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万見
- PDB-2bbr: Crystal Structure of MC159 Reveals Molecular Mechanism of DISC As... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bbr
タイトルCrystal Structure of MC159 Reveals Molecular Mechanism of DISC Assembly and vFLIP Inhibition
要素Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / suppression by virus of host autophagy / positive regulation of necroptotic process / negative regulation of apoptotic signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / host cell nucleus / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
: / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Molluscum contagiosum virus subtype 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Yang, J.K. / Wang, L. / Zheng, L. / Wan, F. / Ahmed, M. / Lenardo, M.J. / Wu, H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of MC159 reveals molecular mechanism of DISC assembly and FLIP inhibition.
著者: Yang, J.K. / Wang, L. / Zheng, L. / Wan, F. / Ahmed, M. / Lenardo, M.J. / Wu, H.
履歴
登録2005年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2132
ポリマ－22,1711
非ポリマー421
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.979, 62.867, 75.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / v-CFLAR / Viral FLICE-inhibitory protein / v-FLIP


分子量: 22170.553 Da / 分子数: 1 / 断片: death effector domain (residues 1-187) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Molluscum contagiosum virus subtype 1 (ウイルス)
属: Molluscipoxvirus / 生物種: Molluscum contagiosum virus / 株: subtype 1 / プラスミド: modified pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus RIPL / 参照: UniProt: Q98325
#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.0 - 1.2 M sodium acetate, 0.1 M imidazole , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.2→15 Å / Num. all: 52241 / Num. obs: 52241 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2BBZ

2bbz


解像度: 1.2→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.226 5154 Random
Rwork0.211 --
obs0.211 50964 -
all-52241 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1492 0 3 319 1814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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