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- PDB-2bbd: Crystal Structure of the STIV MCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bbd
タイトルCrystal Structure of the STIV MCP
要素coat protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Archaea / hyperthermophile / virus / evolution / crystal
機能・相同性: / Sulfolobus turreted icosahedral virus 1-like, major capsid protein / viral capsid / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Khayat, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structure of an archaeal virus capsid protein reveals a common ancestry to eukaryotic and bacterial viruses.
著者: Khayat, R. / Tang, L. / Larson, E.T. / Lawrence, C.M. / Young, M. / Johnson, J.E.
履歴
登録2005年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: coat protein
B: coat protein
C: coat protein
D: coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,98521
ポリマ－154,9764
非ポリマー2,00917
水14,034779
1
A: coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6899
ポリマ－38,7441
非ポリマー9458
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8622
ポリマ－38,7441
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3356
ポリマ－38,7441
非ポリマー5915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0994
ポリマ－38,7441
非ポリマー3553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)241.600, 82.890, 114.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is believed to be a trimer. However, only monomers are observed in the ASU.

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要素

#1: タンパク質
coat protein


分子量: 38744.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
属: Rudivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6Q0J0
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.352 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 298.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 16% PEG 3350 10% MPD 0.2M Ammonium Citrate (pH 4.5) 5% (v/v) glycerol 2mM DTT 20mM N,N-Dimethyldecylamine-B-oxide 0.1M Bicine (pH 9.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月18日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→30 Å / Num. all: 116333 / Num. obs: 114006 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2
反射 シェル解像度: 2.04→2.17 Å / % possible all: 50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→29.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 125966.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 6969 7 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 99205 76.4 %-
all-137645 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.0565 Å2 / ksol: 0.326427 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.2 Å20 Å2-6.41 Å2
2--12.56 Å20 Å2
3---0.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→29.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9955 0 136 779 10870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 762 7.1 %
Rwork0.267 10000 -
obs--50 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4mpd_xplor_par.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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