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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bce | ||||||
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タイトル | CHOLESTEROL ESTERASE FROM BOS TAURUS | ||||||
![]() | CHOLESTEROL ESTERASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / SERINE ESTERASE / LIPASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() retinyl-palmitate esterase activity / acetylesterase / ceramide catabolic process / sterol esterase / sterol ester esterase activity / pancreatic juice secretion / acetylesterase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / extracellular region ...retinyl-palmitate esterase activity / acetylesterase / ceramide catabolic process / sterol esterase / sterol ester esterase activity / pancreatic juice secretion / acetylesterase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / extracellular region / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, J.C.-H. / Miercke, L.J.W. / Krucinski, J. / Starr, J.R. / Saenz, G. / Wang, X. / Spilburg, C.A. / Lange, L.G. / Ellsworth, J.L. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of bovine pancreatic cholesterol esterase at 1.6 A: novel structural features involved in lipase activation. 著者: Chen, J.C. / Miercke, L.J. / Krucinski, J. / Starr, J.R. / Saenz, G. / Wang, X. / Spilburg, C.A. / Lange, L.G. / Ellsworth, J.L. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 365.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 372.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2aceS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63625.395 Da / 分子数: 1 / 変異: N187Q, N361Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS (HEK) 発現宿主: ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 66076 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 8.76 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / % possible all: 68.1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2ACE 解像度: 1.6→40 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.67 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.2831 |