein-4 / Prostase / Kallikrein-like protein 1 / KLK-L1 / Enamel matrix serine proteinase 1


分子量: 23926.010 Da / 分子数: 4 / 断片: Human Kallikrein 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK4, EMSP1, PRSS17, PSTS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y5K2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PBZ / P-AMINO BENZAMIDINE / α,α,4-トリアミノベンゼンメチリウム


分子量: 136.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulphate, 100 mM HEPES, 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→99 Å / Num. obs: 22004 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 18.99
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: hk4 with nickel

解像度: 3→19.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1015530.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 937 5 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.236 ---
obs0.233 18590 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.8728 Å2 / ksol: 0.271882 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.59 Å20 Å20 Å2
2---3.59 Å20 Å2
3---7.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6680 0 41 111 6832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.72.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 140 5 %
Rwork0.303 2641 -
obs--87.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4abz.parabz.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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