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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bbg | ||||||
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タイトル | RAGWEED POLLEN ALLERGEN FROM AMBROSIA TRIFIDA V, NMR, 30 STRUCTURES | ||||||
要素 | POLLEN ALLERGEN 5 | ||||||
キーワード | ALLERGEN / PROTEIN ALLERGEN / SMALL HIGHLY DISULFIDE BONDED | ||||||
機能・相同性 | Amb V Allergen / Amb V Allergen / Amb V Allergen superfamily / Ragweed group 5 pollen allergen / Amb V Allergen / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Pollen allergen Amb t 5 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ambrosia trifida (オオブタクサ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / ITERATIVE SIMULATED ANNEALING | ||||||
データ登録者 | Warren, G.L. / Tuner, C.J. / Petsko, G.A. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: A Highly Precise Solution 1H NMR Structure of Ragweed Allergen Amb. T. V 著者: Warren, G.L. / Turner, C.J. / Petsko, G.A. / Brunger, A.T. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Determination of the Three-Dimensional Solution Structure of Ragweed Allergen Amb T V by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy 著者: Metzler, W.J. / Valentine, K. / Roebber, M. / Friedrichs, M.S. / Marsh, D.G. / Mueller, L. #2: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1985 タイトル: Ra5G, a Homologue of Ra5 in Giant Ragweed Pollen: Isolation, Hla-Dr-Associated Activity and Amino Acid Sequence 著者: Goodfriend, L. / Choudhury, A.M. / Klapper, D.G. / Coulter, K.M. / Dorval, G. / Del Carpio, J. / Osterland, C.K. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985 タイトル: 500-Mhz 1H NMR Studies of Ragweed Allergen Ra5 著者: Vidusek, D.A. / Roberts, M.F. / Goodfriend, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bbg.cif.gz | 329.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bbg.ent.gz | 286.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bbg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2bbg_validation.pdf.gz | 341.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2bbg_full_validation.pdf.gz | 508.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2bbg_validation.xml.gz | 33.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2bbg_validation.cif.gz | 50.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/2bbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/2bbg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4325.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: POLLEN / 由来: (天然) Ambrosia trifida (オオブタクサ) / 参照: UniProt: P10414 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
試料状態 | pH: 4 / 温度: 293 K |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software |
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精密化 | 手法: ITERATIVE SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE MANUSCRIPT SUBMITTED TO JMB ABOVE. | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: BONDS RMS < 0.01, ANGLE RMS < 1.0, IMPROPER RMS < 1.0, 0 NOE VIOL > 0.5, 0 DIHEDRAL VIOL > 5.0 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30 |