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- PDB-2bcx: Crystal structure of calmodulin in complex with a ryanodine recep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bcx
タイトルCrystal structure of calmodulin in complex with a ryanodine receptor peptide
要素
  • Calmodulin
  • Ryanodine receptor 1
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN / EF-hand / type-2 turn
機能・相同性
機能・相同性情報


CH domain binding / ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / organelle membrane / myosin binding ...CH domain binding / ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / organelle membrane / myosin binding / cellular response to caffeine / intracellularly gated calcium channel activity / outflow tract morphogenesis / toxic substance binding / smooth endoplasmic reticulum / striated muscle contraction / voltage-gated calcium channel activity / skeletal muscle fiber development / release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum membrane / muscle contraction / cellular response to calcium ion / sarcoplasmic reticulum / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / myelin sheath / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / calcium ion binding / centrosome / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1 / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Maximciuc, A.A. / Shamoo, Y. / MacKenzie, K.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Complex of calmodulin with a ryanodine receptor target reveals a novel, flexible binding mode.
著者: Maximciuc, A.A. / Putkey, J.A. / Shamoo, Y. / Mackenzie, K.R.
履歴
登録2005年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Ryanodine receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5086
ポリマ－20,3482
非ポリマー1604
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area9410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.100, 44.100, 90.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 16721.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CALM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62149
#2: タンパク質・ペプチド Ryanodine receptor 1 / Skeletal muscle-type ryanodine receptor / RyR1 / RYR-1 / Skeletal muscle calcium release channel


分子量: 3626.437 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 3614-3643 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide based on the sequence of rabbit ryanodine receptor 1
参照: UniProt: P11716
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.863831 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.006889 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 23% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 5 mM DTT, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.3 % / 数: 4773 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.917 / D res high: 2.65 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 98.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.71509410.0483.0627.8
4.535.7110010.0512.7358.5
3.964.5310010.0442.2478.6
3.63.9610010.0492.2528.6
3.343.610010.061.98.6
3.143.3410010.061.5968.7
2.983.1410010.0711.4698.7
2.852.9810010.0771.2868.4
2.742.8510010.0881.1998.6
2.652.7493.910.0951.136.7
反射解像度: 2→39.66 Å / Num. all: 19856 / Num. obs: 10802 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Χ2: 1.13 / Net I/σ(I): 23.2 / Scaling rejects: 561
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. measured obs: 42 / Χ2: 1.18 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.6516.32003774938
ANO_12.6516.321.414037730
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_17.54-16.320012489
ISO_15.64-7.540021394
ISO_14.7-5.640027097
ISO_14.11-4.70033196
ISO_13.7-4.110037590
ISO_13.39-3.70042192
ISO_13.15-3.390045593
ISO_12.95-3.150049193
ISO_12.79-2.9500535101
ISO_12.65-2.790055993
ANO_17.54-16.322.10601240
ANO_15.64-7.542.66702130
ANO_14.7-5.642.13802700
ANO_14.11-4.71.67403310
ANO_13.7-4.111.48603750
ANO_13.39-3.71.35804210
ANO_13.15-3.391.19104550
ANO_12.95-3.151.09904910
ANO_12.79-2.951.03405350
ANO_12.65-2.790.90505580
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
122.4146.8425.38S201
232.9373.87515.888S200.936
315.57215.773.521S200.927
433.696-3.8696.987S200.874
513.0484.309-2.8S200.45
631.242-9.07823.445S200.384
76.4941.45-12.206S200.35
839.094-9.99815.267S200.327
910.3431.363-3.014S200.319
1025.756-11.6593.356S200.212
1122.078-9.66523.307S200.21
1213.162-10.45818.089S200.195
1342.117-11.6217.146S200.192
1421.367-16.5132.661S200.191
1523.589-9.16516.565S200.131
163.649-1.394-7.989S200.105
1718.8115.7231.623S200.079

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1SSIデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 989785.438 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1009 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.214 19647 --
obs0.214 10802 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.426 Å2 / ksol: 0.453 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å20 Å20 Å2
2--6.31 Å20 Å2
3----3.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1347 0 4 80 1431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.072.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 174 5.4 %
Rwork0.223 3050 -
all-3224 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.topprotein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.topion.param
X-RAY DIFFRACTION3water.topwater.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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