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- PDB-2bbc: Structure of Cobalamin-complexed Bovine Transcobalamin in trigona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bbc
タイトルStructure of Cobalamin-complexed Bovine Transcobalamin in trigonal crystal form
要素Transcobalamin II
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha_6 - alpha_6 barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of RCbl within the body / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Transcobalamin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wuerges, J. / Garau, G. / Geremia, S. / Fedosov, S.N. / Petersen, T.E. / Randaccio, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural basis for mammalian vitamin B12 transport by transcobalamin.
著者: Wuerges, J. / Garau, G. / Geremia, S. / Fedosov, S.N. / Petersen, T.E. / Randaccio, L.
履歴
登録2005年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcobalamin II
A: COBALAMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7525
ポリマ－46,3151
非ポリマー1,4374
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.570, 99.570, 128.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Transcobalamin II / TCII / TC II


分子量: 46315.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: TCN2, TC2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD 1168 / 参照: UniProt: Q9XSC9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 28% PEG 8000, 0.2M magnesium acetate, 20% 2-methyl-2,4-pentadiol, 0.1M TRIS 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月1日
放射モノクロメーター: Double Crystal (Si111, Si220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 29190 / Num. obs: 29142 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 2875 / Num. unique all: 2875 / Χ2: 1.096 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structure of Bovine Transcobalamin in monoclinic crystal form (PDB 2BB6).

2bb6


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 12.981 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1192 4.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.205 27934 --
obs0.205 27934 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20.32 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 94 185 3533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5432.0214669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9875413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.80423.81147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.00315600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1751526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22351
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.290.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.951.52068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.76823327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23931357
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.594.51342
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.481 76 -
Rwork0.312 2011 -
all-2087 -
obs--98.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8277-2.6210.84572.99-1.04810.3774-0.09350.2459-0.2514-0.0141-0.10150.15430.1126-0.0330.1950.05650.05370.0262-0.0639-0.03930.00813.137837.857316.5895
20.4581-0.0992-0.03941.40190.44012.226-0.06520.0613-0.06220.1444-0.07390.18120.0269-0.30420.1391-0.06380.05790.0572-0.0398-0.0285-0.04923.821946.795619.1564
348.9529-72.90417.0524114.5577-3.69758.7558-1.5622-1.02522.59961.59991.5258-3.15170.2658-0.84350.0364-0.02770.0822-0.0108-0.04560.0013-0.002732.078945.74139.6497
41.537-0.5962-0.38191.09370.09611.5418-0.09580.0459-0.01590.05440.04240.04780.16990.0450.05350.04810.0916-0.0005-0.0991-0.0115-0.053526.11331.093417.4564
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11E01
22A1 - 3021 - 302
33A303 - 314303 - 314
44A315 - 414315 - 414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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