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- PDB-2bc2: METALLO BETA-LACTAMASE II FROM BACILLUS CEREUS 569/H/9 AT PH 6.0,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bc2
タイトルMETALLO BETA-LACTAMASE II FROM BACILLUS CEREUS 569/H/9 AT PH 6.0, TRIGONAL CRYSTAL FORM
要素METALLO BETA-LACTAMASE II
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE / ANTIBIOTIC / METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase ...: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fabiane, S.M. / Sutton, B.J.
引用
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of the Zinc-Dependent Beta-Lactamase from Bacillus Cereus at 1.9 A Resolution: Binuclear Active Site with Features of a Mononuclear Enzyme
著者: Fabiane, S.M. / Sohi, M.K. / Wan, T. / Payne, D.J. / Bateson, J.H. / Mitchell, T. / Sutton, B.J.
履歴
登録1997年9月9日処理サイト: BNL
改定 1.01999年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLO BETA-LACTAMASE II
B: METALLO BETA-LACTAMASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6669
ポリマ－50,0552
非ポリマー6117
水11,385632
1
A: METALLO BETA-LACTAMASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3815
ポリマ－25,0281
非ポリマー3544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: METALLO BETA-LACTAMASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2854
ポリマ－25,0281
非ポリマー2583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: METALLO BETA-LACTAMASE II
ヘテロ分子

B: METALLO BETA-LACTAMASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5708
ポリマ－50,0552
非ポリマー5156
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.320, 67.320, 177.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.092376, 0.291462, 0.952112), (0.311053, -0.916794, 0.250471), (0.945893, 0.27302, -0.17535)
ベクター: 19.37, 16.635, -27.931)

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要素

#1: タンパク質 METALLO BETA-LACTAMASE II


分子量: 25027.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: 569/H/9 / 参照: UniProt: P04190, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUES 1 - 4 WERE NOT PRESENT IN CRYSTALLISATION MATERIAL, AS DETERMINED BY MASS SPECTROSCOPY.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: other
詳細: This particular structure is not described in this paper.

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データ収集

回折平均測定温度: 153 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1996年8月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: PAIR OF SINGLE FLAT CRYSTALS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 52908 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.68→1.72 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.7→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0036 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: NO NCS RESTRAINTS WERE USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 4905 5 %THIN SHELLS
Rwork0.2 ---
obs0.2 94013 95.66 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.214 Å0.21 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.235 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3346 0 12 521 3879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.498
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.27
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.368
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5341.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.3032
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.0562
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.6812.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 30
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 327 10.03 %
Rwork0.352 2275 -
obs--79.79 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PAR2.PROTOP2.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARW.STELLATOPW.STELLA
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.276
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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