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- PDB-2bb6: Structure of Cobalamin-complexed Bovine Transcobalamin in Monocli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bb6
タイトルStructure of Cobalamin-complexed Bovine Transcobalamin in Monoclinic Crystal Form
要素Transcobalamin II
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha_6 - alpha_6 barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of RCbl within the body / cobalamin transport / cobalt ion transport / cobalamin binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex ...Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Transcobalamin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wuerges, J. / Garau, G. / Geremia, S. / Fedosov, S.N. / Petersen, T.E. / Randaccio, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / : 2006
タイトル: Structural basis for mammalian vitamin B12 transport by transcobalamin.
著者: Wuerges, J. / Garau, G. / Geremia, S. / Fedosov, S.N. / Petersen, T.E. / Randaccio, L.
履歴
登録2005年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcobalamin II
B: Transcobalamin II
C: Transcobalamin II
D: Transcobalamin II
A: COBALAMIN
B: COBALAMIN
C: COBALAMIN
D: COBALAMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,72412
ポリマ-185,2614
非ポリマー5,4638
13,763764
1
A: Transcobalamin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6813
ポリマ-46,3151
非ポリマー1,3662
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcobalamin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6813
ポリマ-46,3151
非ポリマー1,3662
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcobalamin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6813
ポリマ-46,3151
非ポリマー1,3662
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcobalamin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6813
ポリマ-46,3151
非ポリマー1,3662
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.826, 100.664, 99.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
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31A
41B
51A
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NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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1052LYSLYSLYSLYS1DD81 - 11481 - 114
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1262ARGARGARGARG2DD115115
1372PHEPHELYSLYS1CC116 - 121116 - 121
1472PHEPHELYSLYS1DD116 - 121116 - 121
1582HISHISGLNGLN4CC126 - 129126 - 129
1682HISHISGLNGLN4DD126 - 129126 - 129
1792GLYGLYGLUGLU1CC130 - 166130 - 166
1892GLYGLYGLUGLU1DD130 - 166130 - 166
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20102HISHISHISHIS4DD167167
21112LYSLYSPROPRO6CC168 - 169168 - 169
22112LYSLYSPROPRO6DD168 - 169168 - 169
23122HISHISASPASP4CC170 - 174170 - 174
24122HISHISASPASP4DD170 - 174170 - 174
25132HISHISGLNGLN1CC175 - 200175 - 200
26132HISHISGLNGLN1DD175 - 200175 - 200
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30152ASNASNMETMET1DD202 - 239202 - 239
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34172SERSERVALVAL1DD245 - 246245 - 246
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38192LEULEUHISHIS1DD248 - 265248 - 265
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213ASNASNILEILE1CC1 - 51 - 5
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533VALVALSERSER1AA8 - 288 - 28
633VALVALSERSER1CC8 - 288 - 28
743GLNGLNGLNGLN2AA29 - 3129 - 31
843GLNGLNGLNGLN2CC29 - 3129 - 31
953LEULEUGLYGLY1AA32 - 3932 - 39
1053LEULEUGLYGLY1CC32 - 3932 - 39
1163LEULEULEULEU2AA4040
1263LEULEULEULEU2CC4040
1373ARGARGLYSLYS1AA41 - 5941 - 59
1473ARGARGLYSLYS1CC41 - 5941 - 59
1583LEULEULEULEU2AA60 - 6760 - 67
1683LEULEULEULEU2CC60 - 6760 - 67
1793ARGARGALAALA6AA68 - 8068 - 80
1893ARGARGALAALA6CC68 - 8068 - 80
19103LYSLYSGLYGLY1AA81 - 10381 - 103
20103LYSLYSGLYGLY1CC81 - 10381 - 103
21113ARGARGLYSLYS2AA104 - 105104 - 105
22113ARGARGLYSLYS2CC104 - 105104 - 105
23123GLYGLYLYSLYS1AA106 - 114106 - 114
24123GLYGLYLYSLYS1CC106 - 114106 - 114
25133ARGARGARGARG2AA115115
26133ARGARGARGARG2CC115115
27143PHEPHELYSLYS1AA116 - 121116 - 121
28143PHEPHELYSLYS1CC116 - 121116 - 121
29153ARGARGARGARG3AA122122
30153ARGARGARGARG3CC122122
31163ALAALAGLYGLY1AA123 - 125123 - 125
32163ALAALAGLYGLY1CC123 - 125123 - 125
33173HISHISGLNGLN6AA126 - 129126 - 129
34173HISHISGLNGLN6CC126 - 129126 - 129
35183GLYGLYGLUGLU1AA130 - 166130 - 166
36183GLYGLYGLUGLU1CC130 - 166130 - 166
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38193HISHISHISHIS6CC167 - 170167 - 170
39203LEULEUASPASP5AA171 - 174171 - 174
40203LEULEUASPASP5CC171 - 174171 - 174
41213HISHISGLNGLN1AA175 - 200175 - 200
42213HISHISGLNGLN1CC175 - 200175 - 200
43223ARGARGARGARG2AA201201
44223ARGARGARGARG2CC201201
45233ASNASNMETMET1AA202 - 239202 - 239
46233ASNASNMETMET1CC202 - 239202 - 239
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48243GLYGLYPROPRO6CC240 - 244240 - 244
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50253SERSERVALVAL1CC245 - 246245 - 246
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52263GLUGLUGLUGLU2CC247247
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54273LEULEUHISHIS1CC248 - 265248 - 265
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56283LYSLYSLYSLYS2CC266266
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58293THRTHRPROPRO1CC267 - 303267 - 303
59303PROPROPROPRO4AA314314
60303PROPROPROPRO4CC314314
61313LYSLYSLYSLYS1AA315 - 347315 - 347
62313LYSLYSLYSLYS1CC315 - 347315 - 347
63323ASNASNARGARG2AA348 - 358348 - 358
64323ASNASNARGARG2CC348 - 358348 - 358
65333THRTHRARGARG1AA359 - 374359 - 374
66333THRTHRARGARG1CC359 - 374359 - 374
67343LYSLYSLYSLYS2AA375375
68343LYSLYSLYSLYS2CC375375
69353ALAALAVALVAL1AA376 - 412376 - 412
70353ALAALAVALVAL1CC376 - 412376 - 412
71363GLYGLYTRPTRP4AA413 - 414413 - 414
72363GLYGLYTRPTRP4CC413 - 414413 - 414
114ASNASNILEILE1AA1 - 51 - 5
214ASNASNILEILE1DD1 - 51 - 5
324THRTHRGLUGLU2AA6 - 76 - 7
424THRTHRGLUGLU2DD6 - 76 - 7
534VALVALTHRTHR1AA8 - 118 - 11
634VALVALTHRTHR1DD8 - 118 - 11
744GLNGLNGLNGLN2AA29 - 3129 - 31
844GLNGLNGLNGLN2DD29 - 3129 - 31
954LEULEUGLYGLY1AA32 - 3932 - 39
1054LEULEUGLYGLY1DD32 - 3932 - 39
1164LEULEULEULEU2AA4040
1264LEULEULEULEU2DD4040
1374ARGARGLYSLYS1AA41 - 5941 - 59
1474ARGARGLYSLYS1DD41 - 5941 - 59
1584LEULEULEULEU2AA60 - 6760 - 67
1684LEULEULEULEU2DD60 - 6760 - 67
1794ARGARGALAALA6AA68 - 8068 - 80
1894ARGARGALAALA6DD68 - 8068 - 80
19104LYSLYSGLYGLY1AA81 - 10381 - 103
20104LYSLYSGLYGLY1DD81 - 10381 - 103
21114ARGARGLYSLYS2AA104 - 105104 - 105
22114ARGARGLYSLYS2DD104 - 105104 - 105
23124GLYGLYLYSLYS1AA106 - 114106 - 114
24124GLYGLYLYSLYS1DD106 - 114106 - 114
25134ARGARGARGARG2AA115115
26134ARGARGARGARG2DD115115
27144PHEPHELYSLYS1AA116 - 121116 - 121
28144PHEPHELYSLYS1DD116 - 121116 - 121
29154ARGARGARGARG3AA122122
30154ARGARGARGARG3DD122122
31164ALAALAGLYGLY1AA123 - 125123 - 125
32164ALAALAGLYGLY1DD123 - 125123 - 125
33174HISHISGLNGLN6AA126 - 129126 - 129
34174HISHISGLNGLN6DD126 - 129126 - 129
35184GLYGLYGLUGLU1AA130 - 166130 - 166
36184GLYGLYGLUGLU1DD130 - 166130 - 166
37194HISHISHISHIS6AA167 - 170167 - 170
38194HISHISHISHIS6DD167 - 170167 - 170
39204LEULEUASPASP5AA171 - 174171 - 174
40204LEULEUASPASP5DD171 - 174171 - 174
41214HISHISGLNGLN1AA175 - 200175 - 200
42214HISHISGLNGLN1DD175 - 200175 - 200
43224ARGARGARGARG2AA201201
44224ARGARGARGARG2DD201201
45234ASNASNMETMET1AA202 - 239202 - 239
46234ASNASNMETMET1DD202 - 239202 - 239
47244GLYGLYPROPRO6AA240 - 244240 - 244
48244GLYGLYPROPRO6DD240 - 244240 - 244
49254SERSERVALVAL1AA245 - 246245 - 246
50254SERSERVALVAL1DD245 - 246245 - 246
51264GLUGLUGLUGLU2AA247247
52264GLUGLUGLUGLU2DD247247
53274LEULEUHISHIS1AA248 - 265248 - 265
54274LEULEUHISHIS1DD248 - 265248 - 265
55284LYSLYSLYSLYS2AA266266
56284LYSLYSLYSLYS2DD266266
57294THRTHRPROPRO1AA267 - 303267 - 303
58294THRTHRPROPRO1DD267 - 303267 - 303
59304PROPROPROPRO4AA314314
60304PROPROPROPRO4DD314314
61314LYSLYSLYSLYS1AA315 - 347315 - 347
62314LYSLYSLYSLYS1DD315 - 347315 - 347
63324ASNASNARGARG2AA348 - 358348 - 358
64324ASNASNARGARG2DD348 - 358348 - 358
65334THRTHRARGARG1AA359 - 374359 - 374
66334THRTHRARGARG1DD359 - 374359 - 374
67344LYSLYSLYSLYS2AA375375
68344LYSLYSLYSLYS2DD375375
69354ALAALAVALVAL1AA376 - 412376 - 412
70354ALAALAVALVAL1DD376 - 412376 - 412
71364LEULEULEULEU3AA1212
72364LEULEULEULEU3DD1212
73374VALVALSERSER1AA13 - 2813 - 28
74374VALVALSERSER1DD13 - 2813 - 28
75384GLYGLYTRPTRP4AA413 - 414413 - 414
76384GLYGLYTRPTRP4DD413 - 414413 - 414
115ASNASNILEILE1BB1 - 51 - 5
215ASNASNILEILE1CC1 - 51 - 5
325THRTHRGLUGLU2BB6 - 76 - 7
425THRTHRGLUGLU2CC6 - 76 - 7
535VALVALSERSER1BB8 - 288 - 28
635VALVALSERSER1CC8 - 288 - 28
745GLNGLNGLNGLN2BB29 - 3129 - 31
845GLNGLNGLNGLN2CC29 - 3129 - 31
955LEULEUGLYGLY1BB32 - 3932 - 39
1055LEULEUGLYGLY1CC32 - 3932 - 39
1165LEULEULEULEU2BB4040
1265LEULEULEULEU2CC4040
1375ARGARGLYSLYS1BB41 - 5941 - 59
1475ARGARGLYSLYS1CC41 - 5941 - 59
1585LEULEULEULEU2BB60 - 6760 - 67
1685LEULEULEULEU2CC60 - 6760 - 67
1795ARGARGALAALA6BB68 - 8068 - 80
1895ARGARGALAALA6CC68 - 8068 - 80
19105LYSLYSGLYGLY1BB81 - 10381 - 103
20105LYSLYSGLYGLY1CC81 - 10381 - 103
21115ARGARGLYSLYS2BB104 - 105104 - 105
22115ARGARGLYSLYS2CC104 - 105104 - 105
23125GLYGLYLYSLYS1BB106 - 114106 - 114
24125GLYGLYLYSLYS1CC106 - 114106 - 114
25135ARGARGARGARG2BB115115
26135ARGARGARGARG2CC115115
27145PHEPHELYSLYS1BB116 - 121116 - 121
28145PHEPHELYSLYS1CC116 - 121116 - 121
29155ARGARGARGARG3BB122122
30155ARGARGARGARG3CC122122
31165ALAALAGLYGLY1BB123 - 125123 - 125
32165ALAALAGLYGLY1CC123 - 125123 - 125
33175HISHISGLNGLN6BB126 - 129126 - 129
34175HISHISGLNGLN6CC126 - 129126 - 129
35185GLYGLYGLUGLU1BB130 - 166130 - 166
36185GLYGLYGLUGLU1CC130 - 166130 - 166
37195HISHISHISHIS6BB167 - 170167 - 170
38195HISHISHISHIS6CC167 - 170167 - 170
39205LEULEUASPASP5BB171 - 174171 - 174
40205LEULEUASPASP5CC171 - 174171 - 174
41215HISHISGLNGLN1BB175 - 200175 - 200
42215HISHISGLNGLN1CC175 - 200175 - 200
43225ARGARGARGARG2BB201201
44225ARGARGARGARG2CC201201
45235ASNASNMETMET1BB202 - 239202 - 239
46235ASNASNMETMET1CC202 - 239202 - 239
47245GLYGLYPROPRO6BB240 - 244240 - 244
48245GLYGLYPROPRO6CC240 - 244240 - 244
49255SERSERVALVAL1BB245 - 246245 - 246
50255SERSERVALVAL1CC245 - 246245 - 246
51265GLUGLUGLUGLU2BB247247
52265GLUGLUGLUGLU2CC247247
53275LEULEUHISHIS1BB248 - 265248 - 265
54275LEULEUHISHIS1CC248 - 265248 - 265
55285LYSLYSLYSLYS2BB266266
56285LYSLYSLYSLYS2CC266266
57295THRTHRPROPRO1BB267 - 303267 - 303
58295THRTHRPROPRO1CC267 - 303267 - 303
59305PROPROPROPRO4BB314314
60305PROPROPROPRO4CC314314
61315LYSLYSLYSLYS1BB315 - 347315 - 347
62315LYSLYSLYSLYS1CC315 - 347315 - 347
63325ASNASNARGARG2BB348 - 358348 - 358
64325ASNASNARGARG2CC348 - 358348 - 358
65335THRTHRARGARG1BB359 - 374359 - 374
66335THRTHRARGARG1CC359 - 374359 - 374
67345LYSLYSLYSLYS2BB375375
68345LYSLYSLYSLYS2CC375375
69355ALAALAVALVAL1BB376 - 412376 - 412
70355ALAALAVALVAL1CC376 - 412376 - 412
71365GLYGLYTRPTRP4BB413 - 414413 - 414
72365GLYGLYTRPTRP4CC413 - 414413 - 414
116ASNASNILEILE1BB1 - 51 - 5
216ASNASNILEILE1DD1 - 51 - 5
326THRTHRGLUGLU2BB6 - 76 - 7
426THRTHRGLUGLU2DD6 - 76 - 7
536VALVALTHRTHR1BB8 - 118 - 11
636VALVALTHRTHR1DD8 - 118 - 11
746GLNGLNGLNGLN2BB29 - 3129 - 31
846GLNGLNGLNGLN2DD29 - 3129 - 31
956LEULEUGLYGLY1BB32 - 3932 - 39
1056LEULEUGLYGLY1DD32 - 3932 - 39
1166LEULEULEULEU2BB4040
1266LEULEULEULEU2DD4040
1376ARGARGLYSLYS1BB41 - 5941 - 59
1476ARGARGLYSLYS1DD41 - 5941 - 59
1586LEULEULEULEU2BB60 - 6760 - 67
1686LEULEULEULEU2DD60 - 6760 - 67
1796ARGARGALAALA6BB68 - 8068 - 80
1896ARGARGALAALA6DD68 - 8068 - 80
19106LYSLYSGLYGLY1BB81 - 10381 - 103
20106LYSLYSGLYGLY1DD81 - 10381 - 103
21116ARGARGLYSLYS2BB104 - 105104 - 105
22116ARGARGLYSLYS2DD104 - 105104 - 105
23126GLYGLYLYSLYS1BB106 - 114106 - 114
24126GLYGLYLYSLYS1DD106 - 114106 - 114
25136ARGARGARGARG2BB115115
26136ARGARGARGARG2DD115115
27146PHEPHELYSLYS1BB116 - 121116 - 121
28146PHEPHELYSLYS1DD116 - 121116 - 121
29156ARGARGARGARG3BB122122
30156ARGARGARGARG3DD122122
31166ALAALAGLYGLY1BB123 - 125123 - 125
32166ALAALAGLYGLY1DD123 - 125123 - 125
33176HISHISGLNGLN6BB126 - 129126 - 129
34176HISHISGLNGLN6DD126 - 129126 - 129
35186GLYGLYGLUGLU1BB130 - 166130 - 166
36186GLYGLYGLUGLU1DD130 - 166130 - 166
37196HISHISHISHIS6BB167 - 170167 - 170
38196HISHISHISHIS6DD167 - 170167 - 170
39206LEULEUASPASP5BB171 - 174171 - 174
40206LEULEUASPASP5DD171 - 174171 - 174
41216HISHISGLNGLN1BB175 - 200175 - 200
42216HISHISGLNGLN1DD175 - 200175 - 200
43226ARGARGARGARG2BB201201
44226ARGARGARGARG2DD201201
45236ASNASNMETMET1BB202 - 239202 - 239
46236ASNASNMETMET1DD202 - 239202 - 239
47246GLYGLYPROPRO6BB240 - 244240 - 244
48246GLYGLYPROPRO6DD240 - 244240 - 244
49256SERSERVALVAL1BB245 - 246245 - 246
50256SERSERVALVAL1DD245 - 246245 - 246
51266GLUGLUGLUGLU2BB247247
52266GLUGLUGLUGLU2DD247247
53276LEULEUHISHIS1BB248 - 265248 - 265
54276LEULEUHISHIS1DD248 - 265248 - 265
55286LYSLYSLYSLYS2BB266266
56286LYSLYSLYSLYS2DD266266
57296THRTHRPROPRO1BB267 - 303267 - 303
58296THRTHRPROPRO1DD267 - 303267 - 303
59306PROPROPROPRO4BB314314
60306PROPROPROPRO4DD314314
61316LYSLYSLYSLYS1BB315 - 347315 - 347
62316LYSLYSLYSLYS1DD315 - 347315 - 347
63326ASNASNARGARG2BB348 - 358348 - 358
64326ASNASNARGARG2DD348 - 358348 - 358
65336THRTHRARGARG1BB359 - 374359 - 374
66336THRTHRARGARG1DD359 - 374359 - 374
67346LYSLYSLYSLYS2BB375375
68346LYSLYSLYSLYS2DD375375
69356ALAALAVALVAL1BB376 - 412376 - 412
70356ALAALAVALVAL1DD376 - 412376 - 412
71366LEULEULEULEU3BB1212
72366LEULEULEULEU3DD1212
73376VALVALSERSER1BB13 - 2813 - 28
74376VALVALSERSER1DD13 - 2813 - 28
75386GLYGLYTRPTRP4BB413 - 414413 - 414
76386GLYGLYTRPTRP4DD413 - 414413 - 414

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Transcobalamin II / TCII / TC II


分子量: 46315.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: TCN2, TC2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD 1168 / 参照: UniProt: Q9XSC9
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物
ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C62H89CoN13O14P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 28% PEG 8000, 0.2M magnesium acetate, 20% 2-methyl-2,4-pentadiol, 0.1M TRIS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月13日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL (SI111, SI220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→18 Å / Num. obs: 121830 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.522 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNREFINED PARTIAL MODEL FROM PHASING WITH SHARP V2.0 USING SINGLE-WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION DATA

解像度: 2→18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 10.347 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 4895 4 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.243 116949 96.8 %-
all-116949 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å20.27 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13016 0 368 764 14148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02213700
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3552.02118676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99651652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.02423.81588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.727152400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.69715104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.22072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.26156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.29206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7891.58272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.489213308
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95335428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1924.55368
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A2868tight positional0.020.05
2C2909tight positional0.020.05
3A2751tight positional0.030.05
4A2747tight positional0.030.05
5B2751tight positional0.030.05
6B2747tight positional0.030.05
1A192medium positional0.580.5
2C154medium positional0.550.5
3A199medium positional0.630.5
4A199medium positional0.680.5
5B199medium positional0.590.5
6B199medium positional0.660.5
1A194loose positional1.365
2C125loose positional3.025
3A231loose positional2.835
4A235loose positional2.335
5B231loose positional2.835
6B235loose positional2.365
1A2868tight thermal0.060.5
2C2909tight thermal0.060.5
3A2751tight thermal0.080.5
4A2747tight thermal0.080.5
5B2751tight thermal0.080.5
6B2747tight thermal0.080.5
1A192medium thermal0.342
2C154medium thermal0.312
3A199medium thermal0.452
4A199medium thermal0.462
5B199medium thermal0.442
6B199medium thermal0.452
1A194loose thermal0.6710
2C125loose thermal0.4810
3A231loose thermal1.3910
4A235loose thermal1.2610
5B231loose thermal1.4610
6B235loose thermal1.3510
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 335 -
Rwork0.336 8222 -
obs--93.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.78511.21660.82527.242-0.31772.74490.04660.08520.1631-0.23010.02030.37550.01550.0081-0.0669-0.0251-0.00050.0075-0.02340.0207-0.011532.64675.396738.8917
21.02590.2099-0.03151.6301-0.50310.8818-0.01460.0632-0.0566-0.15610.03260.07020.0155-0.0318-0.018-0.036-0.01820.0093-0.04010.0111-0.063933.8708-7.058634.098
313.433311.70922.4263109.4729-0.04730.4853-0.1089-0.2162-0.93932.9830.9838-5.34030.2607-0.5764-0.87490.0025-0.0001-0.0030.0010.00070.005362.05437.621550.4473
41.75720.1683-0.10133.94781.4821.255-0.0631-0.03140.20270.07680.02350.12040.0245-0.04990.0396-0.02230.00830.0069-0.0913-0.0175-0.034736.484717.794646.4296
56.304-0.37970.061310.2082-0.65012.40920.09940.02580.1818-0.114-0.01850.40560.0516-0.0391-0.0809-0.0012-0.00770.006-0.03680.0116-0.02780.516721.499238.9331
61.14430.2712-0.00571.5001-0.44221.0397-0.00730.0664-0.0199-0.08850.02730.0826-0.0028-0.0011-0.02-0.0455-0.01110.0157-0.05450.005-0.058381.80029.090334.0565
728.673616.81453.235447.7441-3.48681.1303-0.02440.1126-1.90940.35911.5925-7.738-0.0623-0.6761-1.56810.00290.0021-0.00070.001-0.00230.0074110.513823.97250.5807
82.0510.5143-0.19983.29520.96651.2912-0.0635-0.02660.26940.08440.05420.1012-0.0235-0.04130.00930.00020.02070.0064-0.0947-0.0251-0.003184.30133.867946.5403
92.49260.8558-0.027511.3342-0.17643.0656-0.0377-0.00950.0525-0.17710.12930.80120.0438-0.0649-0.0916-0.01-0.0006-0.007-0.02560.0021-0.011238.680432.769310.0679
101.2317-0.3828-0.04681.9185-0.35851.2114-0.01840.02490.0567-0.050.07140.14230.0429-0.033-0.053-0.0632-0.0014-0.0148-0.03980.0028-0.048839.933344.843215.38
1112.850931.2358-0.6653102.1298-15.56237.45491.79910.35880.1954-2.0184-2.83880.47810.1014-0.05161.03970.0035-0.0045-0.0010.00210.00090.001466.806631.8949-2.4913
121.89860.0590.24953.55061.161.4267-0.04550.0747-0.11-0.23530.05130.0711-0.0005-0.0237-0.00590.0364-0.0151-0.005-0.0779-0.0154-0.078642.589820.64432.1811
133.35120.3494-0.33178.60530.94054.37630.0096-0.03010.01750.10490.01510.5025-0.03440.0305-0.0247-0.032-0.0041-0.0084-0.0250.00310.001386.664148.865610.0917
141.1027-0.24550.02731.3722-0.36231.0382-0.03270.02670.05750.01460.03080.11710.0338-0.05510.0018-0.04670.006-0.0072-0.0326-0.0019-0.042187.767461.138615.3655
158.5571-20.7319-1.1183291.518317.04810.99820.21960.2250.4845-5.24660.8665-6.7402-0.6593-0.5262-1.08610.00730.00070.00450.0035-0.00380.0065115.128247.8107-0.3855
161.14340.37510.45634.0561.3341.4676-0.00450.0626-0.0874-0.0878-0.02890.113-0.0438-0.04590.0334-0.0186-0.0027-0.005-0.0667-0.0236-0.048390.590236.73452.2592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AI01
2X-RAY DIFFRACTION2AA1 - 3021 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3AA303 - 314303 - 314
4X-RAY DIFFRACTION4AA315 - 414315 - 414
5X-RAY DIFFRACTION5BJ01
6X-RAY DIFFRACTION6BB1 - 3021 - 302
7X-RAY DIFFRACTION7BB303 - 314303 - 314
8X-RAY DIFFRACTION8BB315 - 414315 - 414
9X-RAY DIFFRACTION9CK01
10X-RAY DIFFRACTION10CC1 - 3021 - 302
11X-RAY DIFFRACTION11CC303 - 314303 - 314
12X-RAY DIFFRACTION12CC315 - 414315 - 414
13X-RAY DIFFRACTION13DL01
14X-RAY DIFFRACTION14DD1 - 3021 - 302
15X-RAY DIFFRACTION15DD303 - 314303 - 314
16X-RAY DIFFRACTION16DD315 - 414315 - 414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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